│　　 │　　　　│一普寂、敬贤、义福、惠福　　　　　　　　　　 │
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　　│　　 │　　 菩提达摩　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　 │
　　│南宗  │　　　　   │达摩一慧可一僧璨一道信一弘忍一慧能 　　　　　　 │
　　│　　 │  南宗定是非论│　　　　　　　　　　　　　　　　　　   │
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　　│净众宗　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　 　　　│
　　│保唐宗│  历代法宝记  │达摩一慧可一僧璨一道信一弘忍一智诜一处寂一无相一无住 │
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　　显而易见，各说是在第六祖(《楞伽师资记》为第七祖)发生分歧。尽管南宗最后取得了天下，但这些材料至少为我们提供了早期禅宗曾经有过的几种可能。历史未必如南宗所言的一脉单传。即使同为北宗内部的灯史，《传法宝纪》和《楞伽师资记》也分别显现—了不同的特质[9]，可能是北宗门下不同派系所作。而从各灯史的成书时间以及攻击对象，可以大致想象出禅宗内部各派系间争夺正统的场面。一般认为，北宗的《传法宝纪》和《楞伽师资记》成书在前，其后就引起了神会为首的南宗的强烈抨击，于是作成了《菩提达摩南宗定是非论》，而后又有了净众宗、保唐宗的《历代法宝记》等。有学者认为，“神会写作《菩提达摩南宗定是非论》，反对北宗灯史的谱系图式，更多的并不是表达一种禅学思想观念的分歧，而毋宁说是意在解除当时北宗所拥有的政治地位”。[10]正是禅宗内部不同系统的灯史写本的发现，印证了历史书写背后隐藏的权力斗争问题，大大丰富了中国早期禅宗史的内容。
　　唐末以后的近一千年时间，南宗禅取得了绝对的优势位置，成为了禅宗正统。在此期间，禅宗的历史可以说就是南宗禅的历史，流传于世的文书也几乎都是南宗系统下的。因而，南宗以外的北宗、牛头宗等派系的思想就鲜为人知了。敦煌遗书中不但发现了早期的楞伽宗和东山法门的语录，如《二人四行沦》、《人道安心要方便法门》、《修心要论》、《达摩禅师论》，还可以找到北宗禅和南宗禅，牛头禅和念佛禅等的语录。这些语录既填补了长久以来北宗、牛头宗等思想的空白，也充实了原来已知的以南宗为主的禅宗思想。如《六祖坛经》以敦煌本为最古，将其与后来流传的多个版本对照阅读，就能更为准确地把握六祖慧能所说之法。而《坛语》和《神会语录》当然也成为了研究神会思想的重要材料。一般淡及南北二宗之分，总是以“南顿北渐”一言概之。事实上，主张渐修的北宗禅也有顿悟的思想，典型地体现在《大乘开心显性顿悟真宗论》(略称《顿悟真宗论》)和《顿悟真宗金刚般若修行达彼岸法门要诀》(又名《顿悟真宗要诀》)两书上。这两本北宗后期的著作打破了惯有的过于简单化的“顿渐”二分模式。对北宗思想的重新思考发现，即便在早期的北宗思想中也有顿悟之说，不能过于笼统地用“南顿北渐”来解释禅宗史亡的南北之争[11]。而这种南北顿渐对立的消解，更是“对于传统‘灯史’观念的颠覆，同时意味着对于禅史中长期存在的，北宗拙于南宗意见的翻案”[12]。这一发现对中国禅宗史研究造成了又一巨大的冲击。
　　众所周知，禅宗对实践性的修行和体证尤为注重。因此，就出现了大量的偈颂，或表现禅师自己修道的喜悦和开悟的境地，或为修行者讲说修道的思想准备。例如，《景德传灯录》第二十九卷中有题为“赞颂偈诗”的偈颂’十七种，第三十卷中有题为“铭记箴歌”的偈颂二十三种[13]。敦煌文书中的偈颂类除·了铭箴类和定格联章两种形式的修道偈外，还有《六祖坛经》等中的传法偈以及其他类型的诗文，如礼赞文、塔文、斋赞文、通俗诗、杂诗文等等。这些偈颂尽管在庞大的敦煌遗书中篇幅不算很大，但不仅体现了禅师本人乃至其所属派系的思想，也能成为禅师个人传记的有益补充，是禅宗史研究的主要材料之一。
　　谈到个人的思想，不得不提及禅僧对经典的注疏和抄录。敦煌遗书中发现了智诜、净觉、智融三人对《心经》的注疏，这三个注疏本甚至比慧忠的《心经注》还要古老。经典的注疏反映的就是注疏者对经典的理解，无疑可以看作注疏者的思想著作来阅读。而这三本《心经》注都产生于早期禅宗这么一个大环境中，相信定可从中窥探出有别于其他宗派的禅宗独有的特点。另一方面，禅僧对经典的抄录则有着更强的选择性，但不确定的因素很多，假若能对作品的成立作出推定，那么反过来这些经抄也就可以为禅宗的教理及思想背景提供一些线索。
　　佛教传至东土，必然会发生中国化。在此过程中出现的某些经典被怀疑是在中国伪造出来的。这些伪经大多早已散佚，或只是通过经录知道经名，或仅看到在其他著作中被引用的片段。幸而，在敦煌出土的佛教文献中发现不少佚失已久的伪经。其中，与禅宗相关的有《最妙胜定经》、《法句经》、《金刚三昧经》、《法王经》、《禅门经》。除《金刚三昧经》以外，其他的都是在发现敦煌写本以后才得以见全貌的。[14]虽然这些作品的真伪备受争议，但作为中国佛教史料，其珍贵性是毋庸质疑的。