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发心撰写了《玄义》和《合注》。《玄义》的方式是根据天台家的释名、显体、明宗、辨用、教相之「五重玄义」的模式而撰成。《合注》是打破以往两书的惯例，而从《梵网经》的第一卷起头下注。此外，智旭批注《梵网经》的方式和古人也有所不同，那就是只有大科，没有细目，只有段落的分条，没有重重的分科；非但不支离破碎，而且一气呵成，他虽引用也经律，可是读来仍有行云流水之感。据他自已在缘起文中提起，当他撰写《玄义》和《合注》时，文思非常敏捷，有若发悟：

如是昉公远从闽地携仗来寻，为其令师肖满全公，请讲此经，以资冥福。复有二三同志欢喜乐闻，予由是力疾敷演，不觉心华开发，义泉沸涌，急秉笔而随记之。共成玄义一卷合注七卷[13]。

由此可知，智旭诠释《梵网经》，不仅有经律的依据，也是出于他心地开发。可惜在他当代而稍后的几位《梵网经》的注释家均未提到这两本书。也可以说，在明末清初，智旭阐扬菩萨戒的著作没有受到佛教界的重视，原因何在？可能是因为智旭门下未见有杰出的法将。

　　智旭的「五重玄义」和天台智者的「三重玄义」最大的不同之处，是对于体的处理。天台智者的用「出体」来说明无作戒体，所谓无作戒体，就是无漏色法，非本心本有，而是由师师相承传授而得。未受戒者无戒体，已受戒者有戒体，「受之则得，不受则无，持之则坚，

13. 《卍续》六十册，页619下。

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毁之则失」[14]，所以不是理体而是事用。然而智旭的《玄义》之中，「显体」项下，是以诸佛的本源心地为体，也等于是诸大乘以实相印为体，而且把此本源心地的理体解释成许多名称，如法住、法位，一切种智、一实境界、中道第一义谛等[15]。这也是因为他重视《梵网经》的「心地」二字的涵义，而且虽然没有明言跟禅宗的关系，其实暗与禅宗的观念相应。

　　他在写完《玄义》和《合注》十五年后，又写了一卷《菩萨戒笺要》，其原因是他的《合注》文义太广，不是每个人所能阅读的，因此有人要求他再写一本比较浅显而精简的菩萨戒批注，使得每半个月读诵菩萨戒本的人略知其大意[16]，这也是非常有趣的事。最初由于智顗的《义疏》太深奥，而有藕益智旭的《玄义》和《合注》，结果还在他住世的时代，就有人认为《合注》不是末世钝根所能遍阅而要求他再编一本简要的批注[17]，这种工作可能是永远做不完的。《笺要》既然是《合注》的精简本，所以没有特点可资介绍。

　　另外他也从《瑜伽师地论》本地分把菩萨地的戒品分科分段加以诠释，写成一卷《菩萨戒羯磨文释》，也就是根据《瑜伽师地论》的菩萨戒受戒法加以解释和说明。一共分为三大段，第一受戒羯磨、第二忏罪羯磨、第三得舍差利。受戒羯磨又分为从师受和在如来像前受，主要是礼请有智有力的同法菩萨为戒师而授与菩萨戒。所谓同法菩萨就是已经受了菩萨戒、已发无上菩提心的人；所谓有智有力，是自知用菩萨戒法，又能以菩萨戒法加被于人的人。如果无法求得有智有力的同法菩萨戒为戒师，才用如来像前受戒的办法，这不是菩萨戒的