噶当派：“噶”，藏语意为“佛语”，“当”，意为“教授”、“教诫”，“噶当”意为一切佛语（经律论三藏），都是封僧侣修行全过程的指导。西藏佛教后弘期初期，学法僧侣中，重密法者则轻显教，重师承者则轻经论，重戒律者则反对密法，致使教法修行次第混乱，显密分歧。阿里王益希沃（智光）及绛曲沃（菩提光）迎请印度僧人阿底峡（公元982年～1054年）入藏弘法。阿作《菩提道灯论），阐明显密教义不相违背之理和修行应严格遵循的次第。仲敦巴（公元1004年～1064年）拜其为师，学到显密各种教法，并同卫、藏各地首领共议，迎接阿底峡到卫、藏各地传法。阿底峡在卫藏地区传法十七年，后病逝于聂塘。他去世后，门徒多依仲敦巴继续修行。宋嘉祐元年（1056年），仲敦巴建热振寺为根本道场；后形成噶当派。仲敦巴死后，其三大弟子分别传法，又形成了教典、教授、教诫三个支派。教典派系博多哇（本名仁钦赛，公元1031年～1105年）所传，以阿底峡"一切经论都是成佛的方便；一切教典都是修行的依据”的思想为主旨。主讲经论为“噶当七论”。教授派系京俄巴（本名粗赤拔，公元1038年～1103年）所传，以阿底峡《菩提道灯论》中"三士道次第”见行双运为主旨，以“四谛”、“缘起”、“二谛”之教授明“无我义”之“正见”，依一切大乘经典，别依《华严经》、龙树的《宝鬘论》、静天的《集学论）、《入行论》等修自他相换大菩提心教授，故而得名教授派。教诫派系普穹哇（本名熏奴坚赞，公元1031年～1106年）所传，以恒住五念教授为主旨，以“十六明点”的修法为心要法门，自戒律至金刚乘，能于一座中一齐修行，所崇本尊为释迦佛、观音、绿度母、不动明王，该四本尊与三藏教法合称“噶当七宝”。噶当派教法传播甚广，其他各宗教派别均深受其影响。十五世纪初，宗喀巴主要依其教义创立格鲁派，因此亦称“新噶当派”，噶当派遂并入格鲁派。

萨迦派，这是一个叫做昆氏家族的后代创立的教派。宋熙宁六年（1073年），贡却杰波（公元1034年～1102年）在后藏萨迦建寺弘法，后以此寺为主寺，形成萨迦派。“萨迦”，藏语意为“白土”，因在白色土地上建寺，故名萨迦寺。该派寺院围墙涂有象征文殊、观音和金刚手菩萨的红、白、黑三色花条，故又称为“花教”。教主由昆氏家族世代相承，分血统、法统两支传承。主要弘扬道果教授等显密教法，不禁娶妻，但规定生子后不再接近女人。衮噶宁波（公元1092年～1158年）、索南孜摩（公元1142年～1182年）、扎巴坚赞（公元1147年～1216年）、萨班·贡噶坚参（公元1182年～1251年）、罗哲坚参（即八思巴，公元1235年～1280年）五人被称为“萨迦五祖”。十三世纪初，蒙古贵族的武力进入藏区时，首先和僧侣集团发生联系，并利用萨迦派统治西藏各地。公元1260年，元世祖忽必烈封萨迦派的八思巴为“帝师”、“大宝法王”，让其当上西藏十三个万户长的首领，并兼管“宣政院”，这是元朝管理佛教的中央机关。为了便于统治，元朝分藏区为藏卫、喀木、青海三届行政区域，建立了一整套政教合一的行政制度。萨迦派对扩大和巩固元朝在青藏这一广大地区的疆城，起过积极的作用；在宗教上该派亦较能兼容其他各派，使青海地区的藏传佛教亦能得到迅速发展。 　　

十四世纪后期，萨迦派在显教方面还出了一个比较有名的人物，即仁达哇·薰努洛追（公元1349年～1412年），他从萨迦派人衮噶贝和玛谛班钦学显教，又从南喀桑波、扎巴坚赞等入学《集密》等密法。他是在西藏佛学史上在布顿·仁钦朱（公元1290年～1364年）和宗喀巴之间的一个重要人物。藏传佛教各派所重视的《中观论》，特别是月称的《入中论》和《中论明句论》这一派的学说，在他以前一段时期，在西藏几乎是失传了，由于他的努力钻研，并极力传扬，这一派的唯心哲学才又在西藏佛教界居于重要地位。因此，他在藏传佛教历史上占有一定的地位。他有不少的著述与注疏，也有一些有名的弟子。他是宗喀巴在显教方面的主要师傅。宗喀巴的两个著名弟子贾曹杰和克主杰原来也都是他的弟子，后来是由他介绍给宗喀巴的。

萨迦派在密教方面分三个支派：翱尔支派、贡噶支派和擦尔支派，这三支派都是由八思巴的侄孙喇嘛丹巴索南坚赞传下来的。翱尔支派创始者为翱尔钦衮噶桑波（公元1382年～1456年），他生于萨迦，学于萨迦，九岁出家，在萨迦东院学三律仪论，后来又从萨迦派其他人广学显密经论，而以佛陀师利为他的根本上师，学到萨迦派的道果教授。佛陀师利是喇嘛丹巴索南坚赞的再傅弟子（丹巴索南坚赞→贝丹粗墀）佛陀师利→翱尔钦衮噶桑波）。翱尔钦衮噶桑波会做过萨迦寺的堪布，相传各地来从他受戒的人，有一万二千多人。公元1429年，他在敖尔地方创建艾旺却丹寺，这个寺是晚期在后藏传播萨迦派密法的重要场所。他在寺里前后讲道果教授八十三遍，传金刚鬘论六十余遍，他会两次到前藏、三次到阿里传授萨迦密法，并两次到洛敏汤地方（原属西藏，现在尼泊尔境内），传授萨迦派教法。他有不少弟子，继承他的堪布地位的是衮乔坚赞（公元1388年～1469年）。衮乔坚赞会受萨迦昆氏家族后裔与当时仁蚌巴的权贵的尊信和支持，并另建一座寺，有不少弟子。翱尔钦衮噶桑波、衮乔坚赞及其弟子，形成了翱尔支派。

贡噶支派的创始者为图敦·衮噶南杰（公元1433年～1496年）。他自幼学密法，从绛巴林巴受比丘戎，他也曾在萨迦东院学法，而以索南桑波为根本上师，以传承萨迦寺子孙院的密法为主。索南桑波是喇嘛丹巴索南坚赞的三传弟子（丹巴索南坚赞→大乘法王衮噶扎希→索南桑波→衮噶南杰），这一支派因此也可以说是从喇嘛丹巴传下来的。公元1464年，衮噶南杰在前藏的贡噶宗的东边创建多吉丹寺，后来通称贡噶寺。这个寺逐渐成为晚期在前藏传播萨迦派密法的重要场所。索南桑波的一个同学名仲巴·衮噶坚赞（公元1381年～1436年），也是当时传授萨迦派密法的一个有名的人物，他虽然也会在萨迦寺东院学法，但以大乘法王衮噶扎希为根本上师。他会做过昂仁寺、却登寺等寺的堪布，传授以密法为主的萨迦派的教法。他也有不少弟子，格鲁派的克主杰会是他的密法弟子之一。仲巴·衮噶坚赞和图敦·衮噶南杰所传的萨迦派密法，是以萨迦子孙院的密法为主。