第二，以穷理为精髓。“穷理尽性以至于命”，无论是对于自然，社会形而上存有天理的体认，或是人生伦理道德的践行和人格理想的完成，穷理是其根基。在某种意义上说，穷理不仅是对理（道体）的自省和回归，而具是“圣贤气象”的人格理想的自觉，即所谓“脱然有悟处”，“豁然有个觉处”（《朱子语类》卷十八）。穷理既是“欲知事物之所以然与其所然者而已”，亦是“尽性至命”，“寻个是处”（同上），追求性命的根源。因此，理有未穷，知有未尽；不能穷得理，不能尽得性；不能穷得理，不能尽得心。穷理是贯通道体、理、性、命、心的枢纽，是明明德的工夫。所以后来陆世仪概括说：“居敬穷理四字，是学者学圣人第一工夫，彻上彻下，彻首彻尾，总只此四字”（《思辨录》卷二）。理既是超越的形而上存有，又是一种条理、法则、规范；它是普遍地统摄一切的所以然，与建筑在所以然基础上的作为行为准则的所当然。因而，抓住穷理这个精髓，便能联结“天人合一”，“己与天为一”（《朱子语类》卷六十一）的万物与我同体的境界，“万物与我为一，自然其乐无涯”（《朱子语类》卷六十）的和乐的理想世界。
　　第三、以存天理，去人欲为存养工夫。理作为人和物之所以为人和物的真正的内在根据，它在神化伦理纲常的同时，把人的存在，人的本性，人的价值，提升为形而上存有的理，而赋予人生和世界真实、永恒、崇高的价值。这样人生和社会便获得真、善、美、光明的意义，这便是“天理”，与它相对待的便是人欲，是人的存在、本性、价值未提升的感性情欲的生理层面，处在这个层面的人之所以为人的尊严和价值，并没有获得自觉或自由，这便是“人欲”。尽管人欲并非都是恶或不好，但亦属于居敬、诚身的存养工夫所需要除去之列的东西。
　　宋明理学中的主流派和非主流派，都在理与欲、义理与功利、公与私等的冲突中，强调理、义理、公的方面，以控制欲、功利、私的方面。主流派程朱陆王都以“人心惟危，道心惟微，惟精惟一，允执厥中”为圣人心传的秘旨。强调以道心制约人心，以公灭私，以理去欲，以找回唐末五代以来被破坏了的伦理规范和价值理想，重新发扬“富贵不能淫，贫贱不能移，威武不能屈”，“一箪食，一瓢饮，人不堪其忧，回也不改其乐”的乐感精神，重建精神家园和价值理想。
　　第四，以齐家、治国、平天下为实质。理学既具有超越的理性精神，又具有当下的实践精神。他们推崇《论语》、《孟子》、《大学》、《中庸》四书，并非以正心诚意，修身养性为独善其身，而是以齐家治国平天下为匹夫之责。张载“为天地立心，为生民之道”的精神；程颢的“明于庶物，察于人伦，知尽性至命，必本于孝悌；穷神知化，由通于礼吊。辨异端似是之非，开百代未明之惑”（《明道先生行状》，《河南程氏文集》卷十一，《二程集》第638页）。人与天、地，作为三才，人是天地的中心，天地无心，以人心为心，自然、社会由人而有价值和意义，“故天地之塞，吾其体；天地之帅，吾其性”（《正蒙·乾称篇》，《张载集》第62页）。这样，人对天地负有特殊的义务，也对生民具有“立道”的特殊责任，这便是人作为人而存在的尊严和价值。人只有把“尽性至命”与孝悌忠信相融合，“穷神知化”与“礼乐”相融合贯通，把“理”这个普遍的原则、原理与人的现实伦理道德、行为规范的冲突融合起来，才能实现齐家、治国、平天下的理想目标。
　　第五，以成圣为目的。宋明理学家大多都以辟佛老，辨异端，弘扬圣人之道为文化使命，“谓孟子没而圣学不传，以兴起斯文为己任”（《明道先生行状》，《河南程氏文集》卷十一，《二程集》第638页）。只有兴起圣学，才能学作圣人。在中外文化融合中，特别在佛教文化挑战下，出现儒衰佛盛的形势，理学作为对佛教挑战的回应，是民族理论思维的自觉。狭隘的民族意识对中外文化的交流并非有益，这在当时并非每个人都有这样的认知，而是从民族文化削弱的情感出发，认为是传统儒学的屈辱。韩愈，孙复都带有情感的色彩。孙复说：“矧以夷狄诸子之法乱我圣人之教，其为辱也大矣”（《儒辱》，《泰山学案》，《宋元学案》卷二）。张载、朱熹都有民族意识，直至王夫之仍指出“羯胡主中国而政毁，浮屠流东土而教乱”（《论蓼莪二》，《诗广传》卷三）。理学批佛，是民族文化思想精神的自省。理学家这种自省，不是封闭地拒斥，而是开放地接纳，所以理学家都出入佛老，又融突佛老于儒，从而建构了有别于佛老的新儒学的理论形态。
　　理学吸收佛道成佛、成仙的修炼工夫和过程，提出了儒教成圣的标准、内涵、功夫等等。周敦颐便具体探讨了成圣的可能性和人性的根据，圣人之为圣人标准，成圣的仁、义、中、正、公的内容以及主静窒欲，改过迁善的成圣工夫。“成圣”是理学的人格理想和终极关怀。
　　宋明理学是指在外来印度佛教文化哲学与本土道教文化哲学挑战下，将滞留于伦理道德层次的心性之学，从形上学本体论层次给以观照，使传统儒学以心性为核心的伦理道德和价值理想建构在具有理性力度的形上学本体论思维之上，通过诠释心性与本体、伦理与天道的联结以及人与生存世界、意义世界和可能世界的关系，使儒家道德学说获得了形上性和整体性的论述，传统儒学内部的逻辑结构、价值结构、道德结构等经此调整，获得了新的生命。
　　　　　　　　　　三、宋明理学的分系
　　从宋明理学内涵来考察，已成功地回应了当时所面临的价值理想、外来文明、理论形态转型等三大挑战，而成为时代精神和社会思潮。
　　宋明理学作为社会思潮，有主流派和非主流派之分，其区别就在于其作用和影响不同，社会效应有异。所谓主流与非主流，是指是否起主导作用或居首要地位，还是起非主导作用和居次要地位。濂、洛、关、闽（周、程、张、朱），加上邵雍、张＠①、陆九渊、王守仁等为主流派；王安石的“新学”，苏轼、苏辙的“蜀学”、吕祖谦的“婺学”等为非主流派。
　　熙宁前后，一批有识有志之士，不满于当时“积贫积弱”的局面，要求革新，以图富国强兵，但由于对革新的具体政策、方法、步骤的看法不同，而产生政治上的分野，形成不同的学派。其中有主流派“关学”张载，“洛学”二程和邵雍；非主流派的“新学”、“蜀学”、“朔学”等。在主流派与非主流派之间，以至两派内部，都存在不同程度的冲突，而展现程度不同的论争和党争。“新学”曾支配思想学术界数十年，但从宋明理学的全过程而言，仍属非主流派。