关于禅儒的关系问题，赖永海教授言：
「禅宗不但中国化色彩浓，而且本身就是一种中国化的佛教。它受儒家心性学说的影响亦最深、最烈。禅宗祖师提倡『即心即佛』、『明心见性』，其所说的『心』就接近于儒家所说的作为道德主体的『人心』，而与传统佛教所说的作为抽象本体的『真心』不尽相同。其所说的『性』，也带有浓厚的人伦道德的色彩，是有情众生之人性，而不同于传统佛教所说的作为一切诸法抽象本体的『真如佛性』。实际上，祖师禅的强调心性及其对心性内涵的改变，即把原来作为抽象本体的心性人心化人性化，已经在相当程度上决定了其佛性学说和修行理论只能主张『众生有性』和注重『道由心悟』。到了唐末五代之后，这种情况开始有所变化。由于儒家的复兴，特别到了宋代，由于新儒学的出现，隋唐佛教从儒家那里吸收来的思想，又被新儒学摄取去，佛教的地盘大大地缩小，新儒学则上升为显学。而就心性理论说，它原就是儒家的道传，此时之佛教如果继续在心性问题上与儒家纠缠，就很难显出自家之特色，因此，宋元之后的禅宗，在思维方式上便掉头一转，向道家靠拢，由注重人心一变而崇尚『自然』，倡『性自天然』、『不加造作』。」[注15]
又言：
「从理论思维的角度说，佛儒在修行方法上的差异，是由二者思维模式的不同造成的，而随着佛儒二家在思维模式、思想内容等方面的相互浸透、相互吸收，隋唐之后的儒学逐渐朝着本体论的思维模式方向发展，而隋唐以降的佛教也大量吸收了儒家人性、心性论的思想内容，这就导致了儒佛在修行方法上的相互靠拢，佛教的反本归极，逐渐变成禅宗的『明心见性』，而儒家的『修心养性』也逐渐发展为『复性』、『明诚』。[注16]
　　我们以为这样的理解眼光是有些不恰当的。这就是我们所说的「以概念范畴研究哲学观念」的研究方法之论理性的不足之处，这样的儒佛交涉的研究观点是被心性概念的同时使用所迷惑的结果，任何哲学体系都必须在文化氛围中发言，因此不能摆脱文化氛围中的字词概念之使用，但是字词概念之使用是一回事，字词概念本身在观念世界中的脉络意义是另一回事，儒佛皆使用心性概念表述理论、儒佛皆发展了今人所谓的心性说哲学，这都只是中国文化氛围内的事，这样的接近实与各个体系内部的特殊型态无涉，我们如果从基本哲学问题意识的进路来看待哲学范畴的使用时，便能发现特定的字词使用背后反映着特定的基本哲学问题意识的基调在，心性概念即反映出人存有者的功夫活动的哲学问题意识在，儒佛皆论心性是因为儒佛皆有功夫活动，但是儒佛又各有其形上学世界观，形上学世界观和功夫活动在理论世界中是紧密地绾合的同体型态，强调了心性概念只是强调了本体论进路的功夫哲学，只是显现了理论建构的一个特定哲学问题的共同关切，也就是说大家都有了共同的哲学问题必须去建构，以强化其理论体系内的基本哲学问题架构的完整性，也就是说从其形上学世界观的观念内涵中势必要发展出功夫理论也势必要强调本体论进路的功夫哲学，于是儒佛皆发展了心性范畴的哲学建构，这绝不表示儒佛皆主张了心性说，因为心性说是个有歧义的概念，严格说来，心性说不是一说，从基本哲学研究法的角度看来，心性说只是心性进路的功夫哲学，甚至是心性范畴的本体论哲学，这是一个题目，不是一个主张，当然我们可以建立一个理论上争辨的课题，亦即心性功夫优位的主张，但这已经是另外一个层次的理论问题了，心性功夫优位的哲学主张在一定的脉络下事实上儒释道亦皆可以有此主张，如此一来是不是儒释道又即同一了呢？是不是儒释道即三教合一了呢？仍然不是的。论中说到佛教哲学因为心性说是儒门本来的哲理且已被丰富地建构，因此必须转向道家的自然范畴，这更是一个理论的错置，佛教哲理建构也可以强调自然，但这个自然之本然的情状仍然要回到佛教哲学本体论建构自身之内来，是佛法般若本体的自然自性自在之自然，而不是道家之自然，道家之自然蕴含着道家的世界观，佛教的自然蕴含着佛教的形上学，这又是一个「概念范畴研究进路」之理论性不足的工作结果。这样的工作方式亦见于诠解三教异同的问题上，洪修平和吴永和教授亦言：
「明末清初的元贤禅师提出的「理外无教教必归理」可说是反应了禅玄入理和佛道归儒的基本现实。……这种诸教归理的思想，显然深受宋明理学的影响，他从一个侧面反映了宋明理学成为封建正统思想后，佛教禅学等各种思想学说对宋明理学的迎合。」[注17]
　　这也是我们反对的观点。永觉元贤禅师的原文如后：
「问：先觉多言三教一理，是不？曰教既分三，强同之者妄也；理实唯强异之者迷也。故就其异者而言之，则非独三教不同，即同一佛教，而大小不同，即同一大乘，而权实不同。盖机既万殊，故教非一端。若就其同者而言之，则非独三教是一，即一切魔外，以及资生业等，皆顺正法。盖理外无教，故教必归理，如此方儒教，乃是此中众生，形生神发，日趋于欲，不约而防之，何所底止！故圣人因时势，察人情，为之说仁义，立纪纲，化之以礼乐，束之以刑罚，使不乱也。即使佛处震旦国，说经世法，又岂过于周公、孔子哉！然众生既束于儒典，执著名相，则名相之区，翻为桎梏之地，岂儒家圣人之意哉？由是老庄出，而说虚无自然之道，使闻者闲旷超越，不为物累，庶几为人道之方便。至于我佛所说，则超人越天之实法，而穷理尽性之实学也。
「昔夫子所谓予欲无言，而端木氏所谓闻于文章之外者，又岂有异于是哉！是知理一，而教不得不分，教分而理未尝不一。彼执异执同者，皆戏论也。」[注18]
　　永觉元贤禅师说从教言三家不同，从理言理实唯一，但这个理却决不是宋明儒的理，不是仁义礼智的理，而是般若波罗蜜多之理。永觉元贤禅师固然说道「理实唯一」，然其所谓一者是在一个佛教哲学的世界观本体论的架构内的一，三教之一是一于佛教而不是三教皆使用了理概念范畴即三教之理的内涵即已为一，且禅师认为儒道两家的义理是更有深蕴，至于这个深蕴是什么呢，那自然是我佛所说的超人越天穷理尽性的实法实学，可见禅师家亦不自认为此儒道之学即已全福彰显真理底蕴，唯其真理底蕴之深透之后必然不悖佛法而已，然而就是这样的论断在儒道两家的立场而言亦恐未必即能同意，因此儒释道教的同异问题之辨，不能仅只是在概念范畴的同异之间了事，而必须进入基本哲学问题的全面体系内来追究才能解明，亦即必须整体地将宇宙论与本体论的哲学主张全体涉入才有同异之明辨。