新兴的格鲁派的主张，恰恰符合了封建王朝的政治利益，因而立即得到了明王朝的赏识与支持。早在明永乐六年（1408年），明成祖就派人邀请宗喀巴进京，他派弟子绛钦却杰代表他进京晋谒了明成祖。永乐七年至十二年（1409年～1411年），宣德元年到九年（1426年～1434年），绛钦却杰先后两次再进京朝见，得到明帝优厚的赏赐。此时，在绛钦却杰的支持下，在青海民和修建了灵藏寺、弘化寺。后来信徒们又在青海同仁修建了隆务寺。这些都是格鲁派在青海的早期寺院。

宗喀巴弟子很多，主要弟子还有贾曹杰，克主杰等。明永乐十七年（1419年），宗喀巴圆寂于西藏甘丹寺，享年六十三岁。

格鲁派创立以后，亦推行“灵童转世”制度和“活佛”等称号，有达赖和班禅两大系统。

十六世纪以后，东蒙古上默特部移牧到青海湖周围，该派首领俺答汗彼明王朝封为“顺义王”。明万历三年（1575年），俺答汗在青海湖西岸修建了“仰华寺”，作为蒙古贵族会盟的地方。第二年邀请哲蚌寺法台锁南嘉措来寺讲经。明万历六年（1578年），俺答汗送给锁南嘉措一个"圣识一切瓦齐尔达喇达赖喇嘛”的尊号。“瓦齐尔达喇”即金刚持的意思；“达赖”，蒙语为“大海”的意思。锁南嘉措也给俺答汗回敬了一个尊号，叫做“法王梵天”。在俺答汗的大力支持下，青海广大牧区的蒙古族、藏族，很快就信奉了黄教。到清初，格鲁派寺院上层集团，向上追认宗喀巴的弟子、哲蚌寺的第一任法台根敦珠巴为第一世达赖喇嘛，根敦嘉措为第二世达赖喇嘛，锁南嘉措是根敦嘉措的“转世灵童”，为第三世达赖喇嘛。顺治十年（1653年），这种追认得到了清王朝的承认与支持，从此达赖神职系统正式产生。

明万历十六年（1588年），销南嘉措在赴京途中死于内蒙，并就地埋葬，后来他的信徒将其骨灰移到塔尔寺内供奉。俺答汗新出生的会孙云丹嘉措被认为是“转世灵童”，万历三十年（1602年）被迦回哲蚌寺，这是第四世达赖喇嘛。以后直传到现今的十四世达赖喇嘛。

格鲁派的势力迅速扩大，凌驾于其他教派与一些封建势力之上，遭到了其他教派与部份封建势力的联合反对。在这种情况下，该派上层集团，为了使自己的势力不受到削弱，便积极寻找有势力的人物来支持，他们首先选中了自明代即进驻青海牧区的势力强大且信奉黄教的蒙古族和硕特部首领固始汗。固始汗早有控制藏卫各地的心愿，遂于明崇祯十年（1637年），派兵进驻拉萨，由其长子达延汗亲自驻屯，真正用武力控制了藏卫各地，并翦除了后藏的封建势力藏巴汗。在名义上划卫（前藏）为达赖的香火地，划藏（后藏）为扎什伦布寺的香火地，这实际上也就是用武力推行黄教。在这种情况下，其他教派的势力更加衰弱了。在这同时，固始汗也为了削弱达赖神职系统在格鲁派中的独占地位，从而达到分而治之的目的，在清顺治二年（1645年），他加给扎什伦布寺法台罗桑却古一个尊号，日“班禅博克多”。“班禅”，藏语为“大学者”的意思，“博克多”蒙语为“圣人”的意思。罗桑邦吉死后，扎什伦布寺亦仿照哲蚌寺的作法，采用转世制度，并向上追认了三世班禅，罗桑却吉为四世班禅。格鲁派中的班禅神职系统从此建立起来。后来传至现今的十世班禅。从班禅神职系统产生以后，后藏便成了班禅的香火地（驻锡地）。

格鲁派除了与上述蒙古贵族密切联系外，还通过固始汗与当时在我国东北新兴起的、以后夺取了中央政权的满族贵族取得联系。明崇祯十五年（1642年），格鲁派上层的专使到达盛京（今沈阳），受到了清太宗皇太极的热情款待。满族贵族原一直耽心蒙古族诸部形势不稳是他们入关夺取中央统治权的障碍，当了解到格鲁派对蒙古族的深刻影响和作用以后，于是采取了极力拉拢格鲁派的策略。如此看来，格鲁派与蒙古族的这种关系，已经远远超过了所谓施主关系了，而实际上已经成了各自抱有不同目的而建立起来的一种政治同盟。

公元1644年，清兵入关，在北京建立了中央政权。清顺治七年（1650竿），清廷派专使来青海，通过固始汗召请五世达赖进京。顺治九年（1652年），五世达赖阿旺·洛桑嘉措晋京，受到极优厚的款待。清廷还在北京德胜门外修建“黄寺”，供达赖居住。次年，达赖五世告归，清廷用金册玉印封赠他为"西天大善自在佛所领天下释教普通瓦赤喇怛喇达赖喇嘛”，这是清廷封赠达赖神职系统的开始。顺治十年（1653年），又封赠了在青藏高原上建立了大部落联盟的格鲁派的后台固始汗，称为“遵文行义敏慧固始汗”。康熙五十二年（1713牢），又用金册玉印封赠班禅神职系统，称为“班禅额尔德尼”。“额尔德尼”为满语，即“珍宝”之意。达赖、班禅神职系统受到清朝册封以后，号召力更大增。此时，青海的塔尔寺成为达赖、班禅及其享使往来京藏间的下榻之所，它在宗教与政治上的地位更加提高了。康熙五十九年（1720年），清廷平定西藏内乱后数月，把诞生于川西理塘的灵童格桑嘉措从塔尔寺护送到拉萨坐床，是为七世达赖，这就更提高了塔尔寺在格鲁派中的地位。

1933年，十三世达赖土登嘉措死后，在青海的马步芳和西藏摄政的热振呼图克图升绛巴·益西丹尼坚赞与塔尔寺上层僧侣协商后，于1937年确定湟中县祁家川祁却才郎之子、塔尔寺活佛当才之弟拉木登珠（即后来的丹增嘉措）为转世灵童，他就是十四世达赖喇嘛。1937年，九世班禅在青海玉树死后，1942年冬，在青海循化县边都沟寻找到官保慈升（即现世的却吉坚赞）为转世的灵童，1943年正月15日