对禅宗思想的研究，是这一时期研究中的重头部分。陈铭枢在《现代佛学》第1卷第8期《我的禅观》一文中，把《坛经》分为知非、无念为宗、识自本性见自本性三个特点，认为禅宗的底趣是"寂"。在《论惠能六祖禅》里，他对"知非"和"无念为宗"作了进一步的解释，说"六祖'知非'之教，实是宏扬常惭愧的经教，另一方面又为儒家思想能接受大乘教在实践上最鲜明的体现"。"无念为宗"本身就具有正、反、合的辩证法意义。他提出把遵经和破邪作为禅学两个标准。遵经，就是"言必该典，理必契教，又绝不是袭陈滥、套形式和死在句下，而自有其对机启发，洞中隐微、无方的妙用?quot;。破邪，就是破那些谤佛的"附会无根之谈"，所以遵经破邪为治禅学者必由之路。吕澂在《禅宗--唐代佛家六宗学说略述之三》中指出："以具备自觉圣智内容的如来禅为止观的最高层，契合于'如来藏心'（这在《楞伽经》里看成真如的异门）的攀缘如禅作它的阶梯，这样直接指示佛家实践的究竟和源头，便启发了当时讲究禅法的人去另辟途径。中国禅宗的思想即导源于此。""它的基本理论始终以《起信论》一类的'本觉'思想贯穿着，又显然是凭藉中国思想来丰富它的内容的。更从中国佛学思想流变上看禅家南宗的盛行，可说是反映着当时佛家由于实践的要求对一般义学和信仰的反抗趋势?quot;1961年7月3日吕澂又在《光明日报》发表《谈谈有关初期禅宗思想的几个问题》【转载于《现代佛学》1961年第6期。】。第一个问题是原始禅宗与《楞伽经》的关系。他认为，从讲经来看，慧可受达磨的启发，专附玄理，不拘文字，自由解经，"着眼在经文明白解释了佛性和人心的关系"，旧本《楞伽经》只说有一心，新本则说有二心，即净心和染心，这是最根本的分歧。慧可用四卷本《楞伽经》来对抗新译的十卷本，是因为旧译《楞伽》之说由《胜?经》而来。第二个问题是达磨的禅法究竟如何。从资料上看，达磨主张用壁观法安心，这很可能实行的是南印度禅法，即以修习地遍处定来首先入定。第三个问题是东山法门的变化实际如何。弘忍和神秀的思想受《起信论》的影响，而《起信论》又是来自于《楞伽经》，可是这里所据的《楞伽经》已不是四卷本旧译，而是十卷本的新译。因此，到了弘忍时，禅宗的思想已不是慧可所坚持的一心主张了，"而思想实质，通过《起信》，已经无形中与十卷本《楞伽》合流而面目全非了。这一转折变化，在辨认弘忍、神秀思想的特点时，我想是不应该忽视的"。第四个问题是北宗法门是否只渐无顿，如何理解顿渐意义。现存有关神秀的文献里，神秀也说悟在须臾，又说一念顿悟等等。"我觉得南宗所标榜的顿悟，是走单刀直入，直了见性的路子，而神秀的教人则要用种种的方便。他不但广引经论，着意分疏，以作理论的准备，并还采用指事问答的方法以诱导学者入门……北宗禅法由这样的点滴领会最后得到恍然大悟，但从源头上说来，依旧是逐渐贯通的一类。因此，南宗指斥它为渐悟。南北两宗间顿渐之辨，大概如此。"1962年6月6日，吕澂又在《光明日报》发表了《试论中国佛学有关心性的基本思想》【转载于《现代佛学》1962年第5期。】，指出："在禅宗方面，自南宗畅行以来，更是围绕着性觉的思想作出种种机用的发挥。像禅师们指点学人所常说的'即心即佛'、'本来是佛'、'平常心是道'以至说到'一切现成'，无一不要联系性觉思想才能理解其真意。……到了后来，禅宗还因宗密揭出荷泽（神会）的秘传，以'灵知'解人心的本觉，而明言'知之一字，众妙之门'，甚恐其混同知解，而予以反对。这样用心于知解以外，又不期然成为一种神秘主义。"鉴安不同意一些人将禅定和禅宗的大彻大悟、明心见性分开，以及禅宗是"受了我国传统思想发生同化的一种表现"的看法。他在《禅宗的思想与风范》【《现代佛学》，1955年第5期、第6期。】文里说："这两种说法固然都有其史实上和理论上的若干根据，但是按实研究起来，就知道不妥当的?quot;第一，"禅定"是人类心理和生理的一种普遍现象，佛教所要达到的觉悟离不开它。禅宗也不反对禅定，"并从一开始就按照释迦的遗教勤修禅道，称为禅宗，的确是名符其实"。第二，禅宗的思想是印度大乘般若思想在中国发展的一种形态，与我国传统思想关系不大。

　　学术界的任继愈、肖萐父等人用马克思列宁主义的方法研究禅宗，主要是用两分法来分析禅宗思想特点，并说明其在中国思想史上的地位与作用。1957年任继愈在《哲学研究》第4期发表《禅宗思想略论》（后收入《汉唐佛教思想论集》），指出菩提达磨学说的主要特点，在于把印度输入的复杂繁难的宗教修持方法改变为简易的宗教修持方法，"完全是北方中国具体环境下的产物"。从达磨到弘忍，这五代法裔相传的过程，可以看作禅宗的预备阶段，也可称为禅宗的先驱。这时期禅宗还没有形成宗派，也没有正式以"禅宗"作为自己宗派的名称。就初期禅学的特点而论，无论它以《楞伽经》为中心思想（佛教大乘有宗），或以《金刚经》为中心思想（佛教大乘空宗），它都是客观唯心主义。禅宗到慧能以后，从客观唯心主义转向主观唯心主义，"它标志着唐代佛教发展中遇到危机后的新趋势"。慧能所进行的是一场革新运动，"他们没有隋唐佛教其他宗派的优越条件，没有很多的'理论'和旧的佛教宗派抗衡。他们唯一的武器就是用主观唯心主义，他们不要论证，不要引经据典，只要凭借每个人主观信仰和良心"。后期禅宗特点也有两个。第一，否认表面语言的表述能够说明禅宗的基本原理，用比喻、隐语、拳打脚踢的动作来表述。这是根本否认概念、推理、判断，因为一切理性思维、逻辑抽象都可以反映真实情况，所以实际上他们否认了人类正常的认识能力和认识作用。第二，禅宗所相信的真理是超现实的，在现实世界中不存在，因而不能用认识现实世界的方法来认识真理。他们所谓真理内容和性质，是建立在宗教信仰、宗教感情、主观意识的基础上的，而不是通过科学实践可以证实的。但是，禅宗也见到了事实的另一面，认识到人类认识能力有它的局限，其失足之处，在于夸大了这一方面，从而做出了神秘主义的结论。所以后期禅宗发展为宗教神秘主义、直觉主义，完全走向反科学、反常识的道路，这是禅宗发展的主流。在哲学史上，禅宗以严肃的态度对待哲学上的主观思维和客观现实的矛盾统一的问题，"它以主观吞没了客观，以心代替了物，但是，作为反面教材，它使中国哲学史上的认识论比过去更加深刻、丰富了"。"它引起人们对认识论问题的重视，虽然它走的方向错了。但是它构成了认识论上不可缺少的一个环节，它起着反面教员的作用，它把认识论引向深刻化的道?quot;。肖萐父在《唐代禅宗慧能学派》一文强调，禅宗所进行的活动是在革新中得到了相应的反映。慧能学派"以大胆的教义'革新'，在一般庶族地主的政治意识中，更找到了广阔的传播市场"。这表明了禅宗传教对象及其所依存的社会基础，区别于旧有的佛教各宗而有所扩大的转移。"但慧能学派所以高举起'革新'佛教的旗帜，并不在于他们是所谓的'平民派'，而在于当时寺院经济和佛教势力的发展，内部存在着严重危机。这是他们从事'革新'运动的真正动力。"也为佛教开拓了新的思想领域，为朝野人士重新构建了一根精神支柱。其所进行的"革新"，乃是在佛教世界观内部别树一帜，并希图用祖师真传的名义来夺取佛教正宗的法统地位。实质上"乃在于想把佛教理论进一步精炼化、哲学化；企图摆脱烦琐的修证过程和经论词句的解释，而把作为宗教本体论的客观唯心主义体系，进一步发展为主观唯心主义的神秘体验论，由思辨推理转入超验直觉"。就慧能学派思想的特点，主要有这样几个环节。第一是"即心即佛"的本体论。第二是"顿悟成佛"的方法论。第三是"凡夫即佛"的宗教归宿。这一理论承袭了南朝的佛性说，又充分吸取和发展了魏晋玄学所提炼过的庄子思想中的直觉体验论，用以会通佛教教义，使之进一步中国化，从而构成中国思想史上一个独特的宗教哲学学派。所以"禅宗思想的出现，在一定意义上，可以说是中国佛教哲学发展的顶峰；同时，也就标志着中古哲学史上佛教这一整个思潮的发展'圆圈'，达到了它的终点。这就是禅宗慧能学派所进行的佛教'革新'运动的思想实质"【《武汉大学学报》，1962年第1期。后收入《吹沙集》，巴蜀书社，1995年。】。