灌顶之后，忽必烈为八思巴颁赐了《藏文诏书》（vjav sa bod yig ma），向后藏僧人宣告了他们之间的供施关系，承认了八思巴是自己宗教上的老师，这就意味着他承担起了保护以八思巴为首的萨迦派的职责，这无疑具有不可估量的重要意义。

　　1260年3月，忽必烈即大汗位，是为元世祖，建号“中统”，意即中原正统。是年未，任命八思巴为国师，授玉印，令其统领天下释教。这在《元史·世祖本纪》上也有记载，但却将国师误载为帝师：“（中统元年十二月），……帝至自和林，驻骅燕京近郊，始制祭享太庙祭器、法服。以梵僧八合思八为帝师，授以玉印，统释教。”八思巴受封国师，年仅26岁，他的成功既有必然的因素，又有偶然的因素。

　　首先，蒙古王室一向需要宗教信仰，需要宗教领袖作为自己的精神支柱，忽必烈的元王朝也不例外。忽必烈时代与过去已有所不同，此时的国师不只是宗教上的领袖，而且是藏族地区政治代表；封授国师的目的是“因其俗而柔其人”，也就是“以蕃治蕃”，顺利而有效地统治吐蕃，故而国师人选必然在藏传佛教界产生。

　　其次，忽必烈在选择西藏佛教领袖时，并不是一开始就选中了八思巴，显然曾在蔡巴派（蒙哥汗曾将此派分封给他）、噶玛噶举派和萨迦派当中寻觅，而噶玛噶举的噶玛拔希曾真正构成了八思巴的强大对手。好在老谋深算、世故多变的噶玛拔希错误估计了当时力量较弱的忽必烈王子的未来前程，弃他而走漠北，为八思巴留下了大展其才的自由场所。释道辩论使八思巴大出风头，名声大振。在忽必烈和阿里不哥的斗争中，噶玛拔希又站到了后者一边，这更是加深了忽必烈对八思巴的信赖和喜爱，对噶玛拔希的不满和仇怨。此外，在宗教地位上或许高于八思巴的海云和那摩的先逝，当然也给八思巴的出场让出舞台。［29］然而由于时代的更替，形势的变化，即使有如海云、那摩之类的佛教高僧与八思巴同时存在，如果他们不是藏传佛教僧人的话，就再不会成为八思巴“竞选”国师的对手了。他们一般不会再被封为国师，而只可能成为元朝幕府中的高级幕僚而已，如僧子聪（刘秉忠）等属之。

　　自从有国师（以及后来晋封帝师）这一正式身份，八思巴既是忽必烈一家的宗教导师，又是元朝高级幕僚。作为国师，八思巴的主要职能和贡献如下：

　　首先，身为国师（后为帝师），他必须履行圣职，不时地为帝王、后妃、皇室人员传法授戒，传授灌顶，讲经说法，举行法会；每逢新年之际还要写颇具佛教色彩的诗体祝辞向忽必烈全家祝贺新年，等等，使忽必烈的元朝宫室具有浓郁的佛教氛围。关于元朝宫廷守戒学佛的情形，在念常撰《佛祖历代通载》中有栩栩如生的记载。［30］

　　其次，八思巴发现、培养了大批佛教人才，有些先从八思巴学佛，后经他举荐给忽必烈委以朝廷要职，这些人对元朝及吐蕃的政治、经济、文化发展作出过重要贡献。他们中最典型的是八思巴胞弟恰那多吉。自从恰那多吉于1244年随萨班离开萨迦赴凉州后，他先后得到萨班和八思巴始终如一的悉心照顾和培养，他大概与八思巴同时来到大都。作为国师之弟，蒙古王室之姻亲，受过良好的蒙古文化和藏传佛教熏陶的恰那多吉，当然备受忽必烈器重，后于1265年受封白兰王。［31］除萨迦款氏亲属外，八思巴也大力扶植其他有为之才，其中著名者有如元代神僧胆巴（1230～1303年）、著名译师沙罗巴（1259～1314年）、为中尼两国文化交流作出巨大贡献的尼泊尔雕塑家阿尼哥（1244～1306年）、仕于元廷的维吾尔人阿鲁浑萨理（？～1307年）、敢于直谏不惧的青海人刘容，当然还有后来的元代权臣、毁誉参半的藏族宰相桑哥。

　　最后，作为藏族地区代言人，八思巴还直接参予或影响了中央王朝对吐蕃的施政，为藏区完全统一于祖国立下了汗马功劳：

　　一、协助建立吐蕃驿站。其目的在于联结汉地至萨迦地方的交通路线，以使藏区政令通达，确保中央政府通过八思巴对西藏地方实现全面统治。此外，负责建立吐蕃驿站的答失蛮入蕃，沿途都是凭借“上师的法旨”和“皇帝的札撒（诏书）”在藏区发号施令而一路畅通。［32］这正与汉文史料中的帝师之命与诏敕并行于西土［33］的说法相吻合，说明元朝统治者已充分“认识到藏传佛教在藏族人民精神生活中的地位，作出了倚重萨迦教派首领协助朝廷统治人民的决策。”［34］

　　二、获珍珠诏书，领总制院事。忽必烈自建立新王朝之初，就始终在思考“因其俗而柔其人”的治藏方略。1264年，忽必烈决定派八思巴和其弟白兰王恰那多吉返回萨迦去完成建立西藏行政体制的任务。临行前，忽必烈赐给八思巴一份酷似授权令的诏书《萨迦世系史》等藏文史籍里谓之为《珍珠诏书）（vjav-sa mu tig-ma）。［34］

　　《珍珠诏书》将八思巴置于所有教派和地方领主之上的总的领导者地位，要求西藏僧俗人众通通遵从八思巴的管理。可见它实质上是一份委任状或授权书。从此以后，元朝历代皇帝即位都要踢给帝师珍珠诏书，这成为一种定制。［35］

　　八思巴和恰那多吉走后不久，忽必烈在颁布《建国都诏》（1264年8月）、以上都［36］为都城的同时，改燕京为中都（1272年改为大都），升为都城，年号改为至元；并在，中央政府设置总制院，领之于国师，掌管天下释教和蕃地事务。

　　从当时的情况看，忽必烈命八思巴领总制院事，掌天下释教和蕃地事务，建立西藏行政体制，绝不是象征性或名义上的；认为八思巴以及后来的帝师只是宗教领袖的观点不甚贴切。［37］我们认为，如果说答失蛮借“上师的法旨”和“皇帝的札撒（诏书）”在蕃地建立驿站制度是八思巴协助朝廷在藏区施政的侧面反映的话，那么他1264年获珍珠诏书、领总制院事就是他既为皇室圣职人员，又为朝廷命官，一身二职身份的正式确立。

　　三、建立西藏行政区划——十三万户。阿旺·贡噶索南在《萨迦世系史》里说，八思巴第一次为忽必烈灌顶（1253年）时，忽必烈所献的供养是十三万户。每一万户拉德四千户、米德六千户。［38］实际上当时并不存在十三万户的具体划分，更谈不上拉德和米德的划分。［39］这里记载的大概是后来的史实，也就是说，首先是划分拉德和米德，然后在此基础上划分十三万户。这也正是八思巴1264年返回西藏要完成的建立行政体制的实质内容。

　　八思巴和恰那多吉是次回藏，通过联合各地教派和世俗势力的办法，首先划分了米德和拉德，然后划分十三万户，最后在此基础上建立了西藏地方的最高行政机构萨迦政权。作为掌天下释教和蕃地事务的国师（后为帝师）和总制院使，他自然又是该政权的最高领袖。为了便于具体施政，萨迦政权的最高领导者帝师和萨迦法主之下，还设有本钦、朗钦等重要职官。八思巴为了便于行使自己的政教大权，还设置了由13种侍从官组成的拉章。在这个特殊的环境和时代里，八思巴具有多重身份：一是作为元朝中央政权一名高官的国师（帝师）；二是受元王朝封授的一名封建贵族领主；三是萨迦教派法主。八思巴建立的这套行政制度，始终是在元朝中央政府统治下，遵循既适应西藏社会实际特点又尽量与中原各地行政制度相一致的原则建立起来的。尽管八思巴去世后元朝中央政府又增设了乌思藏纳里速古鲁孙等三路宣慰使司都元帅府，以加强对藏区的管理，但是八思巴所建政制的核心部分并未改变。