(二)变革南普陀寺住持制度而使闽院前景开阔。南普陀寺历来是临济宗喝云派属的子孙寺院，寺院的住持由同一宗派内的子孙世袭。据《转逢和尚塔铭》载：1924年，南普陀寺最后一任世袭制住持转逢和尚将南普陀寺改为十方丛林选贤制，“设订十方选贤规约二十则，呈政府立案，以为永远法制，一扫诸方之子孙制及法派流弊。”选举会泉法师为第一任住持。翌年，于寺内创办闽院，会泉法师兼任院长。从此，南普陀寺住持由选举产生，3年一任，并兼院长一职，延续至今，依然如此。
　　在当时闽南所有改制的寺院中，转逢和尚对南普陀寺住持制度的变革意义最为深远。为南普陀寺及闽院广揽群贤创造了十分有利的条件，使得诸方贤能如会泉、常惺、弘一、太虚、大醒、芝峰、巨赞及后来的妙湛、圣辉等都相继来寺，或任住持，或执教鞭，或讲学弘法。一时闽院人才济济，亦因此成为中国僧教育的重要基地之一。
　　(三)礼聘具有杰出领导才能、谙通教育与管理的著名僧人担任院长。众所周知，佛学院是从事僧教育的机构。院长的工作职责，简单的说就是领导和管理学院。他在学院中历来居主导地位，具有领导权威。正因如此，领导和管理的好坏，直接影响到佛教教育事业的发展，佛教的前途。所以，作为佛学院的最高领导者，若想出色的履行自己的职责，除了要具备精深的佛学修养外，还须精通教育和管理。
　　纵观闽院历任院长，会泉、太虚、常惺、妙湛、圣辉等，无不是既通教育、又善管理的杰出人物：
　会泉法师：闽院首任院长，曾参学于浙江天童、江苏金山、扬州高旻寺等名刹。他博通内典，善于说法，常讲经于闽南，远及台湾与马来西亚。
　　1914年，会泉法师住持泉州承天寺。1923年，创办具有义务教育性质的“优昙学校”。1924年，当选为南普陀寺十方丛林第一任住持。1925年创办闽院。1933年，又在厦门万石莲寺开设佛学研究社。
　　因其一生大部分时间都在讲经说法、从事教育与管理，所以在这一方面具有相当丰富的经验。
　　太虚法师：中国近代佛教变革与复兴运动的中坚，杰出的佛教教育家。
　早在1908年，对僧教育十分关注的太虚法师就和名重一时的爱国诗僧寄禅和尚等人组织“浙江僧教育会”。1911年，随栖云法师赴广州，住持白云山双栖寺，与梅光羲等人创设“广州佛学精舍”。1913年，寄禅和尚为保护寺产而献身。在其追悼会上，大胆提出全面改革佛教、以求生存的佛教三大革命(教理革命、教制革命、教产革命)主张以抒悲愤。1922年，在湖北创建武昌佛学院。此后，接连在杭州开创永明学舍，佛教慈幼院；厦门发展闽院；重庆设立汉藏教理院等，为我国近代佛教教育事业，立下了卓著的功绩。
　　太虚法师除致力僧伽教育外，还组织佛教社团，创办佛教刊物等，以变革和复兴佛教为已任。
　　同时，为把佛教推向世界，他还远涉重洋，讲学欧美，弘布佛法。在海外佛教界享有崇高声誉。
　　由于他在我国近代宗教活动上的卓越贡献，被国民政府授予宗教领袖胜利勋章。
　　常惺法师：少年出家，曾毕业于江苏省立如皋僧师范，就读于上海哈同花园“华严大学”。1922年，在安徽安庆迎江寺创办“安徽僧学校”。除亲任管理外，还参加佛学课程的讲授。933年，当选为南普陀寺方丈兼闽院院长。是僧团中不可多得的优秀青年管理人才。
　　妙湛法师：出家之前就从事教育工作，当过小学教员，任过小学校长。出家以后，从青岛湛山寺佛学院　虚老法师、扬州高　寺来果禅师参学。他深谙佛理，精究天台，兼修禅净，道学并优。1957年，卓锡厦门南普陀寺，深受寺内僧众爱戴和佛教界人士敬重。历任诸名刹及佛教协会要职。1985年复办闽院并任院长。
　　妙湛法师是我国当代继太虚法师之后最伟大的佛教教育家。为了培育僧才，使慧炬常明，其不顾耋耋之年，把所有精力全投入到佛教的教育事业：
　　1992年1月，在上海召开的全国汉语系佛教教育工作座谈上，倡议大家致力投资于佛教教育事业，并代表南普陀寺带头捐款20万元作为中国佛教教育基金。
　　同年3月，福建省佛教教育工作座谈会于南普陀寺隆重举行。在会上，妙湛法师就如何把本省佛教院校办好，尽快培养出更多合格的佛教育人才问题发表了令人深思、语重心长的讲话。首先指出本省佛教教育所存在的一些较为严重的问题，诸如领导机构不健全，各种规章制度欠完善等。然后针对存在问题，提出了解决措施：“一定要认真执行学修一体化、学僧生活管理丛林化。学僧修持、持戒的表现应予评分，做为能否升级、毕业的重要依据，同时要按照丛林僧人的要求对学僧进行管理，坚持上殿、过堂、禅修、念佛，严格僧仪、僧纪。”为使本省佛教教育事业得到有力的经济保障，建议本省成立“佛教文化教育基金会”。
　　1995年5月，在北京“中韩日三国佛教友好交流会议”上提出佛教大国一定要有佛教大学"的倡议，为兴办中国佛教大学而呼吁。
　　此外，他在《僧教育的新构思》一文中，针对当前佛教人才奇缺的实际情况大胆设想，提出“分系教学”以培养能适应不同方面(寺院管理、佛教教学、佛学研究等)、不同层次需要的专业人才，一改长期以来佛教院校所进行的培养通才式的教学。在《再谈僧教育》中，就如何才能把佛学院办得更好，大抒已见：强调要严格把好招生考试关、进行多层次的教学、三学勤修、三藏并重、解行一致等等。可以说，妙湛法师这些构思为进一步办好僧教育开辟了一条崭新之路。
　　妙湛法师不仅致力倡办闽院，而且对中国佛学院，福建佛学院，黑龙江依兰佛学院等多所佛学院亦给予了或人力、或物力、财力的大力支持。
　　圣辉法师：曾毕业于中国佛学院研究班并留校执教。现任中国佛协副会长暨中国佛学院副院长兼教务长、长沙岳麓山寺方丈、南普陀寺方丈兼闽院院长等职。
　　圣辉法师自驻锡南普陀寺开始，就下大决心，花大力气，努力创造一个学风纯正、道风优良的学修环境。他以其精深的佛学修养，严以律己的精神，率众精勤，从严治校、严格管理、成绩显著，是一位闻名国内佛教界的教学行政管理僧才。正是这些谙通教育与管理的院长的领导，闽院才会出现那繁荣昌盛，令人欣喜的局面
　　(四)拥有一支专业娴熟、优秀稳固的师资队伍，培养出不少法门龙象。师资，是提高教学质量、办好佛教教育的关键。因此，闽院历来十分重视对优秀教师的聘用：象惠庭、常惺、大醒、芝峰、巨赞、印顺、梦参、了法、圆智、济群、海如等法师都先后在闽院担任过教席。一代高僧弘一法师创办佛教养正院并亲自承担训育课程。著名的教授学者如陈定谟、虞愚、单培根、方兴、田光烈等都是曾执教于闽院的优秀教师。