此番事端，更有慧安等人代为出头。究其缘由，原是太虚进净慈寺时，慧安等诸山住持曾到场证明，按传统习俗，事后太虚应前往各寺回拜，以示尊重、感谢和愿与各寺结谊之意，以便在今后能时相往来，遇事则互相帮助。然而太虚恰恰忽视这一点，未及时回拜诸寺，以致结怨。当时的太虚初来乍地，诸事繁忙，况先前曾有杭州测量局员王行方等发起讲经会，请太虚讲《唯识三十论》。开讲日便是太虚进净慈寺之次日，因而忙乱之中，于礼节有所疏忽，似乎有情可原。然而更深一层的原因恐怕是太虚对慧安等人的轻视，甚至是鄙视。慧安在浙江僧界素来名声不佳，而太虚因看不起其为人，亦不愿与其交往。然而恰恰是这礼节上的疏忽，给太虚初创事业带来了无可换回的损失。
　　于是在慧安等人支持下，又度带鸿定找其同乡，时任浙江驻军第一师师长的潘国纲哭诉，而第二师师长张载阳昔为“同善社”首领，因太虚对“同善社”多有批评，亦甚嫉妒。因而各方势力，纠集一起向太虚发难。
　　太虚面对此番横生劫难，亦不肯稍作妥协。他自以为内有玉皇、智信等人忠心耿耿维护，外得杭县王吉檀县长、仁绅汪曼锋及上海新闻界康寄遥等人支持。因此尽枷能与慧安等人周旋。于是在舆论方面，从杭州的报纸辩到上海的报纸；在诉讼方面，则从杭县公署上诉到省长公署，并被搁滞在省里。
　　1921年8月，有关净慈寺的官司未分出胜负，而北京军政商界发起的辛西讲经会又邀凌晨经。于是太虚暂停永明学舍的开办，经上海带了史一如一同赴京。太虚抵达北京时，受到北京四众佛教徒数百人列队相迎。稍事休整后，即于弘慈广济寺开讲《法华经》，至11月初圆满。讲经期间，庄思缄、夏仲膺、蒋维乔、胡瑞霖、马冀平、林宰平等各界名流均往聆听，而李隐尘、陈元白等特地从湖北赶来，大勇自金山以大兴安岭后曾赴五台山修炼，此时亦到北京听讲，因而法会可谓极一时之盛。讲经结束后，太虚为平政院院长夏寿康等数百人授皈依戒。当时北方五省大旱，太虚领衔发起成立“佛教金╋字”会，由马冀平主持，从事赈灾，曾收容教养灾民子女数千人，颇著成效。
　　太虚在北京讲经获得的巨大成功，令社会各界之为瞩目。有北洋之虎之称的段祺瑞也派人与太虚接触，总统徐世昌手书“南屏正觉”匾额为其大张声势，甚至有在京传授密宗的日本僧人觉随，亦往拜访，并力邀太虚赴日学密，以便将唐代流入日本的密宗再传回中国，被太虚拒绝。而追随太虚左右的大勇有心赴日本研习，于是决定派大勇赴日修习密宗。正当太虚赴京讲经期间，浙江省长沈金铿在潘国纲等军方势力胁迫下，竟下令撤销太虚净慈寺住持。太虚在京听到后，当即上诉行政院，表示不服。行政院即行言语浙江省长公署，要将公案提京审理。这样案子再次被搁置下来。11月初，太虚返回杭州时，虽受到杭州各界名流及大批信徒热烈欢迎以为声援，然而此时净慈寺的情况已有改变，原先支持太虚的如惺、因原等人因受同乡恐吓，在态度上有显得犹豫起来，并直接影响寺里经济来源。不久，太虚在得到李隐尘暂借2000元的财力支持后，便解除如惺、因原职务，将库房交智信、客堂交玉皇共同负责。
　　不久，太虚应武汉信众邀请，前往讲经。在武汉地区，太虚得到了信徒的大力护持，因而决定在武昌开办佛学院，停止计划中的“永明学会”的筹办。一年多来，因接收将慈寺引起的种种恩怨，不仅使太虚的理想难以按计划逐步展开，而且江浙佛教守旧势力这顽固，亦使太虚大感灰心。因此，他下了决心，将事业重心转往武汉地区。
　　1922年夏天，在内外牵制之下，太虚感到在该寺已较难实现他的建立模范道场的理想。于是将净慈寺交还鸿定，兜率寺亦同时交卸。到此，由净慈寺引发的风波冬于平息了。江、浙历来是中国佛教较为发达的地区，而地外其中的净慈寺又著名古刹，太虚本可藉此大展身手，然而受到众多名流、信徒护持的太虚性情自负倔强，尤其在与守旧势力打交道时缺乏应有的、也是必要的圆滑，致使日后变故迭出，并使他最终失去了净慈寺这一事业基石。此后他虽然担任过不少名寺住持，也拟定过沩山寺、峨山甲等模范道场建设方案，但这些寺院的革新建设，好像都没有坚持下去。也许，这既与净兹寺失败的阴影有关，还与他中年以后精力不如在净慈寺那样充沛有关。但将慈寺的失败至少使他吸取了一点教训，那就是对“旧僧”的态度逐渐改“对峙”为“和同”。

在太虚看来，要救世靠佛教，要救教靠僧人，要救僧靠改制。如佛制改革难以从寺院的试点逐步推广，那么通过办佛学院，培养佛教革新的种子撒向全国也是一条出路。
　　
　　1921年底，武汉信众推陈性白到杭州，专请太虚赴武汉讲经。此时武汉的情形对太虚推行佛教改革已非常有利。就在不久前，由萧耀南接任湖北督军，而萧耀南是太虚的追随着李隐尘的同乡，因着这层关系，李隐尘担任湖北堤工督办，后来又兼任陕鄂禁烟督办。由于有着当局的维护，加上此前太虚在武汉地区讲经的巨大影响及拥有大批追随者，太虚在武汉的活动如鱼得水，异常成功。
　　在武汉地区的事事顺利，与江浙一带的屡遭挫折，给太虚心理上造成了巨大反差，使他深感其改革大业在江、浙一带因丛林守旧势力诸多牵制而难以展开，而在武汉地区，有当局援助手及地方士绅在财力上的支持，各项工作放弃净慈寺，集中精力在武汉开创新局面。
　　自杨文会办祗洹精舍以来，僧材培养一直被认为是佛教复兴的关键。太虚也接受了这一观点。因为只有提高僧人素质，才能使当时危机四伏的佛教革改鼎新，重现生机。传统的僧教育大体分为两支：宗门（禅）主要是坐祥参话头，加以机锋训练，禅师指点。其主要弊病是真悟与假悟缺乏可靠的依据、标准，学僧往往不懂装懂，难以检验。教门（天台、华严、法相）则主要通过听经与阅藏，就听经而言，清代讲经法师整体水平每况愈下，对沙弥众的考核更流于形式（一般仅有个别提问，不必普考。即使受具足戒前的一番问答可以算普考，也是题目基本固定，只须依样画葫芦，答是是否否）。至于阅藏，清末《大藏经》供僧众阅读的寺院如凤毛麟角，还要通过种种关系，才能得到这种特权。两支的共同点则为师徒式的传授。虽说明师出高徒，实际上由于接触面狭窄，“明师”难遇“高徒”，潜质好的学生找不到明师的情况多得很。传统僧教育不振的根本在于职事的提升与住持的继承跟佛学水平并无必然联系，反而与年资辈分密切相关。因而太虚早期就因对传统教育方式不满而赴祗洹精舍以求深造。对太虚而言，振兴佛教所需要的大批优秀僧才，在传统的僧教育手段下是难以培养的。为此，受过新式佛学教育的太虚，多年以来也把创办新式佛学院以造成大批优秀僧才来推进佛教复兴，作为其不倦追求的目标之一。