中观学派宣扬人空、法空，强调排除执著，以把握实相（性空）。就此有人会追问：人在未证得空以前所面对的世界是如何产生的？人们日常的和修持的意识活动为什么也是空的？既然一切法空，为什么人们又会执为实有？此被执为实有的假名世界如何可能？这其中有的问题也引起了瑜伽行派学者的关注。《成唯识论》卷三云：“有执大乘遣相空理为究竟者，依似比量拨无此识及一切法，彼特违害前所引经，智断证修，染净因果，皆执非实，成大邪见。外道毁谤染净因果，亦不谓全无，但执非实故。若一切法皆非实有，菩萨不应为舍生死精勤修集菩提资粮。谁有智者为除幻敌，求石女儿用为军旅？”（注：《大正藏》，卷31,16页上。）“比量”，推理。这段话是说，如果像中观学派那样把主体“识”和一切事物都认为空无所有，那么佛教的染净因果，修行证道，就没意义了。这也就等于征用石女（不会生儿女的女人）的儿子去破幻想中的敌人一样，必然会落空的。瑜伽行派认为，一味从“空”上着眼，不免会陷于沉空滞寂的偏执。为此，该派针对龙树最早提出的“假名”这一范畴，强调指出，概念不是假的，概念是实在的，概念体现了主体意识的了别认识作用；一切法就是意识的了别表白的状态。由此，瑜伽行派继承、改造和发展了中观学派的思想，转变视角，开辟新思路，突出主体“识”在观察宇宙人生、修证解脱中的枢纽作用，把对“空”的认知体悟转向自心的修持体证，提出“唯识无境”和“三性”的观念，以“三性”说阐发唯识空观，为解释假名世界的现象论建立起一个新的理论架构，从而又把佛教“空”义推向了一个新的阶段。

　　瑜伽行派代表人物无著、世亲的视野，不限于人生现象，也不限于一般认识领域，而是扩展到对整个宇宙的观察，并从认识的构成、缘由、作用等方面来说明认识和宇宙现象的关系，也就是把宇宙现象视为是主体“识”的缘起方式的存在形态。“识”，认识主体的心识活动，瑜伽行派侧重于把它看做是与执著俱起的认识作用。此派还在眼、耳、鼻、舌、身、意六识之外，更立第七末那识、第八阿赖耶识，其中尤为重视“阿赖耶识”（根本的识，即潜意识，下意识），并且提出了极为重要的“唯识”理念，以说明宇宙现象的本质。“唯”，不离、仅有、属于的意思。唯识，是只有表象的意思，也就是说，宇宙的现象，世界的一切，都不外是由心识所映现出来的表象而已。换句话说，一切现象都离不开识，其终极性质归属于识，即以识为性（本质），是为唯识。唯识说的核心思想是：一切现象都是唯识所变，都由识所定。

　　瑜伽行派所讲的唯识所变，其实质是在阐扬阿赖耶识含藏名言的功能作用，也就是说，不同现象之间的区别，是由于认识上的原因，即名言（语言、概念）功能的自性不同的结果。而修行者为了理解、体认诸多现象的真实意义（实相），就要看表象形成的不同的具体情况，要看表象是否同本性符合以及本性价值意义如何，等等，这样错综复杂的内容，用真俗二谛标准就难以说明。由此，瑜伽行派就组织结构“三性”说，也就是基于诸法不同自性缘起的原理，通过依名言区分而立的三性分疏，以求对诸法实相的理解。在瑜伽行派看来，了解三性说是理解诸法实相的关键，认识三性，也就能真正认识诸法实相。

　　“三性”是遍计所执性、依他起性和圆成实性，实际上是把存在的一切现象分为三种形态或层次。据《成唯识论》卷八载，三性的具体含义是：

　　“周遍计度，故名遍计。……谓能遍计虚妄分别，即由彼彼虚妄分别，遍计种种所遍计物，谓所妄执蕴处界等若法若我自性差别，此所妄执自性差别，总名遍计所执自性。”（注：《大正藏》，卷31,45页下。）“计度”，以意识的作用，思量、分别、执取种种事物。“遍计所执自性”，就是指以名言来表示种种因缘和合而生起的本无实体的存在，并执著为实有。而实际上，这是把无实体的执著为有实体的，这样所得的认识是不实在的、错误的。

　　“众缘所生心、心所体及相见分，有漏无漏，皆依他起；依他众缘而得起故。”（注：《大正藏》，卷31,46页中。）这是说，遍计所执性也并非空穴来风，凭空而生，而是有所依恃的，即依各种因缘而起。一切因缘和合而起的精神现象和物质现象都是依赖他缘而生起，是为依他起性。

　　“二空所显圆满成就诸法实性名圆成实。……于彼依他起上常远离前遍计所执，二空所显真如为性。”（注：《大正藏》，卷31,46页中。）“二空”，人空，法空。圆成实性是指，于依他起的因缘所生法上，远离遍计所执，不执为有实体的存在，人空和法空就显现出真如空性。这也就是说，虽然安立在依他起性上的遍计所执性是不实在的，但是只要去掉遍计所执性就能得到诸法的真实性（实相空性），这样的认识是最完备圆满，也是最真实的。

　　瑜伽行派认为一切存在的自性有三，三性是密切相联系着的，其间依他起性又是遍计所执性与圆成实性的联系枢纽。遍计所执是染性，圆成实是净性，依他起本身是中性，非染非净，又可以是染或是净。若与遍计执结合，是不真实的认识，是染性。若与圆成实相结合，则是真实的认识，是净性。三性是染性、中性、净性，瑜伽行派强调佛教的修持是由染转净，由此，从实践意义上说，三性也可以归结为染净二性。

　　瑜伽行派的三性说发展了中观学派的中道观。把“有”与“无”（“空”）的概念与三性联系起来看，遍计所执性是出于周遍计度的主观执著，是无体相的，也即无有，非有。依他起性既是遍计所执性生起的依据，又是遍计所执性安立的所在。从这个角度来看，依他起性是有，又不是实有，而是“假有”。至于圆成实性，显现真如空性，契合诸法实相，则是“实有”，也可说是“真空妙有”。瑜伽行派认为，遍计所执性是无（空），依他起性和圆成实性都是有，但前者是假有，后者是实有。三性说既对“有”与“无”的界限做了区分，又对“有”的“假”、“实”做了区分，瑜伽行派认为这是全面的无偏见的认识和观法，也称为“中道观”。瑜伽行派的中道观把三性统一起来认识，认为由无（空）到假有再到实有，是众生达到真理性认识的惟一的必由之路。为了说明这个道理，《摄大乘论本》卷中《入所知相分》载有一个比喻（注：参见《大正藏》，卷31,143页上；又见陈那《掌中论》，参见《大正藏》，卷31,884页中～885页上。），说有人夜间见到一条绳子，误认为是蛇；随后知道那不是蛇而是绳；再仔细看，那绳是条麻做的，实际上是麻。把绳误认为蛇，实际上是绳，故是“无”（“空”），是遍计所执性；绳由因缘生起，是依他起而有，是“假有”；知道绳由麻做成，实是麻，这是圆成实，是“实有”。在瑜伽行派看来，三性说指明了一条由错误认识到相对正确认识再到绝对正确认识的路径，一条由世俗认识转变为佛教智慧的道路，一条由烦恼痛苦通往清净解脱的道路。