智顗在《法华玄义》、《法华文句》和《摩诃止观》中，常将佛性分为三种，即正因、缘因、了因佛性。由此建立的“三因互具”说是智顗论证性具善恶思想的重要环节，亦可从中见出他到底是在什么层面上建立起佛性具恶思想的。
　　所谓“正因佛性”，智顗常以“诸法实相”释之。在《法华玄义》卷10中，他说“法性实相即是正因佛性”[10]；但在其它地方又以“真性轨”[11]和“识等七支”[12]为正因佛性；而以中道释正因佛性更是散见于智顗的各种著述之中。概括起来，在智顗学说中，正因佛性主要是指诸法实相、中道理体。所谓缘因佛性，智顗主要是指功德、修行和诸法假相。在《法华玄义》中，智顗说：“五度功德资发般若即是缘因佛性”[13]；在《法华文句》和《摩诃止观》中，智顗以“皆行菩萨道”[14]、“观十二缘心具足诸行”[15]为缘因佛性；而在其它著述，智顗也常以诸法假相释缘因。所谓了因佛性，智顗多指般若观照。在《法华玄义》卷7中说：“般若观照即是了因佛性”[16]；但在其它著述中，也有些不同提法，如“读诵经典即了因性”[17]，“观十二因缘智慧”[18]和“无明、爱、取”[19]为“了因佛性”；有时，智顗也以性空释了因。可见，所谓了因佛性，主要是指般若之智和性空之理。在把佛性分为三因后，智顗指出，一切众生无不具足正因、缘因、了因三性，其文曰：“今《法华》定天性，审父子，非复客作，故常不轻深得此意，知一切众生正因不灭，不敢轻慢，于诸过去佛现在若灭后，若有闻一句，皆得成佛道，即了因不变；低头举手，皆成佛道，即缘因不灭也。一切众生无不具此三德。”[20]一切众生不仅具足三因，而且本自有之。《法华文句》卷10有言：“正因佛性，通亘本当，缘、了佛性种子本有，非适今也。”[21]智顗在《观音玄义》中说：“今正明圆教二种庄严之因。佛具二种庄严之果，原此因果根本即是性德缘了也。此之性德，本自有之，非适今也。”[22]这是说，三因佛性对于一切众生都是与生俱来的，并非后天外烁，而是本有的、先验的存在。
　　天台宗言三因佛性的特色并不在于“分解地”阐释众生如何本具佛性，更重要的是在圆融三谛的方法论原则指导之下说“三因互具”。有“互具”的逻辑方才有“性具善恶”的结论。所谓“三因互具”亦即正因亦具缘、了二因；缘因亦具正、了二因；了因亦具正、缘二因。智顗又以空、假、中、三谛配释三因。这样，中道是正因，假有是缘因，空性是了因。当人们说“假”时，乃是指它无自性而言，所以，此假亦即空；尽管它是无自性之假有，但是它仍然是中道之表现，所以，此假亦是中。如此一来，假亦即空即中，空亦即假即中，中亦即空即假，空、假、中三谛，虽三而一，虽一而三，不相妨碍，三因自然也就可互具互融了。
　　“三因佛性”中，正因既常以实相、中道理体释之，它自然就是非染非净、无善无恶的。与正因佛性无染净、非善恶不同，缘、了二因则有染净、具善恶。在《观音玄义》中，有人问智顗：“缘了既有性德善，亦有性德恶不?”智顗明确回答：“具!”[23]在《摩诃止观》中智顗对缘、了二性具恶的思想作了更详细的论述：“无明、爱、取即了因佛性，行、有即缘因佛性”[24]；“无明、爱、取即是烦恼道，烦恼道即是菩提……了因佛性也”[25]；“行有业道即是解脱，解脱自在缘因佛性”[26]。所谓“无明、爱、取”、“行有业道”亦即佛教所说的烦恼惑业，此烦恼惑业当然不可能是至纯至善的，而是具染净、有善恶的。另外，智顗在解释《金光明经》时以“金”、“光”、“明”三字譬一切法并且以“十种三法”构成一个逆顺互释的系列。“十种三法”为：三德、三宝、三身、三大乘、三菩提、三般若、三佛性、三识、三道。智顗特别指出：“翻惑生解，即成三识；从识立因，即成三佛性；从因起智，即成三般若。”[27]什么是“三识”呢?智顗说：
　　云何三识?识名为觉了，是智慧之异名尔。庵摩罗识是第九不动识；若分别之，即是佛识。阿梨耶识即是第八无没识，犹有随眠烦恼与无明合；别而分之，是菩萨识……阿陀那识是第七分别识，诃恶生死，欣羡涅伎：别而分之，是二乘识，于佛即是方便智；波浪是凡夫第六识，无俟复言。”[28]
　　对于“三识”之所因袭，知礼明确指出：“言第九等者，出梁《摄论》，真谛所译。””而《摄论》学派的第九识如第三章所论，是真如理体的异名。知礼以第九庵摩罗识、第八阿梨耶识和前七识为“三佛性”之“因”，明显地将第九识作为正因佛性之依持，第八识作为缘因佛性之因，前七识作为了因佛性之因。从这些论据看，尽管智顗说，佛性本来具恶，但是，这并不等于说佛之体性也具恶。，在智顗学说中，佛之体性仍旧是真如理体(中道理体)，也即“三识”中的庵摩罗识，也就是如来藏“自性清净心，即是正因为佛体”[29]。那么，智顗是在何种意义上论说佛性具恶呢?答案只能是：是在一念心本体论统率下的“三因互具”层面上论说的。为何要提出这一主张呢?一是末世意识下的救世宏愿；二是为了证成其“圆顿止观”。
　　二、唯识宗的善恶观
　　唯识宗解脱论的严密之处在于其以“善恶三性”为标准，对染净、善恶诸法所作的分析。而其它宗派则仅仅是在讨论众生心体以及论说心与法的关系之时，顺便提及。不仅言之不详，而且并未以严密和一贯的标准对“世间法”(即唯识学的“有为法”)作一分类说明。为凸现唯识宗的这一特质，在此对其略加评述。
　　作为以出世解脱为目标的宗教，法相唯识宗分析善恶、染净的首要标准自然是解脱论标准。从这一标准看，凡是与其理想相符便是“净”的，不符的便是染的。然而，解脱的主体生存于世间，因而道德伦理的标准又是不能不考虑的。这样，纯粹从解脱论考虑，唯识宗将诸法分为“有为法”和“无为法”两类，前者属于“迷”界，后者则属于悟界；而“有为法”是以心体即阿赖耶识为本体的，无为法则为理体。将两种标准综合考虑，便有了“善恶三性”即善、恶、无记三种性质。法相唯识宗便是用此“善恶三性”为标准对“有为法”进行解释分析的。
　　所谓“善恶三性”，《成唯识论》解释说：“能为此世、他世顺意故名为善，人天乐果虽于此世能为顺意，非于他世，故不名善。能为此世、他世违损故名不善，恶趣苦果虽于此世能为违损，非于他世，故非不善。于善、不善益损义中不可记别，故名无记。”①唯识学派的这一标准考虑了两世即现世、他世，在不同的时、处，同样的事相，其作用是不同的，因而不能一概而论。“无记性”并不是严格的价值中立，而是方向性及其作用并不显着因而无从判定，因为它只是“潜质”而有待于外缘方可显现。正是如此，唯识学将其又分为“有覆无记”和“无覆无记”两类。“覆”指覆盖、遮蔽，譬如妄惑是不显现于外的深层心理，它在不产生外在行为时就是有覆无记的；而眼、耳、鼻、舌、身五根及山、河、大地等等虽显露于外，但其需与外缘相配才能起用，有作用生起方可判定其“行”的性质，因而它们只能暂称为“无覆无记性”。隋慧远在《大乘义章》[32]中将“无覆无记”分为异熟无记、威仪无记、工巧无记、变化无记四种。异熟无记称为果报无记，因前生的无记之业而得今世的无记果报；威仪无记是指众生实施诸如起立、行进、安住、坐卧、去、来等外在行为时心中的感受；工巧无记指众生在从事绘画、雕刻等工艺、艺术活动时心中的感受；变化无记指由于自己或别人的行为使某些事相发生变化而产生的心理感受。其中，慧远以为威仪、工巧二种无记可通于善、恶二性，也就是说它有或向善或向恶两种向度发展的可能。——这是唯识古学的看法，但仍然可以从中看出唯识学所言“善恶三性”的相对性和可变性。