尽管武院尚处于领先地位，可是暴露的问题也须解决。在第二学年开学前的院董会上，太虚提出：本届学生维持到毕业，以后决不能这样办。他还发表《我新近理想中之佛学院完全组织》，主张理想的佛学院——真正能培养出解、行相应，堪任住持佛教人才的佛学院，应从小抓起，因为儿童天真无邪，最可造就。相应其学制应包括小学、中学、戒学、大学、研究五级，共24年，才能使学生文化程度较整齐，便于严格教育训练。当时武院内唯研究部可以保留。从中可看出，太虚的新主张理想色彩太浓。而尽管武院董事尊重太虚，但私人出资搞这么大的规模显然负担不起。因此太虚的主张被否决。1924年6月，太虚在院董会上再次提出改革办法：1、选拔一些优秀生留校，设研究部让他们继续深造。2、新生不再招收居士，以集中全力培养住持佛教的僧才。3、学僧管理教育模仿十方丛林规制，注重律仪，严格训练，使他们在学习期间就为整顿改革僧制作准备。这些办法又未在董事会上通过。这当然使他不快。因此种种，1924年9月，太虚突然召集武院教职员，宣布院务暂由释善因代行；并致函董事会辞职。当天乘船离开了武汉。武院是太虚实验新式佛教教育的第一个基地，武院师生也是太虚事业最积极的追随者。太虚的遽然出走，他们深感不理解。在居士看来，居士正信佛教也是太虚大力提倡的，武院兼培养部分居士骨干理所当然。何况是他们出资出大力同时也培养了一批学僧。所有存在问题都可以商量可以批评，何必出走呢？然而太虚却自有他的难言之隐乃至深刻的隐忧在。后来在《自传》上，太虚对出走原因作如此解释：“（1924）春起，我已得了胃病，入夏渐剧。”故需要短期充分的休息。只有这样，才能使武院董事与学员来“不及”挽留。“又因（武院）第二期系随他（其他董事）意办，亦减少了热心及松懈了责任。”因病是表面原因，而深层原因恐怕在挫折感的笼罩。太虚这两年来的挫折，与当年大闹金山，提出“佛教革命”所遭遇的大不相同。当年挫折多由佛教守旧势力的顽强抑制和反扑所致。如今的挫折在很大程度上是咎自由取。是啊！上述居士、学员们的问难，太虚很难反驳与解释。因而以病为由掩饰过去了。但居士与学员们是否也能站在太虚立场上想一想呢？在局部上，各自都有充分理由。可太虚从中国佛教革新的全局出发，提倡正信居士佛教固需，办理想的佛学院资金不足也是现实问题。不过，愈是经费不足，愈是各执一端（局部），愈需要把有限的物力、人力集中在革新中国佛教的根本——培养一代僧才，使之成为佛教复兴的基石之上。
　　太虚大规模培育一代僧才的构想在武院遭挫。1925年在苏州建立佛教大学的计划又落空。他不得不另谋出路。恰此时（1927），随着国民革命军推进各地，南方各省占寺侵夺庙产现象也极为普遍。福建厦门南普陀寺僧众深感恐慌，因释常惺的推荐，一致公举太虚为住持兼闽南佛学院院长。闽院成立于1925年，释常惺为原院长，只招收学僧，分为专修、普通两部，学制受到武院的很大影响。由于学僧文化程度参差不齐，后增设小学部。1926年小学部移往漳州南山寺，即南山佛化学校。这样的学制可说基础不错，与太虚1923年提出的改造武院设想接近。太虚接管闽院，不妨说喜出望外，因为可据此进一步试验自己的办学构想。闽院办学经费由南普陀寺独立承担。太虚既任该寺住持，就不会象武院那样受其他董事的很大牵制。太虚与南普陀也有前缘。所以，太虚到闽院来施展抱负，除了政局动荡，学僧情况不够了解外，应当说诸缘具足。为此，太虚初到闽院就集中精力办院务，并亲自为师生讲《行为学与唯根论及唯身论》。后又有《行为学与心理学》等三文发表。所谓唯根论，意出《楞严经》；唯身论即指梁代范缜的神灭论。太虚认为西方行为主义心理学与佛教禅学有很多近似之处，但许多问题还没有说到点子上。他在闽院讲这些是要求一代新僧都来关注现代科技文化的发展，强调佛学必须对此作出适当的回应，这对佛教的未来至关重要。9月，太虚在闽院主持了新学年的开学典礼。随后，又为师生讲《救僧运动》。其中对学僧提出了具体要求：真修实证，献身利群，博学深究。《救僧运动》以及后来发表的《告徒众书》言语中，寄托着太虚对一代新僧的期望，对闽院的期望。1928年春，太虚因患神经痛回沪治疗。而暂主持教务的释蕙庭因事回江苏刚返院，并非太虚主持招收的前一批学僧中思想混乱的隐患陡然爆发，蕙庭措手不及，遂酿成学潮。太虚在杭州养病闻讯，乃授意弟子大醒、芝峰先后去闽院处理。7月，闽院刊发了《续招学僧简章》，明确规定以太虚的一向主张“造成佛教住持僧宝，弘法利生为宗旨”；添招了心道、默如等学僧30名，又增设了丰富的课程，仅佛学就有18门，文化课程中有数学、地理、科学概论、哲学、世界宗教、教育学、艺术等十余类近五十门；还创办了主张佛教革新的学报《现代僧伽》，图书馆、阅报室等设施亦渐齐备。在太虚悉心指点下，经过大醒、芝峰等的整顿，闽院教育逐步恢复了稳定发展。至29年4月底，太虚弘法欧美归来，视野大为拓展。不久，他把闽院列为世界佛学苑华日文系，改漳州南山佛校为闽院分院，设赴锡兰留学团于此，作为将来建立世界佛学苑巴利文系的准备。这时学校面貌已根本改观，成为太虚中期佛教革新基地。而且由于闽院声誉远播，学僧人数激增至90名，来自全国十余省市。各地求学者还络绎不断，致使院方不得不婉言谢绝。由于学风改善，学生成绩也大进。30年春，太虚鉴于不少同学成绩优异，决定让他们提前毕业，并从中选拔10人，专设研究部，由芝峰督导深造，主要研究《成唯识论》等。后又根据学僧志愿，将研究课题分为五个系列（方向），即法相唯识、法性般若、小乘俱舍、中国佛学、融通应用，让学僧分别研习。自此到1933年初太虚任满，他对闽院关怀备至。每次到院，总是细心检查、审阅研究部学员的研究成果，有错误则加以更正和批评。同时谆谆教诲一般学员，详细询问其志愿及履历，鼓励他们认真学习，以现代僧伽的标准要求自己。更重要的是通过国外考察，太虚的佛教教育思想有了极大提升。他重新把主要精力投入国内，包括闽院的教育管理，还借鉴了国外基督教神学教育与牧师培养的一些做法，全面阐发进一步的教育理念。他要求学僧明确：发扬佛法真谛，适应现代社会，建设新中国的奠基于人间的僧伽制度，是佛教教育的基本目标。为达此目标，学僧既要对佛法有深切的认识和信仰，也要对现代世界潮流的状况与新思潮的地位、价值深刻的了解和体验。这样，才能站在佛法的立场上观察社会，适应社会。毕业以后，才可担当大事业。在校则要以深沉的毅力读书求知，生活要劳动化、群众化。他还提出，僧教育与一般教育不同之处在律仪。学僧为学的重心在于佛学。佛学的宗旨在于究竟的自利利他，闽南佛学院的学生要把闽院的精神推广到社会，使佛教革新的理想变为人间净土的现实。太虚在正面阐述自己的佛教教育思想的同时，还批评了当时一哄而起的各地佛教教育的一般做法。他认为那些做法不过是传统的师徒式的僧教育挂上个佛学院、大学的招牌，学来学去不过是学个讲经的仪式。他主张，佛教僧侣也可分为学僧、职僧、德僧三级。学僧须经“律仪院”二年，“普通教理院”四年，“高等教理院”二年， “参学处”二年的学习参访，方可取得职僧资格，担任寺院住持和重要职事。由职僧中公推出的德行已具，学修皆备的德僧则可主持全国佛教。太虚在闽院还讲了《弥勒经》、《西洋哲学与印度哲学概观》等，无论其广度还是其深度，都远远超过在武院所讲，可见他对闽院师生期望之深切。1933年初，太虚连任两届住持兼院长任满，于是辞职。由常惺再接任。闽院以后还坚持办了数年。