到十六世纪，萨迦派又出过一个在教法史上有地位的人，即擦尔钦·罗赛嘉措（公元1494年～1566年）。他先在扎什伦布寺为僧，后改从萨迦派人朵仁巴衮桑却吉尼玛学上述翱尔和贡噶两派所传的萨迦密法，并从萨迦后裔达钦·罗追坚赞学得上述二派所不传的萨迦派密法，由是在宗教界颇有盛名。相传三世达赖会从他学萨迦派的密法，而五世达赖也曾从他的后辈学法。擦尔钦·罗赛嘉措常驻茫喀地方的图丹根培寺，有不少知名的弟子和再传弟子，形成了一个传承，藏文史料上也把它称为萨迦派的擦尔支派。这一派如果追溯它的师承，也可以推到八思巴的侄孙丹巴索南坚赞。

噶举派，“噶举”藏语意为“日授传承”，谓其传承金刚持佛亲日所授密咒教义。因该派僧侣穿白色僧裙和上衣，故俗称“白教”。此派系十一世纪时玛尔巴（公元1012年～1097年）创立。首先传米拉日巴（公元1040年～1123年）、再传达波拉结（公元1079年～1153年）。该派主要学说是月称派中观见，其大印传承，不重文字，重在以证理通达大印的智慧，以苦修为特色，会融合噶当派教义。此派是藏传佛教各教派中最早采取活佛转世传承制度的，会建立黑帽系和红帽系两大著名的活佛转世系统。同时，此派支系众多，主要有达波噶举和香巴噶举两大传承。玛尔巴、米拉日巴、达波拉结传下来的为达波噶举；琼波南交（公元1086年～？年）传下来的为香巴噶举。黑帽系和红帽系与元代以来历代中央政权关系密切。在明代，噶玛噶举的黑帽系活佛，接受了明朝封给藏传佛教首领人物的最高封号--大宾法王。达波噶举的创始人达波拉结，他的四个门徒又创立了达波噶举的四大支派，即都松钦巴（公元1110年～1193年）创立噶玛噶举，是四大支派中最大的一支，藏传佛教的活佛转世制度，就是十三世纪时，由噶玛噶举支派首创的；十二世纪中叶所创立的蔡巴噶举，后衰落，寺院并入新兴的格鲁派，不复单独存在；而十二世纪建立的拔戎噶举，不久，因家族内部争端而衰亡，达波拉结的门徒帕木竹巴（公元1110牢～1170年）创立帕竹噶举。不久，山南地区的封建农奴主朗氏家族，篡夺了这一教派的领导权，逐渐发展成为西藏最大的一个地方势力。公元十三世纪中叶，帕竹是十三万户之一；十四世纪中叶，帕竹噶举取代了萨迦派，掌握了西藏地方政权，直到十七世纪初叶。以后，实力渐衰，寺院也都并入格鲁派，而帕竹噶举亦从此消失。

帕竹噶举的创始人帕木竹巴有八个门徒，他们又分别建立了八个小支派。到解放前后，止贡、达珑、主巴三派仍然存有一定势力，另外五派即雅桑、绰浦、修赛、叶巴、玛仓等，都早已先后消亡。

上述教派各霸一方，自我标榜，门户之见颇深，势不相容，政争与教争纠缠在一起，相互征战不休。到十三世纪初，元朝统一西藏各地以后，这种局面才基本上结束了，从而开始了一个崭新的阶段。到明初宗喀巴创立格鲁派时，各派寺院已遍布西藏、青海各地。僧俗联合，政教合一的制度，对藏、蒙古、土、裕固、纳西等民族的历史，带来深远的影响。

明朝对青藏地区的统治，大体上仍沿袭了元朝划分三个区域的办法，不过又有了新的发展，即把僧俗官职纳入地方体制之中。一方面建立了一套完整的世袭土司制度，另一方面对高级僧侣封赐各种尊号，形成一套僧官制度。明永乐时封噶举派哈立麻为“大宾法王”，封萨迦派昆泽思巴为"大乘法王”；宣德时封格鲁派创始人宗喀巴的大弟子绛钦却杰为"大慈法王”。另外还封了“阐化王”、“赞善王”、“护教王”、“阐教王”、“辅教王”，通称“八大法王”。还封了两个“西天佛子”，九个“灌顶大国师”，十八个“灌顶国师”及若干个“国师”，“禅师”，“都纲”等僧官。青海乐都瞿昙寺就是明洪武二十六年（1393年）米元璋赐寺额“瞿昙”后形成的藏传佛教寺院。在封建王朝的支持与倡导下，西藏、青海等地的藏传佛教越来越盛行，正如青海《西宁府新志》上所记载的“西宁四周皆山，番寺僧族，星罗棋布”

藏传佛教格鲁派创始人宗喀巴，原名贡嘎宁宝。他出生在青海湟中县（今塔尔寺所在地），这里正是黄河与湟水之交汇处。宗喀巴诞生于元至正十七年（1357年），父名伦木格，母名香沙阿趣。他小时候就很聪明，三岁时即从湟中夏峻寺喇嘛噶玛饶贝多杰受居士戒，七岁时他的父母就送他到化隆夏群寺的高僧东珠仁钦处学经，取经名罗桑扎巴，学习写读经典。十六岁时结伴前往西藏求学，在前、后藏各教派寺院访师问道二十多年，因而学识渊博，精通显密，著述很多，名声大振，为全藏教徒所崇拜。他三十多岁时便能给当地学者讲述十五种“论”和其他经典。三十六岁时率领弟子十多人深入雪山静修，声望益高，成为拯救藏传佛教，创立格鲁派的大名鼎鼎的人物，人称“宾贝佛爷”，“第二释迦”。

宗喀巴目睹了藏传佛教各教派盛、衰状况，深感宗教必须改革。此时正值萨迦派日趋衰落，各说纷起。他对各派只重视日传“密宗”，不修习释迦牟尼的“显宗”，一般僧侣不重佛教经典，不守戒律的状况深感不满；他对僧侣们生活骄奢淫逸，放荡腐化，甚至崇尚邪咒，以吞刀吐火来惊世骇俗的作法十分痛心；他对各教派彼此互相征伐，不相统属，而又各自投靠一定政治势力，使宗教颓废萎靡失却人心的现状大失所望。在这种情况下，宗喀巴出于强烈的责任感与事业心，立志改革藏传佛教。他主张采取噶当派祖师阿底峡的宗旨，并兼采各派所长，著有《菩提道次第广论》和《密宗道次第广论》等，把“显宗”、“密宗”加以整理，先显后密，并统一教义；严守戒律，主重苦修，禁止僧侣娶妻生子；主张严格的教阶制度，严明次第；并标榜不干预世俗事务，与各地封建势力广泛建立“施主”关系。

明永乐七年（1409年），宗喀巴在拉萨大昭寺创建了“莫兰木”祈愿法会，聚集八千僧侣，发放布施，扩大影响，正式打出了“格鲁派”的旗号。“格鲁”，藏语意为“善规”，就是好规矩的意思。因为该派僧侣头戴黄帽，故亦称“黄教”。又因为它多沿袭噶当派教义，因而也称为“新噶当派”。同年，在明王朝的支持下，该派在拉萨修建了第一座格鲁派寺院--甘丹寺。以后，宗喀巴的门徒又先后修建了哲蚌寺（1416年）、色拉寺（1418年）、扎什伦布寺（1447年）、塔尔寺（1560年，在青海）、拉卜楞寺（1710年、在甘肃）等寺院。另外还有今属蒙古人民共和国的额尔德尼召等。在达赖五世时还大规模重建和扩建拉萨布达拉宫，作为达赖喇嘛的驻所；达赖七世时修建了罗布林卡，作为达赖喇嘛夏天居住的地方。该派各大寺院建筑宏伟壮观，塑像精美，僧侣众多，并有一整套学经修习制度。甘丹寺、哲蚌寺、色拉寺、扎什伦布寺、塔尔寺、拉卜楞寺被誉为藏传佛教格鲁派六大丛林，至今仍驰名中外，享有很高盛名。