1924年底，太虚对武院教务稍冷淡，但武院董事会仍极力挽留，他迫不得已再次受任武院院长。迄26年武院以北伐战争影响被迫暂停前，太虚每年总要去武院两次，处理院务并讲学，唯不常驻。29年10月，太虚欧美归来曾在武院小住。因驻军未撤教学无法全面恢复，仅为研究学员讲了《大乘宗地图》等。32年依太虚设想，武院被改组成世界佛学苑图书馆，但仍设研究员预习班，两度招生，太虚仍多次过往讲学。直到38年武院被迫停办。1930年9月，北平柏林教理院成立，依太虚设想，浙江奉化雪窦寺为世界佛学苑禅观林，该院即世苑华英文系，太虚弟子系其中坚。太虚也曾前往讲学。可惜因“九一八事变”，该院于31年12月就被迫停办。
　　幸好太虚弘化四川时，曾与重庆各界人士谈起过他关于设立世界佛学苑华藏文系的设想，并建议即在川设立学校，招收汉藏僧青年，不必远赴康、藏。此议获潘仲三、何北衡等多人赞同。于是当即发起筹设汉藏教理院。1932年8月20日，世界佛学苑汉藏教理院正式开学，太虚任院长，他亲飞重庆主持开学典礼，制订院训：“澹宁明敏”。其时，他于闽院的任期将满，却在四川新建了实现他世界佛学苑构想与佛教革新的基地。当然汉院的建设发展也并非一帆风顺。当初师资的配备就离太虚的初衷很远，主要是缺乏谙熟藏传佛教，精通藏文经典的人才。太虚故而驰书召唤赴藏学法的弟子法尊回内地。34年6月，法尊自西藏归来至宁波面见太虚。此前汉院内部已不和，具体主持教务的释遍能处置也不够妥当。太虚即遣法尊从速入川，主持院务。法尊后又获太虚弟子苇舫、尘空相助。在太虚的指导下，协同整理院规，筹划教务，终于使汉院教学走上稳定发展的轨道。37年“七七事变”后不久，太虚就上了缙云山，为汉院师生讲了《佛理要略》、《汉藏教理融会谈》等。38年3月8至10日，汉藏教理院设追荐班禅九世法会汉经坛，太虚主坛，戴季陶主荐。戴氏建议太虚，培养复兴中国佛教的根本僧才可以从建设一个模范道场做起。这种说法有其从小事优起的长处，但无疑跟太虚当时从大处着手的思路背道而驰。太虚不便当面反驳，然而随即在汉院讲《中国的僧教育应怎样》，对此作出了回答。大意为他已身心俱衰，不可能再去做建设模范道场的实际准备或充当其领导，而且他本人也未受过此种培养教育。言外之意：他比较擅长的是理论准备和启导。40年5月，太虚访南亚、东南亚归来，提出以建立菩萨学处为中心的僧制与教育新构想。这无疑受到戴氏及南传佛教的启发，但仍秉太虚一贯思路。不同点是吸取了以前教训，更注重集中力量，培养少数精英作为起点。迄抗战胜利，太虚常驻汉院八年，超过武院、闽院，他晚年成熟思想见解也多在汉院先讲授或发表。太虚还对学生提出了一些新的要求。如对汉院学僧的几次训词中，太虚提出：将来担任复兴中国佛教大任的学僧要从四方面学习锻炼，即修行、讲学、用人、办事。对内，每个人都要时时反省所短而取人之长，扬长避短，以这种精神共一，机缘一到，许多佛教大事必成。对外，要摄受各方人才，“无论什么人，都有他的用处的”。还俗，转信其他宗教都不要紧，只要他对佛教还有一分信念，也可使佛教渗透社会、渗透其他宗教。每个人都要在岗位上努力！求学时，要警策自己，适应环境，利用环境去充实自己。毕业后，要透视现实，确定理想，根据理想去改造现实。太虚在汉院还多次召开院内外少数学有所长者参加的专题研讨会，讨论的主题均富有现实性、前瞻性，如“佛教对于将来人类的任务”，“佛法能否改善现实社会”等。45年9月，太虚推荐法尊继任汉院院长职后离开了缙云山。汉院在太虚当初设想中负有两大使命，一是作为沟通汉藏佛教的桥梁，二是继承武院、闽院精神，培养大批僧才，使之成为佛教革新事业骨干的大本营。后一使命可说基本不负，前一使命则有所欠缺。为此，太虚曾极力赞助法尊早日邀请西藏安东格西、东本格西等来院授课译经。安东早逝而未果，东本来院则已在抗战胜利后，太虚刚卸去院长职，即将离开重庆。为贯彻初衷和支持法尊，太虚勉力担任了汉藏教理译场场长。该场主旨为进行汉藏经典互译，维持未久，译出了汉文《大毗婆沙论》为藏文。45年春，太虚筹划多年世界佛学苑巴利三藏院在西安大兴善寺成立，太虚亲任院长。但由于锡兰方面派来的人未能践约，该院的特色并未形成。不久又停办了。时运不济，世事多艰，太虚的世界佛学苑计划始终未真正实现，唯有新式佛教教育其实成果不小。据不完全统计，20—40年代，仅太虚及其弟子主持或任教育骨干的佛学院至少有四、五十所。此外，圆瑛、虚云等高僧也创办了一些质量较高的佛学院。新式佛教教育遍布大江南北，远达东北、西北。
　　但太虚对此并不满意，或因他深受出家后的传统禅宗丛林教育的影响，或因受到其还比较器重的弟子满智等回俗的刺激，或兼而有之，他认为即使他常驻时间最长的汉藏教理院也只不过相当于理想中僧教育中“普通教育”一环，还欠缺基础的“律议”和进修的“高等”、“参学”三个环节。他认为，丛林教育以德育为主，智育次之，其所培养的僧才，虽说缺乏现代科学文化知识，但多能甘苦淡泊，半途回俗者极少。而当时佛学院毕业的学僧，好的只知办事、编刊物、写文章、喊口号，差的呢，觉得在佛教内没有发展的机会，也不甘于过持戒生活，甚至对佛教丧失信仰，寻找其所谓新生活。因此，他感到上述具备四个环节的长达十年（中、小阶段不在内）的僧教育既然还没有可能实现，那么不如在某些方面恢复传统的丛林教育制度。这其实也并非万全之计，而且把信仰问题和教育问题混为一谈。有些所谓 “新僧”之所以回俗，从内在讲是缺乏实证体验，这种体验不一定通过参禅获得，修持其他法门也行，甚至只要有强烈的信仰，也会产生与信仰对象的共鸣。因此禅宗丛林教育和太虚本人的早年体验不一定适合每一个人。从外部环境讲，这主要是佛教革新接连遭到挫败引起的失望感所致，信仰的丧失往往从的信心低落开始。试想连太虚在1928年初出一度有回俗的念头，何况那些年轻“新僧”呢？太虚一方面要想办法（恢复丛林教育也是办法之一）遏制“新僧”还俗，另一方面他对已还俗者还是很宽容的，他曾发表《尊重僧界还俗人》等文。至于受传统丛林教育的僧人为什么表面上看来还俗的少些？一是有的人虽然信仰同样丧失，但因受教育不同，没有“新僧”那样的勇气和开放态度，但与其在僧伽内混，其实不如还俗。实质上，正是他们造成佛教界的腐败，太虚对此很清楚。二是近代自愿过淡泊生活，接受丛林训练的已多是对世事失望，对佛教有相当信仰的中年人，他们思想的成熟性与思想仍处易变阶段的青年学僧不可同日而语。总之，吸取丛林教育的有益养分是应当的，但完全回到丛林教育则既不可取，也不可能。另外有人依据太虚早年对清末僧教育会办的社会教育的批评，断言太虚不大赞成佛教办社会教育。其实这也是片面的。首先，太虚提出的“服务社会”中理所当然的含有佛教界办社会教育的内容。20—40年代在他的提倡下，佛教界办社会教育出一度形成风气。其次，他本人也躬亲主办社会教育，如武院附设小学，在重庆创办了大雄中学，甚至导致他最后一次中风，过早离世也与1946年他化费很大精力在南京卧佛寺新创的大雄中学失火有关。确切地说，在僧尼素质低劣的状况下，太虚的社会教育思想是必须优先提高僧尼本身，适当鼓励教化社会。