始于宋代初年的“山家山外”之争是中国佛教思想史上的重大事件，从争论内容的深度和广度，争论双方的精神和态度看，它是隋唐之后又一次大规模佛学论争，并为天台佛学的后期演变奠定了基调。考虑到晚唐以后佛教义学的停滞和衰落，宋代天台学者的理论贡献实属难能可贵。在这场旷日持久的论争中，无论是“山家”派的知礼、梵臻、尚贤、本如，还是“山外”派的晤恩、源清、洪敏、庆昭、智圆、仁岳、从义，都以智顗大师的心性理论为出发点，即坚持天台佛学的核心理论探讨。虽然这种争论的分歧很大，但目的都要维护天台佛学的尊严，保证天台佛学的优势地位。
　　 有关争论表明，“山外”派的思想确实受了华严学说的影响。他们主张的“真心观”，以心性真如为观察的对象，即承认心之本体为纯净无染的“真心”，只是“随缘”造作万法；智顗的“性具”说则认为万法本具一心，由于随缘隐显不同而有人生世界的差别。知礼提出的“妄心观”，是将性具说导向宗教实践，要求人们以内省的方式，认识一切众生皆具“性恶”，由此引导人们忏悔和防止罪恶，强化个人道德修养。善月所撰《山家绪余集》卷中云：“性恶之言出自一家，非余家之所有也。得其旨者，荆溪之后唯四明（知礼）一人耳。”这当然是基于山家的立场，但也指出了这种讨论的宗旨。
　　 在元明清三代的天台佛教史上，有关学者的天台义理辩析仍然围绕心性主题展开。元代怀则在《天台传佛心印记》中，通过阐扬知礼思想来表达对天台性具说的理解。怀则在独标天台性恶之旨的同时，更有以“性恶”为天台传佛心印对抗禅宗思想之意。至元年间，天台僧性澄因感慨国清寺自南宋以来为禅宗所占，为再振天台佛教，他不远千里赴北京，向元政府具奏国清寺“建制颠末，旧制之由”，恢复国清寺天台道场的地位。
　　 后期天台佛学关注心性问题，与宋明理学的理论重心也是一致的，它已融入了整个时代思潮之中。明代传灯沿着前人的讨论轨迹，提出“性善恶论”，试图在新的语境下将传统教义与当下现实融合。传灯以“理”言性，体现了对性恶论的新理解，认为“性之为理，本非善恶”，“性之为理，岂善恶之足言哉？”（注：《性善恶论》卷一。）以性为理，以理超越善恶，那么善恶便不足以范围性。这一观点实际上是对理学的呼应，但也并不违背佛学根本原理，但它毕竟带有理论上的转向色彩。
　　 宋以后的天台佛学，面临着一个不争的严峻事实，除了受其他佛教宗派学说的挤压，理学的影响日益广泛深入。在这一客观背景下，天台佛教有意识强化对受戒、忏悔、坐禅、礼佛、念佛、放生等一系列仪轨制度的落实，从宗教信仰的角度保障自宗的生存。天台佛教的仪轨制度，不仅对其自身的发展产生过重要作用，而且也对其他宗派具有借鉴意义。随着佛教信仰在天台教义中的持续提升，上下两个层面的影响力对比在明清时期发生实质性变化，念佛、礼忏、法会等实修活动逐渐取代哲学理论指导，下层民众信仰的活跃弥补了高深哲理思辨的停滞和倒退。在这一过程中，天台宗与其他各宗的差别（包括理论上的分歧、修持上的不同）也逐渐淡化。