1916年夏天，太虚又写成《首楞严经摄论》，成为其在闭关时期写成的专论佛法的名作。该书以《楞严》的真如缘起论统摄大乘思想，抓住了中国佛学的纲要，以此融贯中国佛教各宗派的教义。太虚曾据此多次向各界讲经弘法。然而作为佛门弟子，理应宣教弘法，对于各类毁佛言论，亦应奋起申辩。因此，太虚虽在头号，也作了大量文字同各种诋毁佛教的言论进行争辩。早在太虚初入佛门时，便因览《弘明集》等护教文献而植下护持佛教之慧根。1913年，北京召开第一届国会，太虚曾有《上参众两院请愿书》，要求政府根据信仰自由的条文，实行政教分离。此文针对康有为提出把儒教定为国教而发，因为一旦把某一宗教定为国教，其他宗教必受政治压迫。清末张之洞提出没收庙产兴儒学就是前车之鉴。文中还提出，凡佛教范围的财产、居宅、得完全由佛教统一机关（团体）公有，以兴办教育、慈善、弘法、等事业，政府应切实保护佛教徒的利益。太虚闭关期间也是常翻阅报刊杂志，一旦发现有非议佛教的论调，即不留情地予以批驳。时间一久，朋友们都知道太虚护教心切，喜作这类文字，因而每次看到报刊上有对佛教不利的文字，便转寄给太虚。曾有一位广东友人，在香港某日报上看到“一神教”徒写的文章，抨击佛教并驳斥太虚在《佛教月报》上发表的《无神论》一文，便将报纸寄给太虚，太虚便专作《破神执论》反驳。还有一次，有友人将《新闻报》上一篇底毁僧人的文章拿给太虚看，太虚当即引来伸笔，草成六七千字的反驳文章，以至一旁誊抄的人来都来不及，后太虚就将此文投往《新闻报》，竟也登了出来。那一阵子，太虚时常一口气写作数千字甚至万余字的辩论文，有时身染小恙，却因写作时太过投入，将满腔护教热诚抒发出来，情绪得到渲泄，身体的不适居然也消除了。太虚在此类文字中，不仅对近人言论，而且上及胡玫堂等史论，韩愈、欧阳修等古文，宋明理学等，凡有涉及毁损佛、法、僧的，无不据理严斥，并曾把这些文字编成《续弘明集》等，可惜未能留存。
　　太虚于是1914年10月入普陀山闭关，原计划是三年时间，也就是到1917年秋季出关。然而，这年（1917年）的2月4日，适值立春，太虚早晨一觉醒来，突然动了念头要出关，于是让人去请了余法师前来开关。而了余自接任普陀前寺方丈以来，寺务繁忙，尤其是诸多文稿要请太虚拱写，因而早就希望太虚能早点出关好帮他的忙。现在听说太虚果真要出关，自是十分高兴地前去为太虚举行开关仪式。太虚当即坐了藤轿，在前、后寺、佛顶山等处转了一圈，并且遍访山中诸友。太虚闭关近三年，原来的充实学养，反思缺失，重拟改革构想等打算已基本完成。如今功德圆满，心中那种轻松、喜悦的感觉，自是难以言表，正所谓：山后山前霎时遍，春风浩荡白云间。”
　　经过近三年与世隔绝的闭关生活的太虚，如今功成出关，收获不小。他专门剃了发，但保留了唇上的胡须，并摄影以作留念。从此，剃发留须便成为他独特的外形特征。（附照）当然，三年闭关给太虚带来的不仅是外貌的改变，更多的是精神气质的不同往昔。如今的太虚，虽然尚未届而立之年，按传统的说法，依然是青春年少。然而近三年的闭关苦修，使太虚的意志得到了非同寻常的磨炼，他的壑智的目光中所折射出的那份从容与平和，表明他已完全改变了以往的那种偏激与狂放，更多的是一种宁静和安详中流露出的稳健和坚忍。应该说，此时的太虚已初步具备指导中国宗教改革所需要的领袖气质

　 新的改革设想已形成，但付诸实践绝不能再鲁莽，借鉴国外宗教改革的经验教训十分必要。特别是杨文会介绍过，日本佛教与中国佛教颇相似。因此，太虚出关后很快抓住了机会，东渡考察。

　　由于数年闭关，太虚与外界友人绝少直接联系。因此出关后，虽然了余请他在寺中任职，但他游兴既动，还是谢绝了余的约请。在普陀山呆了十多天后，随即前往各处寻师访友。
　　太虚先到宁波拜访师祖奘年。奘年因年事已高，几年前已将观音寺交与释妙的住持，然而妙和不久去世，接任的释如惠与妙和的徒弟矛盾甚深，为此还打起了官司。太虚到观音寺后，为了调停他们的争端，不得不逗留了几个月。
　　不久太虚又往观宗寺寻访谛闲法师，不想竟在此邂逅老友仁山，交谈中得知由居士叶誉虎等人出资，已在观宗寺筹设观宗学舍，准备招收青年学僧，来此研习，而仁山已应约前来担任观宗寺辅讲。他告诉太虚，在观宗寺谛闲门下研修的青年僧人中不乏英才，并特意向太虚介绍、推荐了常惺。常惺以后也成为太虚的莫逆之交。
　　太虚又到宁波天童、育王寺寻访了净心、宗亮等人。随后到了上海，拜望了王一亭居士。在普陀闭关期间，王一亭曾趁进香之便，去拜访过太虚，他们在重建近代佛教居士团体方面有一致看法。太虚此番出关后去回拜，王一亭不禁喜出望外，两由此结下深厚友谊。夏天，太虚到慈溪普济寺拜访玉皇。不久，两人一同去奘年住持的宝严寺度夏。到了秋天，太虚和宁波刘骧逵道尹（相当于市长）、汪旭初秘书、王志澄知事等一起去宁波接待寺寻访圆瑛法师，并游览了梁山伯庙。
　　正在此时，圆瑛找到太虚，邀他前往台湾弘法。原来台湾基隆月眉山灵泉寺住持善慧打算举行法会，特请圆瑛前往台湾宣讲法，并已托圆瑛代请歧昌法师前往主持法事。然而临近行期，圆瑛因主持宁波拦待寺及福建会馆，事务繁忙，无法分身。因而转请太虚代他前往台湾。而在此以前，曾有台湾观音山凌云寺释觉净专程到洛伽禅室拜访太虚，激其前往台湾弘法。然那时太虚因忙于搞佛教改革，未曾应允。如今圆瑛约其赴台，太虚一听，有些踌躇。圆瑛便劝说道，自古成大事者，于者性、师法、游历诸项缺一不可，其中尤为游历为要。因游历所至，不只博识川陆都野、方土名物，更能练达人性世故，广知异风殊俗，从而对发展才性作用更甚，而师法亦取乎其中。因而劝太虚有机会不妨走出江浙一出，在游历中博采众长，磨练秉性。太虚闻言，深感有理，然而似乎对日本更感兴趣。太虚曾听杨文会讲过，自己也曾多次打听到，东邻日本民风廉察强悍，而其中得力于我佛金刚般若之旨甚多。而自己今生既已服膺佛学，况新加改进的佛教改革设想在付诸实践之前，也需要参考国外宗教改革经验教训。因此常怀赴日考察日本佛教近代化之想，只是困于时局变乱，一直未能如愿。因此太虚对圆瑛提出，要他与台湾方面联系，如果台湾事毕，善慧能陪自己同游日本，便答应前去。不久，台湾善慧来函，恳请太虚赴台，并将陪其游历台、日各处。于是，太虚决定前往台湾。