唯识的结构，还要从心与心所的相应、生起、依、缘这些方面作整体的把握。第八识因其“极不明了”、“懵昧”、“昧劣”等等性质，只能与遍行心所相应，与其他心所俱不相应。第七末那识是产生我执的根源所在，与之相应的心所，除了五种遍行心所外，最重要的是四种根本烦恼，即我痴、我见、我慢、我爱。上文列举的五十一心所中，根本烦恼有六种，其中不正见又可细分为五种，即身见、边执见、邪见、见取见、戒禁取见，故也可说根本烦恼有十种。与末那识相应的四烦恼中，我痴属痴，我慢属慢，我爱属贪，我见属身见；身见中另有一种“我所见”，连同边见、邪见、见取见、戒禁取见，都是从我见中派生出来的，都不与末那相应，这说明末那识所俱的我见是最深的，是一种根深蒂固的自我意识，什么都见不到，就“见”到“我”。因为有“我爱”，所以没有“嗔”，最深处的爱，是不会有嗔的；因为我见坚定不移，没有丝毫犹疑，所以末那与“疑”也不相应。关于与末那识相应的其他心所，有多种“有义”，论辩复杂，此处从略。致于眼、耳、鼻、舌、身、意前六识，则总共六位心所，都能与它们相应。
　　 唯识学用相应心所的“生起”来说明心理状态。常途说心态如何如何，眼见财色而意有贪欲，唯识学却偏不说“心理处于贪爱状态”，而说“贪心所生起了”。常途的说法，都把心所的生起归到意识的性质，见猎心喜，见钱眼开，是思想意识造成的，贪欲是思想意识的毛病，要改变这种状态，就须改变人的思想意识，也就是要对某种顽固的本性进行改造，此所以有“江山好改，本性难移”之叹也。而唯识学论“心理状态”，只是那众多的心所在那里起起落落，有的生起，有的灭没，有的生起了旋即灭没，有的灭没了复又生起；有的生起后似乎长在，却不定什么时候就会灭没；有的灭没后久久暌隔，又焉知没有可能忽然生起。唯识学论修行，是要将所有根本烦恼和随烦恼的心所之种子尽皆伏断，使它们永远不再生起。而不是要对什么本性进行改造，因为本来就没有什么本性。以改造本性来理解修行，不免又落入不正见之一的“戒禁取见”，是“戒禁取见”在生起了。
　　 心与心所互相的“依”和“缘”，呈现出唯识结构的整体性。
　　 “依”有三种。一是“因缘依”。心、心所、一切有为法都依“自种子”而生起，这自种子就是它们的因缘依。另一是“等无间缘依”。心识生起后，往往会持续存在，彻底的性空之义决不许将任何东西的持续存在理解为自身等同的延续，而只能是“前念灭已，后念旋起”，只能是同类心识的相继生起，在前的心识等流无间地为在后的心识开路，前心识便成为后心识的等无间缘依，又叫做“开导依”。“有义”颇多的是“俱有依”（又叫“增上缘依”），而《识论》认为正确的有义是：眼等五识的俱有依，“定有四种，谓五色根、六七八识”；“第六意识，俱有所依，唯有二种，谓七八识”；“第七末那，俱有所依，但有一种，谓第八识”；“阿赖耶识，俱有所依，亦但一种，谓第七识”。（注：《直解》，第275页。）因缘依说的是因果性，等无间缘依说的是历时性，俱有依的讨论则为唯识的整体结构画出了一幅同时性的轮廓，其中第七、第八二识是互为所依。
　　 《识论》对于唯识结构中“所缘”的讨论，最能体现唯识学以立为破、破在立中的基本精神：通过彻底说明“我执”之所从来，达到破斥我执的目的；犹如通过揭示魔术的机制，达到“拆穿西洋镜”的目的。《识论》区分我执为“分别我执”与“俱生我执”两种。比较而言，分别我执浅一些，是“见所断”。俱生我执则必须通过持之以恒的修习，才能破除，所以说是“修所断”；与末那识相应的“我见”即是俱生我执。然则“我见”究竟“见”的是什么呢？肯定不是见到了“我”，因为“我”是没有的。“我见”是将第七识的“所缘”执实了，才形成根深蒂固的自我意识，所以问题是：第七识的所缘是什么？
　　 这个问题上也有多种“有义”。有说末那识的所缘是第八识的见分与相分，“如次执为我及我所”：有说末那识的所缘是第八识与它的种子，“如次执为我及我所”。这些都是不透彻的见解。在“我”与“我所”的对待中执我，仍然不是最深刻的我执。玄奘赞成的“有义”问道：末那识“俱萨迦耶见，任运一类恒相续生，何容别执有我、我所？”（注：《直解》，第288页。）萨迦耶见即身见，与末那识相应的身见，是永远以相同的形态连续生起的，不可能“别执”两样东西，既执我，又执我所；所以正确的见解只能是“此意但缘藏识见分”，“此唯执彼为自内我”；（注：《直解》，第289页。）藏识是能变识的核心，藏识见分是核心中的核心，末那识以藏识见分为所缘，与末那相应恒转的我见顽固地将此所缘执为“自内我”，这就是我执的最深根源。人们可以想得通，我的一切，一切的一切，都不是我，都不在我的范围内，但人们怎么也想不通：“怎么会连我都不是我呢？”《识论》挖出了这个“想不通”的根子。
　　 笛卡儿说：“我思故我在”；“我思”是一种“我所”。唯识学则说：“我见（萨迦耶见）故我在”，“我见”也是一种“我所”。笛卡儿用“我所”坐实“我在”，唯识学则以“我所”说明“我执”的来源，归根是要证明“我不在”。分歧的关节点在于：笛卡儿的“我所”（我思）属于意识的层面，《识论》的“我所”（我见）属于比意识更深而为意识之所依的末那识的层面。好的医生治病，不是只对症状做治表的处方，而是揭露病根，对根施治。《识论》中如理建立的唯识结构，好比好医生所熟悉的解剖图，俱生我执的病根已准确定位，病理已清楚阐明，在这个意义上可以说，我执在道理上已被破除。又好比看懂了魔幻术背后的机制，也就等于破了这个魔幻术。但是，俱生我执不是见所能断，即使将《识论》读得烂熟，倒背如流，义理词句，分毫不差，我执也可能依然故我。关于末那识，世亲颂言“思量为性相”，末那识以思量为自性，复以思量为行相，故末那识又名“思量识”。（注：葛兆光先生著《中国思想史》，屡屡声言以写历史上的“一般思想”（而非“精英思想”）为主，这并不妨碍他在第二卷中也写到了唯识学。短短两三页的篇幅，错误百出，不知所云，有的简直是胡说。例如第123页的一句话：“因为种子有‘能变’，所以由于熏染，众生不能保持阿赖耶识的自我本原状态，于是经由末那识转入意识界，即‘思量识’，于是由各种感觉色声香味触，经眼耳鼻舌身五识构成了心中的种种幻象，对一切众相有了‘了别境识’。”在用最少的字句制造最多的错误和混乱方面，这句话大概可以创记录了。种子与能变的关系，明明是种子为“初能变”即第八识所摄藏，是种子在能变里面，怎么成了“种子有‘能变’”呢？阿赖耶识本身的性质虽然是“无覆无记”，但所摄藏的种子却是染净都有，其“本原状态”是“与杂染互为缘”，众生恰恰最能“保持”（其实是难以改变）这种状态；只有修行到家的人才能断掉染种，改变赖耶识的状态，使“一切种识”成为“净种识”。“眼耳鼻舌身五识”（还有意识），统称为“了别境识”，说“经眼耳鼻舌身五识……有了‘了别境识’”，这算什么句式？“内识非无如境，亦胜义有”，所以像“心中的种种幻象”这种词组，在意识流或后现代小说中可以尽管用，用来述唯识义，未免太不严肃。我敢说，葛先生对唯识学的经论，一页都没有读懂，否则怎么会把“意识界”说成“即思量识”呢？错得实在太离谱，太荒唐了。葛先生自己也引过《识论》开篇的偈颂：“此能变唯三，谓异熟思量，及了别境识”，明明白白交代清楚了能变识的名称：初能变第八识名“异熟”，次能变第七识名“思量”，第三能变前六识名“了别境识”。《识论》论完第八识，在卷四的中间开始论第七识，出句便是：“次初异熟能变识后，应辩思量能变识相。”葛先生的这个错误无法用“硬伤”、“疏忽”来解释，怎么解释，下走也想不明白，因为这等于是：一再告诉你，鄙姓陈，草字克艰，你还要说鄙人的名字是余秋雨。致于什么“经由末那识转入意识界”这样的话，我又敢说世界上没有一个人能懂，包括葛先生自己也不懂；葛先生令人佩服的本事是，把自己也不懂的话写下来印成书。葛书虽然严格遵守引文注出处的规矩，但是像这样凭胡思乱想而望文生义、靠瞎七搭八以拼凑词句的后派作风，下走看来，实在太不符合学术规范。）“未转依位，恒审思量所执我相；已转依位，亦审思量无我相故。”（注：《直解》，第292页。）众生有病，是“未转依位”；阿罗汉病瘥，是“已转依位”。唯识的教理行果，最终落实在“转依”上。