1966—1979，中国佛学院与全国人民一样“经历了一场浩劫，院址法源寺遭到严重的毁坏，院长喜饶嘉措大师、副院长兼教务长周叔迦居士被迫害致死，任职执教的法师、学者、居士遭到批斗，离校‘改造’，学院陷于瘫痪解散的状态。”全国佛教教育可想而知。但只要人还在，中国佛教种子还在，一旦春风吹拂，漫山遍野又会披上绿装。由于中国佛学院是中华人民共国成立后创建的第一所佛学院，而且由法尊法师实际主持，所以它尽管一度濒临险境，但其存在与恢复本身，就既继承了太虚创立的特别是汉藏教理院的佛教教育传统，又为大陆后续恢复和新建的佛学院开创了范例，积累了经验。
　　台湾光复后，佛教教育也一度面临严重困难。在日本占领期，台湾本地高等佛教教育几乎不存在。僧俗欲深造不是至日本，便是偷偷到大陆。1948年，曾受戒于福建鼓山涌泉寺的中坜圆光寺释妙果打算创办台湾自己的佛学院，因此定名“台湾佛学院”。鉴于师资缺乏与经验不足，他邀请太虚闽院学生慈航（1895—1954）由新加坡来台主持并任教。慈航提出“为国家计，为民族计，故有创办‘台湾佛学院’之举”的办学宗旨，还指出这是针对台湾佛教曾被日本利用的“不白之冤”而着手“亡羊补牢”。同时公布的该院《简章》规定：组织采用董事会制，院长由董事会聘任；经费由董事会劝募；名额为40名，必要时可招收旁听生；期限暂定三年；课程分为佛学、国文、英文、常识四科。此外，慈航亲自带领学僧按大陆佛事规矩早晚共修。后由于名额超过，大陆来台求学僧青年不断增加，难以安置，慈航与圆光寺方产生了分歧，以致寺方未请其他教员，未替学生买过教科书。慈航本人则不但未支领分文薪水，还用他南洋弟子的供养为学生买书、笔墨、纸簿，以至供部分零用钱。他个人承担教务、讲课与作业批改之外，还为安置大陆新来的学僧奔走，先后搞了基隆灵泉寺佛学部、苗栗开善寺狮山佛学院两个附属点。其处境本已艰难，寺方却仍在六个月后宣布佛学院停办，灵泉寺佛学部也以经费不敷而被迫解散。台湾当局的举措更是雪上加霜，竟以莫须有罪名把慈航等逮捕下狱……然而公道自在人心，慈航的办学热忱不但感动了许多学僧，连一些师执辈的法师也来投靠。入狱后，各界致力营救。1949年夏秋间，他出狱被接至汐止静修院。在此，获当家达心尼师等支持与前学员慈观等竭力拥戴保护，终于办起了有名的弥勒内院，初步实现了“台湾佛学院”的原先构想。“台湾佛学院”与弥勒内院，在历史的转折关头，培养了大批优秀僧青年，对台湾佛教教育发展起着承上启下的不可替代的作用。尽管1954年慈航圆寂，但其过渡性使命已圆满完成。印顺法师说，他“虽居处靡常，资用窘乏，而于大陆僧青年之来台者，摄受而教育之；百折不回，为教之心弥坚。此慈老之不可及，而大有造于台湾佛教者，功德固不可量也。”
　　香港佛教办社会教育较早，自1931到1949曾办五所，其中包括耀山与中华两所正规学校。僧教育则以台宗倓虚法师（1875—1963）于1950年在香汇弘法精舍创办的华南佛学院为起点。倓虚也是20世纪数得上的佛教教育家，他一生主持与创办佛教学校达10多所，大多办学有方。其中僧校9所，最有名的是青岛湛山佛教学校。他的教育理念也很有特色：1、建寺为办学。2、多层次的培养僧才，尽可能让有志求学的人都有学习机会。学校一般都分设预、正、专、研究四科，其中预科仅相当小学。这样可根据学员原有文化程度施教，又不致象武院初期那样因此造成混乱。3、有重点也有自由。湛山一系的学校重点选修天台三大部、五小部的学员特多，但倓虚对自愿学习其他宗派教理者也予以鼓励。学员多自愿组成学社，教学与自学结合，每周集中活动三次，交流心得，互相讨论。1948年4月，倓虚至港，与香港佛教界人士议定创建华南佛学院。院护法董事会由王学仁等五位居士组成，负责借院址与承担经费。1950年该校正式开学，倓虚任院长兼主讲，释定西、浆果也在校任教。学僧多为由东北与上海来港的僧青年，共21人。课程仿湛山佛校。与湛校主要差别是当时香港经济还很困难，华南佛学院经费也很紧张，学僧必须于课后种菜砍柴，以节省开支。一年后，董事会仍感经费负担过重，学僧日均5小时的课程也难维持，于是改为半天织袜，半天读书。尽管如此，因香港经济拮据，物质短缺，佛学院还仍然危在旦夕。就在这时，北方僧青年还源源不断来投考，学校不得不谢绝。最后佛学院师生获吴蕴斋等香港佛教四众热心人的协助，议定每年启建水陆法会一次募集经费，继续办学。1952年首届学僧结业。倓虚可能对如此筹资不满，要求辞职，但在董事会极力挽留下不得不留任，并招收了第二届学僧20余人。1954年3月，第二届学僧结业。这时香港经济已恢复，办学经费也不再成大问题，可是生源却不继。由此暴露出佛教界、特别是僧伽现状仍不足以吸引现代大都市一般青年的问题，倓虚再次要求辞职，佛学院停办。华南佛学院也可说完成了使命：一是培养了释乐渡、宝灯、畅怀、智开、性空、诚祥等不少僧材，他们不是60到80年代香港佛教的骨干，便往美国、加拿大弘法，都闯出了一片新天地。二是为香港僧教育开创了传统。继此，如60年代初太虚弟子敏智在屯门蓝地妙法寺创办了内明书院。70年代后期，倓虚弟子释永惺在荃湾西方寺设立了僧伽培训班。
　　40—60（大陆至70）年代间，两岸三地佛教教育都有难关。但太虚、欧阳渐、倓虚等富有前瞻性和可行性的教育理念已在中华大地上生根。经过一番寒彻骨，前面又是艳阳天。

六、中国佛教教育的长足发展

　　果然，大陆自80年代始，香港、台湾则自60年代始，佛教教育的蓬勃发展新时期来临了。来得早晚主要系于社会转型的迟速。不过政府政策改变也起了重要作用，如自1987年起，台湾教育当局不允办私立高校政策的改变，也使台省佛教兴学掀起了又一轮热潮。
　　1980年初，为了重振全国佛教事业，中国佛教协会及时采取的第一个重大举措就是恢复中国佛学院。同年9月，由赵朴初亲自主持，中国佛学院正式复课。从那以后至1992年，中国佛教协会先后召开两次全国汉语系佛教教育工作座谈会，协调全国佛教教育事业恢复发展与中国佛学院的建设；发起设立了佛教文化教育基金。中国佛学院兴建了教学大楼，开办了预科、本科和研究生班，其中本科佛学课程设有佛教史、中观、唯识、禅宗、天台、贤首、净土、楞严经等，文化课有古典文学、历史学、中外哲学、外语等。成为汉语系佛教的最高学府。此期间毕业学僧共238人，还先后选送优秀毕业生18人分别至日本、斯里兰卡、缅甸、英国等地高等院校和佛学研究机构深造进修。有几位取得了硕士学位，还有几位正在攻读博士学位。不少毕业学僧已迅速填补了 青黄不接的断层，成为全国与地方佛教协会、佛教文化教育机构、名山大寺的领导骨干。北京中国佛学院本部刚恢复，经赵朴初提议，江苏佛教协会大力推进，中国佛学院灵岩山分院、栖霞山分院又相继在苏州、南京成立。这两个分院除了在教育业务上接受北京本部指导外，在经费来源、教学行政管理等方面依托苏州灵岩山寺与南京栖霞山寺，具有相对独立性。至1996年，这两个分院也已培养了毕业学僧500余人。80年代后期至90年代初，全国各省市佛教协会与名山大寺又恢复与创办了不少佛学院，如厦门南普陀寺恢复了具有太虚办学优良传统的闽南佛学院，湖北省暨武汉市佛协恢复了武昌佛学院，上海市佛协创办了上海佛学院，安徽省暨九华山佛协重建了九华山佛学院，山西省暨五台山佛协创办了五台山佛学院、浙江省暨普陀山佛协重建了普陀山佛学院，广东潮州开元寺恢复了岭东佛学院，乳源云门寺创办云门佛学院，福建省佛协创办了福建佛学院，四川省佛协创办了四川省佛学院、四种尼众佛学院，重庆市佛协创办了重庆佛学院，江西省佛协创办了江西佛学院，黑龙江创办了依兰尼众佛学院等等，这些都是中等佛学院校，还有一些佛院正在试办或筹办之中。各地佛协与寺院举办的僧伽短训班、佛教培训班等更是不计其数，还为社会教育、“希望工程”、贫困学生捐献了大量钱物。