有耕耘就有收获。放眼四看，从海内到海外、从南到北，华夏大地、宝岛台湾、南洋诸国的每一寸土地，每一个角落都有闽院所培养的学子。他们满怀悲愿，以出世的精神，做饶益众生之行。为佛教的发展、社会的繁荣安定，默默的荷担着如来家业。如当代著名的佛教高僧：海外的印顺导师，演培、慈航、瑞今、宏船、广洽、广义、广余、竺摩法师；国内的巨赞法师等，当年都出自于闽院门下。
　　正是无数精英的云集，正是不少法门龙象的推出，使闽院名闻遐迩，无人不知。
　　(五)不断调整、完善学院机构，及时研究解决工作中的各项问题。闽院在初创时期，就已建立以正、副院长和教务主任为核心的简单的教学管理机构。到了太虚法师主持闽院的时候，对学院机构进行了调整：院长主持学院院务及一切应革应兴事宜，但要由教职员会议通过。院长不在时，由代理院长行使职权。院设教务主任、训育主任、事务主任各1人，由院长聘任，为院长分理教务、训育及事务等事。又设学监、会计、庶务、交际、书记、图书管理员等职员，皆由教务主任与院长协商后聘任。各科教师亦由教务主任与院长协商后延聘。1985年闽院正式恢复教学至今，学院机构发生了很大的改观，得到了逐步的完善：“根据学院管理和教学工作的需要设办公室、教务处、教导处，三个平等工作机构；各处、室又可根据部门工作展开的需要，分别设置1至3个组、室、从则形成院、处(室)、室(组)三三制，管理教学工作机构体系。”在工作人员编制上，“本院礼请名誉院长1至2人，设院长1人，副院长1至4人，办公室设主任1人、副主任1至2人，教务处设教务长1人、副教务长1至2人，教导处教导长1人、副教导长1至2人，各处室均可分别设室、组2至3个，每室、组设正副职务2人，三级工作人员约25名左右。”因为学院机构设置合理，各部门之间工作的相互协调，所以办学过程中出现的各种问题得到及时的研究解决，大大提高了办学效益。
　　(六)为适应当今佛教事业发展的需要，在课程设置上力求多种类。闽院在课程设置上力求种类多样化，见于太虚法师和妙湛法师主持闽院时期，尤其是太虚法师主持时期。当时所开课程前面已有详说。圣辉法师继任闽院院长以来，在课程设置上依然保持着较多的种类，只是明确规定课程开设的比例为：佛学科在整个教学规划中占60%；政治、文、史、哲等学科占40%。
　　事实表明，课程种类的多样化，对全面增长学僧的知识、造就在任何时代都能弘宗演教的优秀僧才确实大有裨益。回顾历史上著名的高僧，没有哪个不是广学多闻的。
　　(七)重视佛学研究、创办佛学刊物。作为佛教院校，如果它的佛学研究能多出成果，如果它的刊物影响力大，那么它的知名度就会跟着提高，这是不言而喻的。正是意识到这一点，所以闽院相当重视佛学研究与佛学刊物。从研究方面看，1930年就成立了研究部，并在《现代僧伽》"研究"栏中发表了学员们一篇篇质量上乘的论文，如宝忍的《佛教因明之历史及佛徒习因明所应持之态度》、默如的《末那识与人生的关系》、西莲的《难陀论师之末那学》、戒德的《唯识四分学抉择》、心道的《心所有法之料简》等等。妙湛老法师复办闽院后，也于1993年成立了研究生部，研究成果前面已说。另外，对本科班学僧研究能力的培养、发掘也引起了院方的关注。教务处因此要求每位本科班学僧毕业前必须写毕业论文1篇以检阅其多年来学习的情况。不少论文刊登在闽院学报上，同样以上乘的质量博得了学术界的赞扬。从刊物方面看，最早办的是《现代僧伽》，它在民国时期福建佛教界所创办的诸种刊物中，被公认为影响最大的一种。后来办的《闽南佛学院学报》，因为办得有特色，所以在目前国内佛学院创办的刊物是依然位居榜首。
　　此外，在招生上，为了确保教学质量，起点高、把关严、择优录取、宁缺勿滥；在经费上，除了“以经忏香火之收入创设闽院”，因为与东南亚国家的关系密切，所以不少资金来自于海外人士的捐赠。雄厚的资金为闽院的发展解除了经济上的后顾之忧，这是一般的佛学院所尘莫及的；在地理位置上，明清以来，厦门逐步发展成港口城市，改革开放后，又被划为全国五大经济特区之一，不少僧人经这一城市走出国门，南渡东南亚，因此，千年古刹南普陀寺自然成了高僧云集之地。再者，闽院毗邻著名的厦门大学，这都为聘请名师任教提供了极大的方便。
　　佛教最常提到的是“因缘”二字，如果要用一句话来概括闽院得以名闻中外的原因，那就是上面所说的种种殊胜因缘的会集。