接著，在西元初年以後撰著了七論的註釋書，與綜合性纂集、整理阿毘達磨教理的綱要書。巴利佛教中，作為七論註釋書與綱要書的《清淨道論》，是由佛音（Buddhaghosa）於西元五世紀前半葉所作，之後也出現許多綱要書與義疏等。

說一切有部方面，則直到西元二世紀前後才有論藏註釋書《大毘婆沙論》二百卷的成立，還有在四至五世紀間出現教理綱要書《阿毘曇心論》、《雜阿毘曇心論》與世親（Vasubandhu）《俱舍論》等論書，之後，又有很多綱要書與註疏等著作問世。另外，與經量部相關的綱要書，則有四世紀前後訶梨跋摩（Harivarman）所作的《成實論》，該論與《婆沙論》、《俱舍論》等，在中國也徹底地研究了。

大致說來，上文表列的巴利與漢譯七論中的一至三論，可以說均屬初期論書，四與五論係中期論書，六與七論則屬後期論書。在細節上，初期論書包含了中期論書的元素，中期論書也有後期論書的某些成分。因此，以下將對阿毘達磨三個階段的特徵作概觀說明。

初期的阿毘達磨，採用的是前述整理研究阿含經的四種方法。也就是：

一、將諸法依法數分類；
二、將諸法依條目區分；
三、作語句的定義說明；
四、將教理與修行法門予以體系組織化。

初期的阿毘達磨完全是在論究與阿含經（法）的關連，阿毘達磨（對法）的本意亦即在此。

但是到了中期，由於當時對有關心與色等諸法作全面性的探考，使其視野更廣泛、深入，因此在阿毘達磨中也加進了經典所未宣說的新用語。教理的解釋與用語在概念上的規定，也迥異於向來形式性的說明，而變得極為嚴格，成為與阿含的經說、詞句無直接關係的獨立著作。這可說已悖離了「對法」的意義，也意味著遠離了本來的佛說。

再進展到後期階段時，涉及時間、空間的關係論已擴大，甚至也論及諸法的存在問題，將生滅變化的「有為法」分為色（物質）、心（心的主體）、心所（心的屬性）、心不相應（促使心及色遷流變化的力量）[1] 並再予以細分，另外也標立了不生不滅的「無為法」。

而就「無為法」方面，各部派間有種種不同的說法。阿含經中並無以上那些分類，而且經典中將一切「法」作五蘊、十二處、十八界等的這種分類法，在此便漸漸失去功用，因為與阿含相較起來，這裡所說的一切法範圍更為廣泛。

又，在阿含經中，並無「心所」與「心不相應」的用語及概念，經中雖有「無為」一詞，但它只是如前述的是指心開悟的狀態，並非此處所說的不生不滅的客觀性存在。

說一切有部更進一步說「法體恆有」，認為有為諸法雖然是生滅變化的，而諸法的體性（本體、本質）卻是不會變化而恆有常存的，這種說法應該已悖離佛教本來的立場。總之，所以會如此，或許是為了與外道作論爭。但到了後期的阿毘達磨，已將釋尊所禁止的「有什麼」、「是什麼」的存在論題，也納入討論的範疇，如此一來，就佛教原貌而言，可說是種墮落。

簡要來說，阿毘達磨論書是對佛教作了詳細的學問研究，而對諸法的分類、用語等，又作了嚴謹的概念規定，這些成果對佛學研究者而言，有很大的助益，但對以信仰實踐為中心的一般學佛者來說，卻無此必要，尤其違反佛說的存在論題，可以說更是有害無益。那麼，西元初年前後興起的初期大乘運動，將這些阿毘達磨的部派佛教貶抑為「小乘」，並強調佛教本來的信仰實踐，宣說應該回歸釋尊的立場，該是因應時機而興起的如法之事了。

然而，部派佛教並非如初期大乘所宣告的是一種墮落。他們遵守嚴謹的戒律，也常常善盡出家僧團所應肩負的僧伽機能。在說一切有部的新律中，有「經師」、「律師」、「論師」、「法師」、「禪師」等語詞，這是將僧團的成員予以分工，使其各自專司不同的領域。例如，精通經、律、論三藏聖典的人就成為「法師」，以教化為專職，對民眾說法；專精於禪定的就稱為「禪師」。如此分別依其所長而各自精進，又彼此協力合作，僧團於是逐漸興隆。

從法顯、玄奘、義淨等中國僧人的印度遊記看來，即使在大乘興起後，大、小乘仍然並行。不論在五世紀初的法顯時代，或七世紀的玄奘時代，小乘部派的寺院與僧徒數目都比大乘多，甚至到佛教在印度本土滅亡的十三世紀為止，某些部派都依然存續著。特別是斯里蘭卡等地的南方上座部，生活如釋尊時代般純粹的僧伽，迄今兩千數百多年來，依然保持著，且興盛不衰。