《摩诃止观》集中论述的是与中道实相密切关联的圆顿止观。它是智顗晚年最为成熟的止观著作，也是架构天台哲学体系的主要著作。圆顿止观融本体论（实相论）、认识论（一心三观、一念三千）和方法论（止观实践）为一体，从实相出发，而又归结为实相，即所谓“初缘实相”、“纯一实相”，实相外更无别法。《摩诃止观》是禅与哲学的统一，无论在哲学领域还是在禅学领域，都是重要的里程碑，对隋唐佛教各宗学说的展开具有指导意义。
　　 智顗为了方便逗机和保证自己学说体系的严密性，有意识将“一心三观”区分为次第三观和一心三观两部分。“次第三观”指空观、假观、中观，从认识论角度看，它集中论述了具体与抽象、个别与一般、特殊与普遍、现象与本质之间的关系，通过次第三观理论，智顗把对现象世界的本质认识与性空原理下具体事物的个别认识予以统一，指出这种统一是在认识的不断深化中实现的。“一心三观”是指不经次第而于一心之中刹那间同时观察思维空、假、中三谛（三种实相），属于佛教止观修行的最高层次，即天台止观法门的极致状态。一心三观是以彻底的中道实相原理为背景实现的，不仅所观之境不思议，而且能观之心也是不思议。
　　 “圆融三谛”以实相为理论基础，强调一心所观三谛的无次第性，无前无后，属于智顗所立圆教的特殊认识。圆融三谛意在突出《法华经》的特殊地位，确立天台佛学以实相为最高，即唯一真实存在的真理观。从认识论角度看，该学说的实质是实相与实相的复合；三谛在一念心中，也就是主体对宇宙本质的直觉和本觉。因此，当它被纳入止观体系时，十分强调“观念念心”，结果将空、假、中三谛统一于“一实谛”。圆融三谛作为真理观，在确立中道实相这一绝对真理的同时，并不排斥空、假、中三种相对真理的存在。倘若次第认识三谛，只是部分地、相对地把握真理，只有非次第认识三谛，才能全部、绝对地把握真理。在理论思维方法上，圆融三谛是对龙树《中论》“二谛”说的发展，比龙树之学具有更丰富的辩证色彩，更注重理想与现实的相即统一。
　　 “一念三千”是智顗晚年成熟的哲学思想，是他“观心”学说发展的终结，代表了天台哲学的最高成就。这一学说的建立，充分利用了佛教经典中的“十如是”说、“十法界”说和“三种世间”说。这些学说的背景都可以归结为实相原理。所以，一念三千的三千世间（三千诸法，指全部宇宙万有），其本质也只是一实相。实相可以表现为纵横交错、处于普遍联系之中的三千诸法，这属于客体世界部分；与此相应的是属于主体部分的“一念”。从世俗角度看，一念与三千存在着鸿沟，绝无平等之理。智顗则从绝对平等的实相原理出发，提倡一念之心即具三千、三千只在一念心中。
　　 除了三千诸法归于实相，还有一念之心也属实相，此一念心名之为“法性”、“性”。主体与客体的平等统一，也就是法性与实相的相即，因此，“一念三千”学说又名“性具实相”学说。由名义可知，该学说以实相论为最高原理，以探究世界的本质以及人与世界关系的本质为究竟。“性具实相”说的关键在于“一念无明法性心”。虽然三千诸法兼有染、净，无明与三千染法联系，法性与三千净法联系，但从性具学说看，心之一念即具三千染净诸法，三千染净诸法包容、统一于当前的一念之心。该学说所要突出的是，一念之心与三千诸法逻辑上的主客体关系，在本质意义上不复存在，在理想境界上圆融统一。若将“一念无明法性心”应用于止观修行，则成为破除无明、显示法性、还源返本的基本原理。
　　 严格说来，“性具实相”学说并非一般意义上的本体论哲学，也非通常所说的宇宙发生论。通过性具学说，智顗向人们显示了一个圆满的理想世界。在这一理想世界中，不存在万物的差别对待，超越了主体与客体的对立、精神与物质的矛盾，不论先后或相生，不说依持或缘起；“只心是一切法，一切法是心”，无论在时间上还是在空间上，心与一切法绝对平等。
　　 “一念三千”说是天台智顗的独创，体现了他的佛教哲学的玄妙性和超越性。通过“一念三千”说而提倡的“诸法平等”思想，可以说是天台止观的中心教义。根据这一教义，固然可以引申出为现存秩序作辩护的结论，但同样有理由做出这样的推论：一念心所具的三千诸法既然一一自足法性，平等一如，那么，不仅反映众生差别的十法界只是一念心的幻象，而且就是一一众生之间的差别也并无存在的依据。所以，“性具实相”学说在佛教理论上指出的是众生共具的绝对平等的成佛权利，在现实人生中提倡的是所有人本应具备的平等社会地位。这也就意味着，确立自信和唤起自觉对于每一个体来说至为重要。
　　 智顗大师通过“性具实相”学说，表达了人类对世界本质深化认识的要求，体现了天台哲学超越世俗哲学和佛教各派哲学的气魄。它把传统心物二元对立的哲学改造成为一元统一的哲学；由于它的全部论证不囿于传统思维模式，所以使学术讨论深化了。在隋唐时代，略可与“性具”哲学相抗衡的，则是华严的“性起”学说，但其内容包含了已为智顗批评过的依持说或缘起说。法藏的理事关系说似乎带有一念三千的痕迹，但实际上是对一念三千的倒退。
　　 智顗时代的天台佛学建立于六朝贵族文化的基础上，也可以说是对六朝文化的总结，即包含着对南北朝时期两地不同文化传统、学术风格的整合，以及对僧睿、僧肇、道生等杰出佛教学者的继承和超越，从而指出了隋唐佛学的发展方向。
　　 僧肇是智顗之前最有成就的中国佛教哲学家。僧肇在总结批评魏晋般若学各家观点的基础上，建立起自己的系统中道实相理论；《肇论》标志着中国佛教在理论方面已有长足发展，中国佛教学者已有能力独立展开对印度佛教经论的研究和阐述。僧肇对罗什所译“三论”的重视和发挥，以及对中道实相理论的阐述传播，不仅为南朝三论学派的形成提供了佛学资料，而且也为后来天台宗、三论宗的建立准备了理论条件。智顗止观学说体系的哲学基础和思想方法，与《肇论》有很多相似之处，这是不言而喻的。但智顗并不满足于僧肇的体系，因为僧肇只说到佛学本体论，并没有摆脱时代佛学的痕迹，而在他看来，本体论的哲学必须超越，否则就不能完成真正意义上的佛教中国化。
　　 事实表明，以智顗为代表的天台佛学，以博大精深的体系结构，摆脱了传统的哲学思维，进入中国佛学发展的新阶段。不难看出，早期天台佛学中体现了该时期天台学者的学术自信，即决意超越玄学、超越南北朝佛学的自信。就时代背景而言，天台宗创立之时，士族在政治、经济、思想领域仍然有着广泛的发展空间，仍然处于上升时期。智顗佛学以“一念三千”说明宇宙本来面目，用以批判地论和摄论的依持说或缘起说，以及真心说或妄心说；又以“一念无明法性心”说明人生本来面目，即主客统一、无对待的如实状态，以此批判万物化生说或哲学本体论。虽然天台学者也说止观，但与传统的止观修习已完全不同，绝不在一个层次上。