其次，月称为了捍卫中观学派的权威，对当时极为盛行的瑜伽唯识学派进行了彻底的批判。公元6、7世纪的印度佛教在认识论方面得到飞跃的发展，而且因明论理学非常兴盛，被称为知识论的时代。特别是以因明学为理论基础的无著世亲的唯识学说相当流行，有凌驾于中观派之上的势头。对此，作为中观归谬论证派代表的月称，与几乎全面吸取因明论理学思想的自立论证派代表清辨不同，表现出很强烈的对抗意识。他认为因明论理学与中观思想在本质上根本就不相兼容，作为一个中观论者应该站在空的高度立场上，始终对中观思想的主体问题进行探究，至于逻辑思辨的认识论问题，对于人生解脱的宗教需要是无关紧要的。同时，他也认识到要想重新树立龙树提婆的学说权威，抬高中观学派的地位，非对唯识学派进行严厉的批判不可。不过，中观对唯识的批判在辨时就已经开始了。清辨认为唯识派以三性说来解释龙树的空思想极不应理，所以他在《中观心论颂》(Madhyamakahridayakarika)和《般若灯论》第25章“观涅槃品”的注释中，主张以二谛思想来解释“空”才能体现龙树的本意，而对唯识学派的三性说加以一一的评破。在清辨看来，龙树中观学说的基本观点就是为了说明我们凡俗的世俗谛是缘起无自性，空不可得的存在，如果我们对此不加以执著，同时以缘起的道理来观察的话，就可以悟入胜义的空性而解脱证道。所以，龙树的空是即俗见空，从世俗谛中证得胜义谛的中道论。可是，以《解深密经》(Samdhinirmocanasdtra)等为教证而形成的唯识学派对此则不以为然，而主张对龙树的空应以三性说来解释最为妥当。所谓三性，即世俗的缘生法是依他起性；在缘生法上起种种虚妄分别就是遍计所执性；去掉遍计所执性，认清缘生法本来面貌就是圆成实性。如在夜间误认绳为蛇，绳是依他起性，无中生有的蛇执是遍计所执性，看清了绳由麻等所成是圆成实性。因此，在唯识学派看来，龙树所谓的“空”就是指无中生有的蛇执即遍计所执性是空不可得，而依他起性是遍计所执性的所依，所以不应空。假如依他起性也是空无，那么，依世俗缘生法来了悟胜义的圆成实性，即以世俗为媒介走向胜义觉悟的道路就不可能成立，转迷成悟的修证也不可能实现，因此，唯识派认为依他起性(即世俗)不能空。最后，两派争论的焦点就归结到这个依他起性到底空不空的问题上。虽然对于世俗法是缘起的存在两派都没有异议，但对缘起的存在是否就是空，各持己见，争论不休。

　　总之，从中观立场批判唯识学说的是始于清辨，由于清辨的批判而导致在印度佛教史上出演了一场持续旷久的“空有之争”。但是，清辨的唯识批判比起月称的批判来要逊色得多，清辨主要是通过对唯识三性说的批判来确立中观的二谛说，而月称对唯识派的所有学说持完全否定的态度。他的《入中论》第六章从第34偈到97偈的64偈中，对唯识学派的主要学说如阿赖耶识、自证分、依他起性以及心外无境的唯识说等毫不留情地给予了彻底的批判。首先，他对阿赖耶识的批判说：“由业非以自性灭，故无赖耶亦能生；有业虽灭经久时，当知犹能生白果”①。唯识学派设立阿赖耶识有多种理由，其中最重要的一条就是为了说明因果报应的业感理论。唯识论者认为业在未受报以前，是以种子的形式存在于阿赖耶识中，因缘成熟的时候就能生起果报，所以如果没有阿赖耶识来存放业种子的话，就无法说明业果之间关系的连续性。对此，月称批判说：“业自性不生故亦无灭，从不灭生果非不可有，故诸业不坏业果关系极为应理”②，认为业的自性是不生不灭，所以自身能够相续而不会消失。业的现行虽然消失了，但它的性质、功能并不消失，这只是业所处的状态不同而已，因而并不需要有个阿赖耶识来存放它。所以月称认为《解深密经》等所说的阿赖耶识是一种假立，其实并无其识。其次，关于自证分的批判，唯识论者认为人之所以有记忆是因为当见闻觉知时，就曾自己对自己做过了解，这种了解就是自证。月称对此批判说：“即此所知复是能知。此之作用亦无别体，则作者、所作业、作用应成一体，从不曾见有如是事。如斫者与树及斫作用，非是一事，由此亦知自证非有”③。月称认为任何事物不能白为能所，如剑不能自割，指不能自触一样，识也不可能自知，否定了自证知的存在。

　　前面已经介绍过，唯识中观两派争论的焦点最终在于依他起性到底空不空的问题上。唯识论者认为依他起性虽然也是缘生法，但它是一切诸法所依之因，也是转迷成悟的关键所在，所以是实在的，不应空无。他们所谓的“空”是指在依他起性上起虚妄分别的遍计所执性是空。对此，月称认为这样理解缘起有违龙树的本意，在依他起性上空去遍计所执性，这只不过是不彻底的“他性空”，并不是龙树所强调的“自性空。’。龙树《中缎论》第24章说“因缘所生法，我说即是空。’明确地指出缘生法(依他起性)当体即空。所以月称认为只有把缘生法看作是空、是假名、是无自性的自性空才是龙树所说的缘起性空的真意，才是对缘起的正确理解。既然依他起性也是缘生法，那么，肯定也是无自性，空不可得。

　　此外，月称对唯识派以梦为喻来论证心外无境的唯识说也进行了批判。唯识论者认为梦中所见的外境，在人醒来之后都不存在，入的意识能够忆起梦中所见所闻，由此可以证明意识的实有存在，外境是虚妄不实，故主张一切唯识无境。对此月称批判说：“若时我说梦无心，尔时汝喻即非有”④，因为这个比喻并不是因明比量所规定的自他共许的喻例，所以假如我们不承认梦中有意识的存在，那么这个比喻就毫无意义了。在月称看来，梦中的意识和外境，梦醒后都是不实在的幻化假相，主张唯识无境的说法极不合理。同时他还指出“如以忆念，梦所领受，证意是有，由亦忆念境界领受，则境亦有，或识亦非有”①，既然由于回忆梦中的见闻觉知就证明意识存在，那么回忆起梦中的境界，也同样可以证明外境的存在。如果梦中无境，同样也应无识。月称认为有识就有境，无境就无识，境识是平等一如的，故不承认唯识无外境的说法。

　　以上简单地介绍了月称对唯识学派主要理论的批判，这些批判可以归纳为两点：一是对识转变说的批判，即由迷到悟、由凡到圣的修证历程中作为认识论的转折点而设定的阿赖耶识的批判；二是对三性说的批判，即作为存在论的媒介而设定的依他起性的批判。月称对唯识学说的这一系列批判，在后来唯识论者的著作中，未见有人为此进行辩解或反批判，可见月称的批判是中的之言，在理论上完全战胜了瑜伽唯识说，从而确立了中观学派的地位，形成了与唯识学派并驾齐驱的局面，成为印度晚期大乘佛教两个主要学派之一。