打破了对于“一尊”和“绝对真理”的迷信的周作人绐终强调差异是永远存在的，统一是不可能的。承认差异，保护少数，容忍异端是周作人思想中的一个显著特色。他认为“大同小异是最好的事”，并且“深信将来世界进步，最好的成绩是一个大同小异的世界”（注：周作人《“工学主义”与新村的讨论》，载1920年3月25 日《工学》第1卷第5号。），因此，他反对以任何名义，无论是天地鬼神还是君王主义强制进行思想统一，“借口大同，压迫特殊的文化思想，那又是一种新式的专制”（注：周作人《信教自由的讨论——致陈独秀》，　载《晨报》1922年4月1日。），尤其是对于人们的信仰，只能启发他的知识，使他自主地转移，而不能用外部社会势力去裁判，强行干涉，因为思想自由的压迫不必定要用政府的力，人们用了多数的力来干涉少数的异己者也即是压迫。对于“五四”时期出现的一切唯群众之意是从的统一思想运动，周作人明确表示反对，并特别提醒人们注意那些假群众之名进行的对异己者的专制迫害。他指出，世上没有唯一正确的路，通往自由原有许多条路，只要同能达到目的，便不妨走不同的路，即使走同条路，也可以或走或跑。
　　 承认差异，使周作人坚决反对思想的“奴隶统一化”而力倡宽容，“我相信西洋近代文明之精神只是宽容，我们想脱离野蛮也非从这里着力不可”（《雨天的书•黑背心》）。宽容并不意味着必须赞同他人或团体的信仰、价值观或行为方式，也不意味着不能批评，宽容只是表明不应当阻止或否认他人有表达信仰、价值观或行为方式的权利。不宽容则意味着你或你所属的团体掌握绝对真理或者你的思想已达到了终极完满的境界，而这在周作人看来是不可能的。他认为对于不同意见或相反意见持宽容态度，不仅可以使自己的信仰在争论与辩析中得到检验，而且也可以使我们基于恐惧的盲目信仰和偶像崇拜转变为基于理智的真正忠诚，正因此，他说：“怀疑和宽容是必要的精神，不然便是狂信者态度”（《雨天的书•济南道中之三》），而狂信是靠不住的，它只会使人刚脱离了旧的专断便又落入新的专断。周作人之所以说自己抱有“宗教的恐怖”（《药堂杂文•关于祭神迎会》），即是因为宗教以神祇崇拜为终极目的。作为一种强制性的信仰活动，它更多地诉诸人的情感，而排斥理性和思考，它以谦卑与服从为最大的美德，以怀疑与反抗为最大的罪恶，它使人与外在的他者建立起一种非平等的精神奴役和精神压迫关系，因此，宗教并不能给人带来真正的福音。周作人指出宗教徒为信仰而献身的殉道精神诚然是可贵的，但是他同时也清醒地指出那些独居沙漠中，绝食苦祷，或牛皮裹身，或革带鞭背，但其目的在于救济灵魂得遂永生的宗教徒“其狂热实在与都市中指挥君民焚烧异端之大主教无以异也”（《苦茶随笔•〈论语〉小记》）。这种非理性的宗教狂热是周作人所最反感，也最忧惧的。在他看来，中国虽不是宗教国，但是封建的专制迷信实质上和原始的图腾崇拜、精灵信仰以及宗教的一神论并无二致，只是它把这种超自然意识更加精致化、人间化、制度化了而已，因此，中国人的“宗教的狂热则未必更少”（《雨天的书•托尔斯泰的事情》）。
　　 应该说，周作人的思考是深刻的。在传统中国，虽然儒家文化确实具有注重人生实际的唯理倾向，尤其是孔子不重鬼神而重现世宗法关系，但是儒学并没有完全否定鬼神的存在及其主宰现世的力量，也没有在世界的本源、人的存在及其与世界的关系等理论层面说明宗教信仰的本质和意义，而仅是从鬼神的存在与否对宗法关系和社会系统究竟孰利孰弊这一实用立场出发决定自己的取舍，因此，从根本上说，儒学对民间宗教的鬼神信仰的否定是很有限的，它不过是以对现世的世俗权威的崇拜取代了对鬼神的迷信。孔子本人就是一个笃信天命的人，他说“君子有三畏：畏天命，畏大人，畏圣人之言。小人不知天命而不畏也，狎大人，侮圣人之言。”（《论语•季氏》）孔子三畏中，天命是虚，大人（天子、诸侯、长上），圣人之言是实的，所谓“畏天命”归根到底不过是教人对头上的“大人”命令和书上的“圣人”教训绝对服从，反之就是“不知命”、“不畏天命”的小人，所以对于殷周以来传统的天命、鬼神观念，孔子实际上是保持着的。正因此台湾学者韦政通指出，中国虽然没有基督教式的宗教，“但就宗教意识，宗教情绪言，中国人自古以来，并不稍逊于任何民族”（注：韦政通《儒家与现代中国》第68页，上海人民出版社1990年4月版。）。尤其是在民间， 由于二千多年的专制愚民统治，中国民间宗教始终未能彻底超越原始状态，民众的信仰心理在很大程度上仍然集中在上古以来的祈年求雨、驱鬼祛病以及鬼神崇拜、精灵信仰上，尽管后来的佛教有许多高级精致的宗教观念和思辨哲学，然而广大民众却始终是把它拉到与自己的需要和观念相适应的文化层次来接受的，正如周作人所说：“平常讲中国宗教的人，总说有儒释道三教，其实儒教的纲常早已崩坏，佛教也只剩下轮回因果几件和道教同化了的信仰还流行民间，支配国民思想的已经完全是道教的势力了”（《谈虎集•乡村与道教思想》）。他列举了大量现实生活中“道教思想的恶影响”，诸如教案、假皇帝、烧洋学堂、打拳械斗、炼丹种蛊、符咒治病等，这些都是相信鬼神魔术奇迹等事所造成的恶果，因此，他一再提示人们注意，“中国人是非宗教的国民。他与别国人的相差只在他所信奉的是护符而非神，是宗教以前的魔术，至于宗教的狂热则未必更少”（《雨天的书•托尔斯泰的事情》）。
　　 一般来说，这种非理性的宗教情绪在社会稳定、皇权强大、生活平和的年代，大都处于潜在的隐伏抑制状态，但是到了皇权衰落、社会动荡不安的时代，随着社会秩序的失范、天灾人祸的加剧以及官方意识形态的破产和人们信仰危机的加强，这时处于文化底层的民间信仰更会喷涌而出，填补意识形态中的真空，并提供一种原始的整合社会各阶层的精神力量。因此，每当皇权衰落和社会动荡时期，民间宗教中非理性情绪不仅风行社会底层，同时也会影响到社会上层。辛亥革命推翻了几千年的帝制，但是在帝制下形成的“主奴关系的宗教观念十分顽固地存着”（《谈虎集•求雨》），因此，不仅一大批封建遗老感觉精神恐慌，使同善社一类东西重新勃兴，也造成了老百姓思想的真空。周作人深刻地指出，对于遗老，这其实正是他们“对于帝制的迷信的追慕之非意识的表现，因复辟绝望，只能于现世以外去求满足，从天上去找出皇帝及其所属不测的恩威来”（《谈虎集•求雨》）；对于老百姓来说，“习惯了的迫压与苦痛，比不习惯的自由，滋味更甜美”（《谈虎集•新诗》），因此，只有觉醒的知识者从中获得了打破偶像的解放感。当此之时，觉醒青年的重要任务之一即是以现代理性精神去启蒙民众，普及教育，推广科学，彻底打破民众心中根深蒂固的偶像意识和权威主义性格，从此自己做主，既不依赖神灵的保佑，也不仰仗任何权威的护持，从迷失已久的兽道鬼道中步入“人道”之途。