座落在千年古刹南普陀寺内的闽南佛学院(以下简称为闽院)，位于风景如画的鹭岛南端，巍峨秀美的五老峰前，是中国汉语系佛教院校中在海内外知名度较高的一所著名学府。自建院至今70多年，几度兴衰，为佛教界输送了大批僧才，在中国佛教教育史上写下了灿烂的篇章。
　　回顾闽院的办学历史，可划分为六个时期。
　　一、初创时期(1925年至1927年)
　　闽院是厦门南普陀寺最后一任世袭制住持，临济宗喝云派下的转逢和尚与南普陀寺十方丛林第一任住持会泉法师共同创办的。
　　转逢和尚因观子孙寺院流弊甚多，所以早在1924年，就将南普陀寺寺制改为十方丛林选贤制，并选举出德高望重的会泉法师担任第一届住持。
　　会泉法师新任伊始，即与转逢和尚等商议，都深感福建一带的佛教，道风尚可，只是佛学研究乏人，本着培育僧才，振兴佛教的大悲愿力，经积极的策划筹备，1925年9月1日那天，在南普陀寺正式创建了闽院。
　　闽院定学制为3年。正、副院长分别由会泉、常惺两法师担任。教务与事务主任分别由觉三、广津两法师担任。佛学教席由常惺及惠庭法师担任。科学与文学教席，则聘请厦门大学教授兼任。
　　首届学僧74人，分专修与普通两科。程度较高的专修科由常惺法师主讲唯识，至毕业前为止，讲授了《摄大乘论》、《辨中边论》、《成唯识论》等。程度一般的普通科由蕙庭法师主讲各宗派源流。除必修课程外，学院有时还邀请一些学术界的知名人士进院作学术专题演讲以拓展学僧的知识视野。会泉法师尽管寺务、院务繁忙，也还从百忙中挤空常为学僧开示法要，为弘法人才的培养，他老人家可真是心为倾注。闽院开办后不久，鉴于学僧年龄与文化程度参差不齐，将年龄小、文化程度低的学僧分出，另设小学部。1926年，小学部迁往漳州南山寺开办，称南山学校。1927年夏，专修科第一届学僧毕业，弘教各地。普通科学僧仍在本院继续升学。
二、发展时期(1927年至1933年)
　　1927年，会泉法师住持南普陀寺3年任期已满，乃与常惺法师等协商，选聘太虚法师继任方丈兼闽院院长。太虚法师上任后，以培养能住持佛教的新型僧才作为办学宗旨，对闽院大加整顿，采取种种措施来推动闽院健康发展：
　　（一）完善学院机构。除院长、副院长、代理院长外，设教务主任、训育主任、事务主任各1人，又设监学、会计、庶务、交际、书记、图书管理员等职，各自尽力其职务范围内的工作。
　　1928年8月至1931年7月，先后担任各种职务的人员为：虚，院长；常惺，副院长；觉三，代理院长、教务主任；大醒，代理院长、教务主任、训育主任；芝峰，教务主任；转逢，训育主任；觉斌，事务主任；寄尘、宏渡，监学；慧童，监学、会计；笑溪，会计、庶务；墨禅、止安，会计、庶务、图书管理员；印江，庶务、图书管理员；会怀，庶务；广津、苏慧纯，交际；含虚，书记；因遐，书记、图书管理员；谈玄，图书管理员。
　　(二)为减轻教学困难、改善教学效果而分部。以学僧文化程度高低不等，致教者学者均感困难，因此把闽院最先所设的专修科与普通科改为专修部与中学部。专修部专修佛学、科学、文学等科；中学部，除佛学外，授以普通初中课程。
　　1930年夏，成立研究部。芝峰、大醒两法师分别被任命为研究长与副研究长。第一届学僧10人，全是太虚法师从闽院应届毕业生中选出的品学兼优者。研究部设法相唯识系、法性般若系、小乘俱舍系、中国佛学系、融通应用系的五系，供研究人员选修。同年秋，增设锡兰留学团(习英文以备留学)于漳州南山学校，并与校中部分僧教育合并更名为闽南佛学院第二院。
　　(三)为使培养出来的学僧能“根据佛学的真理，适应现代的社会”，在课程设置方面，力求门类多样化。佛学方面，有佛学概论、各宗派源流、因明学概要、大乘宗地引论、律学大意、贤首学大意、天台学大意、唯识学大意、密学大意、禅学大意、净土学大意、俱舍学大意、成实学大意及四论学大意等；国文方面，有语体文、文言文、文法、文字学、文学史；外文方面，有日文及英文；数学方面，有算术、珠算、代数、几何、三角；历史方面，有本国史及世界史、中国及印度佛教史、自由史观、僧伽制度沿革史；地理方面，有本国及世界地理、佛教行化地域形势；哲学、宗教方面，有中国哲学大要、西洋及印度哲学大要、人生哲学、世界各种宗教大要、心理学、伦理学等；教育方面，有教育原理、教授法、佛教研究法、寺院管理法、佛教教育各论；艺术方面，有书法、音乐、图画、梵曲、建筑、雕刻；此外，还开设体育、劳动和行持等课。课程门类繁多，而时间安排却太紧，致使学僧成绩难以理想。1929年，院方接纳了正卓锡南普陀寺的弘一法师的建议：“可将佛学的课程来增多一点，且格外地注重，而对于英文及算术等，可以删掉，而增加其他的时间。”“从此以后，学生们的成绩比以前好得多呢!”　
　　(四)制定训育标准与训练目标，训示学僧，使学僧养成学以致用的真实学行与才干，以打破向来出家僧众必须依赖在家居士作事说话及受人欺蒙等等积弊。闽院因感佛教之不兴，是由于僧人缺少训练，故在1928年至1931年所执行的训育标准上，除行持修证外，还定有慈悲喜　、和偕合聚、劳动勤苦这三个原则。同时决定训练的目标，在思想方面：认识佛教为解决人生问题的唯一归路；认识佛教为指导人类向上的唯一捷径；深信佛教应该不离世间为社会谋利，作济世事业，打破一切封建思想，根据佛陀的教法和慈悲喜　的精神，建设适合时代及人生需要的新佛教。在行动方面：养成有目的、有步骤的行动；破除自私自利等种种恶习。练成和偕合聚、有组织有纪律的团体。在生活方面：革除衣来伸手、饭来张口的懒惰习惯，养成一日不作、一日不食的勤苦生活；并锻炼刻苦耐劳的体魄。做我不入地狱谁入地狱的〈劳动〉工作。
　　至于训练的实施，有学院指导和学僧自动学院辅导两条途径。具体方法是：谈话，纠正思想；讨论，解决问题；讲演，统一意志；开会，团结精神；同学会，组织练习办事等等。把训练的目标切切实实贯彻到日常生活的每一天。
　　(五)增聘教师，扩充师资队伍。在1928年8月至1931年7月这3年当中，任课教师就有23人。这在当时的佛学院来说，师资阵容算是相当强大的。太虚院长亲执教鞭，大醒、芝峰、寄尘、笑溪、宏渡、墨禅诸法师以及研究部的宝忍、默如、西莲、慧童、戒德、心道等也都在这期间先后给学僧授课。　
　　（六)创办佛学刊物。1928年10月，闽院首创了《现代僧伽》刊物。由大醒、芝峰两法师任主编。设有社评、论坛、研究、特载、佛教要闻等栏目，借以弘扬佛法、传播佛学理论、沟通佛教界的信息、引导佛教界的变革。1932年，该刊物更名《现代佛教》。