三、衰弱时期(1933年至1937年)
　　1933年，常惺法师接任第四届方丈兼闽院院长，但任期未满即告退返原籍，由转尘法师代任。
　　1936年，会泉法师重任第五届方丈，因未到任而由性愿法师代
理。
　　19937年，性愿法师赴菲律宾弘教。
在1933年至1937年的4年间，闽院人事变动较大，由于太虚法师的离任以及芝峰、大醒等优秀教师和研究部学僧的相继离去，闽院的教学与研究总体水平下降。不过，当时来佛学院任教及讲经弘法的尚不乏著名法师，如印顺、巨赞、弘一等。会泉法师重任第五届方丈后，亦请性愿法师为代理对闽院进行积极整顿。除加聘教授、充实学科外，并特设研究部以容纳若干程度较高的学僧，而学僧津贴也有所增加，作为奖励。这样，学院气象，焕然一新。

四、停办时期(1937年至1941年，1945年—1985年)
　　1937年，“七七事变”后，抗日战争爆发，厦门相继沦陷，寺遭日机轰炸，迫于局势紧张，闽院停办。大部分教师、学僧或远渡南洋，或避居内地，少数留寺者处境艰难。
　　1945年日本投降后，闽院由于种种原因，又告停办。此后40年中，再也没有复办过。
　　从1925年建院至1937年停办，闽院共毕业学僧200余人。在这不平凡的12年中，太虚法师连任两届院长的6年，闽院最为繁荣兴盛，培养出一大批既对佛学有相当认识；又富于革命思想；且能担当弘法利生重任、勇猛精进、大雄无畏的新型佛门中坚，为社会所瞩目。成为继武昌佛学院之后的又一新型佛教学府。

五、日伪统治时期　(1941年至1945年）
　　1938年开始，日伪统治厦门。日本侵略者借保护佛教来减弱人民的反抗情绪。1941年秋，南普陀寺第六任住持觉斌法师前往上海延请大醒法师来厦门，复办闽院并任院长。招收学僧30人。此时的闽院，不过维持而已。1941年底，珍珠港事件爆发，国际形势紧张，学僧无心就学，开课只一年即草草结业。1943年，会觉法师任南普陀寺第七任住持后，再度复办闽院。招收学僧25人。虽招生人数不多，但寺院因经济困难无法维持长久办学下去，勉强支撑到日本投降又复停办。

六、复兴时期　(1985年至现在)
　1985年，停办达40年之久的闽院又得到了恢复。十多年来与风雨同行的日子，它经受了一次又一次的考验，同时也经历了一次又一次的整顿提高。为使闽院的复兴历程更加清晰，下面分两个阶段来作一介绍：
　　(一)1985年正式复院至1997年3月圣辉法师荣任南普陀寺第9任方丈前为第一阶段。1966年至1976年的“十年动乱”灾难虽已过去，但给佛教界造成的人才断层现象却深深的剌痛着当代大德——南普陀寺第8届方丈妙湛老法师的心。1979年，党的十一届三中全会后，宗教政策得到落实。为绍隆佛种、续佛慧命，妙湛老法师提议复办闽院以培养佛教人才，得到了中国佛教协会赵朴初会长以及海内外诸山长老、大德法师、护法居士的支持，又得到了厦门市人民政府的批准，新加坡宏船法师的赞助。1981年，恢复佛教养正院，1984年12月又恢复闽院。经招生考试，择优录取了来自全国18个省市的80多名学员。1985年春，分设男众部和女众部(首设)各1班。男众部设在南普陀寺，女众部设在万石莲寺。女众班开课不久，就碰上这样一个问题，那就是学员文化程度的高低不一给教学带来不利。因此再次考试，按程度分编为2班，1985年5月17日，在南普陀寺举行了学院复办开学典礼。
　　复办后的闽院与佛教养正院兼溶一体(89年春，女众部在天界寺增设养正院1班)。由妙湛老法师亲任院长，见性法师、圆拙法师、蔡吉堂居士任副院长。正、副院长共同负责学院的领导和管理工作。院设教务处，具体主管教学业务。这一阶段，先后担任教务长的有梦参、圆智、了法、海如诸位法师。副教务长为惠庄、修文、了法、诚信、慧然、明禅、浩宇、法源等法师。教务主任则先后由修文、法清、仁慈等法师担任。为了提高教学质量，佛学课程的讲授除聘请佛学造诣精深的老法师及学者担任外，还放手使用才德兼备的年轻法师。社会文化学科则主要由厦门大学的教师来讲授。
　　在学制上，定养正院为2年、预科2年、本科2年。报考时可自愿选考养正院或预科。养正院结业或预科毕业后，若想继续升学，还需参加考试，择优录取。1995年，院方改学制、为养正院2年、本科4年，取消预科。应试者可随愿选考养正院或本科。
　　课程作为达到教育目的的主要手段之一，从学院复办时起，就引起了负责课程编制的教务处的高度重视。他们将所开课程分为佛学、文化、政治三大门类。养正院的佛学课程以基础佛学为主，必修的知识基础课就有劝发菩提心文、佛学基本知识、沙弥律、二课合解、佛学概论、佛遗教三经、百法明门论等10多门；文化课设有文、史、外语等科目：中文和外语分别采用普通初中语文、英语教材。历史主要为印度和中国佛教简史；政治课，除进行爱国主义和社会主义教育外，还学习时政、宗教政策、法律常识等。预科和本科的佛学课程以教授经、律、论、各宗派的基本理论为主，先后开设了中论、十二门论、唯识三十颂，解深密经、法华经、金刚经、六祖坛经、梵网经、大乘起信论、楞严经、因明入正理论、俱舍论等20多门课；文化课中除了文、史、外语外，多加了一门中国哲学史。中文以古代汉语为主。历史主要为印度和中国佛教史、南传佛教史、中国古代和近代史、科学思想史等。外语则采用普通大专院校英语教材；政治课所学内容与养正院无异。另外，为了培养学员的审美情趣陶冶高尚情操、增强身体素质，还设有体育、书法等课。
　　在教学与实践中，学院反复强调“学修一体化、学僧生活丛林化”。把学与修有机地统一起来，通过教学和管理，使学员达到学修并重、同步增长。并且按丛林要求对学僧进行管理，坚持上殿、过堂、严肃僧仪、僧纪。
　　为贯彻上海全国汉语系佛教教育工作座谈会的精神，进一步提高办学质量，培养一批高级弘法人才，1993年元旦，学院正式成立研究生部。先后延请了圆智法师、济群法师、单培根老居士、方兴、田光烈教授担任研究生的指导工作。除了9名研究生从事《大智度论》的研究外，其余的研究生或进行唯识，或进行中观的系统学习和研究。研究工作取得了一定的成效。然而，事物的产生、发展和消亡都是因缘条件所决定的。研究生部基于种种原因，于1997年6月宣告解散。