窥基在《成唯识论述记》卷3中对“善恶三性”有三种分类解释。第一，可从世俗、胜义谛分为两种：“有为善法名世俗善，招世、出世可爱果故，粗重生灭非安隐故；无为善法名胜义善，最极寂静性安隐故。诸极恶法名世俗不善，能招粗显非爱果故；诸有漏法名胜义不善，自性粗重不安隐故。有为无记法名世俗无记，不能招爱、非爱果故，自性粗重滥不善故；虚空非择灭名胜义无记，不招二果无所滥故。”[33]窥基的这一分类将“善性”延伸至无为法之中，是有中土特色的提法，其方法就是将此“三性”各自与二谛说对应分类。第二，三分法为：“善，有三者：一、感爱果善，谓有漏善法；二、性巧便善，谓有为善法；三、性安隐善，谓无漏善法。不善，三者：一、感非爱果不善，谓极恶法；二、性巧方便不善，谓染污法；三、性不安隐不善，谓有漏法。无记，三者：一、相应无记，谓诸无记心、心所法；二、不相应无记，谓无记色、不相应行；三、真实无记，谓虚空非择灭。”[34]第三，四分法如下：“善，有四者：一、自性善，谓信等十一唯善心所；二、相应善，谓信等相应心、心所法；三、等起善，谓诸善色、不相应行。种子善者，准义亦尔。四、胜义善，谓善无为。不善，四者：一、自性不善，谓无惭等十唯不善心所；二、相应不善，谓无惭等相应心、心所法；三、等起不善，谓不善色、不相应行，种子亦尔；四、胜义不善，谓有漏法。无记，四者：一、能变无记，谓诸无记心、心所法；二、所变无记，谓无记色法，种子亦尔；三、分位无记，谓无记不相应法；四、胜义无记，谓虚空非择灭。”[35]此段引文中，第二、第三所述之三分法和四分法是窥基运用“善恶三性”对“五位百法”所作的详略不同的判定。
　　大乘瑜伽行派将“一切法”分为五类计一百种，诸种唯识经典所言细节略别，中土法相唯识宗遵从世亲《百法明门论》而列“心法”八、“心所有法”五十一、“色法”十一、“不相应行法”二十四、“无为法”六，总计一百种。“五位”中，前四为“有为法”，统称为“杂染法”；后一为“无为法”，亦称“清净法”。“五位百法”是唯识宗以宗教解脱为旨归对世间之物质、精神现象以及出世境界所有“法”的概括和归类。它将“心法”列于首位，是因为此宗认为：“一切法中，心法最胜。是故经言，心净故众生净，心染故众生染。由此心故，或着生死，或证涅槃，以胜用强，是故第一明其心法。[36]唯识宗将八识中的阿赖耶识当作世间万法之所以生起的最终依据和众生世、出世的承担主体，众生或轮回于烦恼生死世界，或证悟涅槃，都取决于“心法”。“心所有法”是指心的作用，“心起即起，心无则无”。唯识学中的“色法”包摄极广，既包含客观物质世界，又包含对象化的意识和精神“实体”。唯识宗认为，“色法”不能单独存在，它是心法和心所法的变幻显现，并非真实之存在，如其所言：“谓此色法不能别起，依心及所数之所变生，是彼二法所现影故。”心不相应行法是借助于前三法之分别作用虚假施设而有的，如《大乘百法明门论疏》所说：“谓不相应无别有体，总是假立，于前色、心及心所有法三法之上分位差别，假施设有。”依照唯识学之解脱论标准，“无为法”是非善非恶的，它超越了善恶的分别，因而是纯净的，不能将其简单归于“善性”。中土诸师有意将伦理学之“善”与解脱论之“净”混合使用，在“善性”中列入了“无漏善法”及“胜义善”等名目，其依据大概是《俱舍论》卷13之所论。不过，此论所遵为小乘的有部学说，故其“善性”并非大乘之终极解脱境界。在《大乘百法明门论》中，世亲是严格使用善、不善(恶)、无记等三性标准的，“无为法”只以“净”(用中道观表述则为“非净非不净”)言之。“无为法”属解脱之涅槃界，只有“圣人”方可了知，但唯识宗以为：“无为之法相难了知，若不约法以明，何能显示?故能依色、心、心所有法、心不相应行四法之上显示无为。”这是说“无为法”并不能离开有为四法而存在，转舍“有为法”，“无为法”就自然显现。
　　以“善恶三性”分析“五位百法”，是唯识宗善恶观的特色，也是理解其成佛理论的基础环节。只有清晰地分疏出这些“有为法”中哪些对解脱有正面作用的，哪些是起反面作用的，以及哪些又是具有两面性的，这样才能确定“舍”与“依”的重点和方向。
　　“心法”包括眼识、鼻识、舌识、身识、意识、末那识、阿赖耶识。此八法中，前七识为转识，第八识为藏识；依照在识变中的作用，第八识为初能变，第七识为第二能变，前六识为第三能变，三个层次之“能变”又可分别称之为心、意、识。此心、意、识的“善恶三性”判摄有所不同。第八识应是无覆无记性摄。也就是说，第八识的染、净性只是一种潜质，如以真如为所缘，则为“净”；如以“有为法”为所缘，则为染。第七末那识并无自体而妄执第八识之自体而为“体”，故它是有覆无记性摄。前六识可通“三性”但具体判摄则须视外缘——即心所法、色法等之性质而定。
　　上述“心法”是唯识宗对众生之心身结构的分析，这里所言的“心所有法”则指依从心法而起的心理作用。窥基曰：“言心所有法者，具三义故：一、恒依心起，二、与心相应，三、系属于心。”[37]“恒依心起”及“系属于心”是说“心所法”永远依托“心法”而生起，并且“心法”永远为“主”，“心所法”为“仆从”；“与心相应”则是说“心所法”和“心法”必须同时生起，二者所依之根、所缘之境，其自证分必须相同。“心所法”分为六类五十一种，其名、义及三性判摄如下：其一，遍行。意谓遍于“三性”即善、恶、无记及八识、九地等等，凡有“心法”生起，遍行五法都与之相应俱起。遍行五“心所法”为：作意、触、受、想、思。其二，别境。指对各别的、特定的境界所生起的心理活动。窥基说：“言别境者，别别缘境而得生故。所缘之境则有四：乃所乐之境、决定境、曾习境、所观境，各缘不同，故云别境。”[38]“别境”分为五法：欲、胜解、念、定、慧。其三，善。从道德标准看，包含世俗道德和佛教道德两个层次，但以前者为主，故此“善”是用其狭义，而不是“善恶三性”之“善”。善法十一如下：信、惭、愧、无嗔、无痴、精进、轻安、不放逸、行舍、不害。其四，烦恼。“烦是扰义，恼是乱义，扰乱有情，故名烦恼。”[39]烦恼又可分为六法，即贪、嗔、痴、慢、疑、恶见。贪是贪求种种爱乐物相；是对于一切人或物抱敌视、残害之心；痴指对于一切事理，愚痴迷暗，不了解真相；慢指恃己之长，傲慢自负；疑指对于佛教的义理犹豫不决、心存疑义；恶见指违背佛教义理的错误见解。唯识宗对于“慢”及“恶见”又有“七慢”、“五恶见”的分析，不赘。以上六种烦恼又称“根本烦恼”。其五，随烦恼。指伴随、依托根本烦恼而起的烦恼，其体性与根本烦恼相同。由于发生作用的宽狭不同，随烦恼又可分为三类：忿、恨、覆、恼、嫉、悭、诳、谄、害、骄十种，作用的涉及面最小，只能同类相生，个别生起，故称小随烦恼；无惭、无愧，发生作用的涉及面稍宽，遍不善心，故称中随烦恼；掉举、昏沉、不信、懈怠、放逸、失念、散乱、不正知，其作用的涉及面最广，遍行染心故称大随烦恼。其六，不定，亦称“不定地法”。因其在识(即心法)、性质、界三者均不能单独确定，而需取决于同何种“心法”、“心所法”发生联系，故名之。不定法有四：(1)“睡眠”，指心处于暗昧、不由自主的状态，比通常所说的睡眠之所指略广些。(2)恶作，即悔，对所作的业感到后悔。悔通三性，如对所作恶业感到后悔就是善性，对所作善业感到后悔就是恶性，对所作无记事相感到后悔就是无记性。(3)寻，指对事理的粗浅思考，“寻谓寻求，令心总遽，于意言境，粗转为性。”[40](4)伺，伺察，指对事理的细密深入的思考。