唯识结构的基础和大本营是第八识。第八识有多种“相”，不同的相，受有不同的名称。常说的“阿赖耶”，为其“自相”，阿赖耶是藏义，故第八识又称“藏识”，表明一切种种的事件、现象、心识，都从这里酝酿和生发。第八识还有“因相”和“果相”，“因相”叫做“一切种识”，“果相”叫做“异熟识”。“异熟识”专就生死轮回而立名，“种识”则专就一切法、一切事都由其自身的种子生起，而种子无论本有抑或新熏都由此识摄藏而立名。三相分别，其体则一，并且三相的作用也总是互相贯通，彼此合作的。例如异熟识，有情众生在他的一期生命中，现行种种善恶之业，都会种因在此广大识田上，感生着异熟果，“已作不失，未作不得”，如何不失不得呢？就是因为此识能藏一切种。“由诸业习气，二取习气俱，前异熟既尽，复生余异熟。”（注：《直解》，第564页。）此所谓“习气”，就是种子。习气又分业习气和二取习气，业习气就是有情所造现行种种善恶业形成的新种，直接感生着异熟果；二取习气则是无始以来藏识中本俱、总要表现出见分与相分、能缘与所缘的种子，对感生异熟果只起辅助作用。“二取种受果无穷，业习气受果有尽”，（注：《直解》，第565页。）二取习气是无穷无尽的，在生死相续的异熟果系列中始终存在，业习气只对一期的异熟果起作用，“前异熟既尽”，一期生命受用尽了，新的异熟果也就异地而熟了，“复生余异熟”。这样的循环轮回只是有漏的第八识的行相，佛菩萨伏断了所有的杂染种子，第八识成了“净种识”，也就不再有异熟一相，出离了生死相续的轮回过程。种子当然不仅限于感生异熟果者，“此中何法名为种子？谓本识中亲生自果功能差别。”（注：《直解》，第121页。）一切有为法都有种子，望种而言，一切有为法都是果。佛家说四缘：因缘、等无间缘、所缘缘、增上缘；其中，因缘就是种子，种子就是因缘。假法如魔术、梦境等没有种子，但假法作为心识的相分，此心识之生起，有其种子。玄奘所宗护法、戒贤一系，坚决认为阐提种姓不能成佛，就是因为其本识中不存在有为无漏的本俱佛种。
　　 业报、轮回甚至涅槃，其实都不是佛教的特创，而是佛教之前古印度的普遍思想。例如数论派就主张有“神我”，神我不死，以思为体，灵妙难言。肉体生命结束以后，神我借尸还魂，就是轮回；如能修行到远离一切，神我独尊，就是涅槃。其他还有自我、他我、即蕴我、离蕴我等等各说，总之是有我。佛陀初转法车仑，针对这些种种异说，说三法印，第一印即是“诸法无我”。佛陀教理，在无我的大原则下，对轮回、业报的观念作了根本性的改造，至唯识学而形成一个无远弗届、靡细不入的理论体系。唯识学在异熟识上说生死相续、业报轮回，无我的宗旨就贯彻于其中了。“我谓主宰”，这世界没有主宰，世界上的一切东西也没有主宰，最要紧的是：即使阿赖耶识，也不能解释为“我”，解释为“主宰”。《显扬圣教论》说：“阿赖耶识者，谓先世所作增长业烦恼为缘，无始时来戏论熏习为因，所生一切种子异熟识为体。此识能执受了别色根、根依处及戏论熏习，于一切时一类生灭不可了知。”（注：《藏要》卷10,130页。）有情的生死，它压根就不知道。《识论》论阿赖耶识：“此识行相，极不明了”，“此识任运，无所希望”，“此识懵昧，无所印持”，“此识昧劣，不能明记”，“此识任运，刹那别缘”，“此识微昧，不能简择”，（注：《直解》，第175、176页。）那里有什么“我”义、“主宰”义在其中呢？金克木先生说得好：“有此存储业报种子之巨库，乃可释业报，解轮回，而无需一‘神我’；无我、无常、刹那生灭之教可仍持不失矣。”（注：《说“有分识”》，见《梵佛探》，河北教育出版杜1996年5月版，第435页。）但是常途对佛教轮回思想的理解，却又大大地歪曲了，恰恰回到了佛教最要批判的有我论；今生受苦受难，来世荣华富贵，仿佛真的另有一个不死之“我”在那里出生入死。种子、果报这些名词，可能是从水果植物那里借用来的，但是意义结构实有根本的区别。长成这个苹果的种子来自那个苹果，两个苹果之间有因缘关系，至少在基因上，子苹果保留着父苹果的特征。但在前后异熟果之间却不是因缘关系，异熟果的因缘（确切地说：种子）是种在异熟识里，而不是包裹在前异熟果里，前后异熟果里，并没有一个起主宰作用的不变不死之我。
　　 笔者读到过一本《佛教哲学》，里面说：“最为尖锐的问题是：原始佛教整个思想体系所包含的理论矛盾和理论危机：无我与轮回如何统一呢？人们的认识活动需要统一，由谁来主持呢？人们的记忆又由谁来保存呢？人们的行为和获得果报，又由什么来负责和承受呢？部派佛教犊子部一系就主张有我，‘我’就是‘命’，就是生命的主体。”（注：方立天《佛教哲学》，中国人民大学出版社1986年7月版，第77页。）诚然，佛教的初期，在无我的大原则下还残留着一些有我论的痕迹，但这说不上是什么“理论矛盾”，更说不上“理论危机”。就像科学上初出现的新范式，必然会面临许许多多的问题，新范式正是在解决问题的过程中，将问题转化为对自己的支持，从而得以丰富和发展，并得以最终确立。事实上，佛教发展至唯识学，无我与轮回的统一早巳不成问题。关键在于，像“谁来主持”、“谁来保存”、“谁来承受”，这样子问题的提法，本身即是以有我论为前提，所以并不是对佛教自身问题的揭示，而勿宁说是站在有我论的立场对无我论的质疑，是在限定和逼迫着得出一个有我论的答案，可以说根本没有进入佛教的“思想体系”。就像现代宇宙学说时间有开端，用常识不能理解，于是执着地追问：“开端之前又是什么呢？”这样提问题没有意思。
　　 佛教允许假说“我”，无我唯识的意思，若用假说之我与实有之识的关系来表达：是“识”上“皱起”（牟宗三语）了“我”，而不是“我”拥有“识”。佛说五蕴和合即是我，唯识又言五蕴皆不离识，所以是我以识成，而不是识依止我。世亲造《大乘成业论》对这层意思辩证得非常明白，也非常周到：“又于识等我有何能，而执我为识等依止？若言识等因我故生，我体恒时既无差别，如何识等渐次而生，非于一时一切顿起？若谓更待余因助力方能生者，离余因缘如何知有我能生用？若言识等依我而转，诸法才生，无间即灭，既无住义，容何有转？故不应执我体实有，与六识身，为所依止。”（注：玄奘法师译撰全集，第29函，《大乘成业论》，第17页。）语言中似乎深植着有我思想的根底，一不小心，就说成了“我的识”、“你的识”，甚至“我的赖耶”，“你的赖耶”，于是我又成了主体，而六识甚至赖耶，反倒成了“我所”，就是唯识学的书中，也会有“有情各有赖耶”之类的话头，这些都是方便说法，在义理既明的言路中，倒也不必忌讳。