晚唐五代敦煌佛教教团僧尼违反教团规定的地方很多，就是与晚唐五代敦煌佛教教团的有些规定也很矛盾，如僧人饮酒，这是佛教戒律所严格限定的内容，但是晚唐五代敦煌地区的僧尼不但饮酒、送酒，而且自己直接开酒店盈利，就是寺院也进行各种酿酒活动。但是寺院道场规定不能饮酒，为什么会出现规定与实际不相符的情况。道场司发布的牓文中规定的一切内容都不是临时规定，而是寺院或者佛教及佛教教团已有的清规，一再重申这种规定，就是僧尼违规情况比较严重，寺院只有通过牓文重申的方式提请僧尼注意。其次就是道场内外是有很大的差别的，僧尼在家或者平时不注重清规限定，不仅仅饮酒，就是使用金银器皿、擦脂抹粉、穿戴丝绸等也没有人去干预，但是在寺院组织的活动中再这样做就会失去民众的信仰与拥护。规定有些场合必须严格遵守教团清规，就是这样违规行为非常严重，如夜间添妆也多。所以寺院一再重申这种规定，表明僧尼违规行为是经常性的，佛教教团只是某些规定场合严加限定，其余场合任其随俗而作。
　　我们通过对晚唐五代敦煌佛教教团所制定的清规戒律的分析研究，基本上可以得出这样几点认识：晚唐五代敦煌佛教教团制定有自己的清规，这种清规剞艮多称呼，所谓规矩、律式、格令等都是指佛教教团的清规；其次晚唐五代敦煌佛教教团制定的清规非常严密详细，虽然敦煌文书没有发现这样清规，但是从敦煌文书的有关规定中，我们还是能够体会出来这种清规的存在。敦煌文书中保存了很多寺院与清规有关的规定，如寺院关于安居的牓文和道场的牓文，这些牓文放映了晚唐五代敦煌佛教教团关于安居和道场的规定，虽然我们还不能全面掌握敦煌佛教教团的清规，但是足以反映出来这些规定的主要特点和基本内容，以及这些规定的严密程度。晚唐五代敦煌佛教教团的清规与禅宗洪州宗关系密切，敦煌佛教教团的很多规定都与怀海禅师的百丈清规有相似的地方，证明敦煌佛教教团的清规受到洪州宗的禅门规式影响比较大。但是敦煌佛教教团也有其地域特色，有很多内容在洪州宗百丈清规中严加限定，相反在敦煌却不加限定或者限定不严格。