在密教的曼荼罗中，观音作阿弥陀佛的胁侍，被看作与阿弥陀佛为因果之异，即寻其本觉即为无量寿佛，但由本誓而示现大悲菩萨形。同时，在密教的曼荼罗中，又将观音安立于胎藏界曼荼罗、中台八叶院、观音院、遍知院、释迦院、文殊院、虚空藏院、苏悉地院诸院，成为密教体系中非常重要的一位神灵。不过，从总体上来看，在密教的曼荼罗当中，观音处于完整的佛菩萨体系之内，被赋予相应的特性，从属于总体的结构。例如，在《不空罥索神变真言经》卷九《广大解脱曼拏罗品》所述方界坛场的内院，就有不空罥索观世音菩萨、白衣观世音母菩萨、多罗菩萨、观自在菩萨、大梵天相观世音菩萨；次院则有马头观世音菩萨、千手千眼观世音菩萨、如意轮观世音菩萨、青颈观世音菩萨、十一面观世音菩萨等[7]。《补陀罗海会》所述第一息灾发中有不空罥索观音、毗俱胝观音、十一面观音、马头观音、忿怒钩观音、如意轮观音、不空观音、一髻罗叉观音；第二院增益延命法、第三院增益降伏法、第四院敬爱增益法中也均有各种各样的化身观音[8]。

各类密教观音均有其独特的神咒和印契，于是观音成为密教宣扬其教义理论与修道方法的重要凭借。作为密教重要特征的“三密相应”在密教化的观音信仰中也表现得淋漓尽致。身密表现为各种特殊的不同的观音形象，特别是不同的身姿、不同的手印、不同的相貌，于是在密教中形成了大量不同特性、不同形象、不同法门的观音。如《千光眼观自在菩萨秘密法经》中列举出二十五观自在：代苦观自在、与智观自在、施满观自在、除戟观自在、除愚观自在、进道观自在、观正观自在、施无畏观自在、施光观自在、与甘露观自在、见天观自在、施妙观自在、见乐观自在、降魔观自在、静虑观自在、作文观自在、见禅观自在、愍定观自在、调直观自在、空惠观自在、护圣观自在、清净观自在、正法观自在、离欲观自在、不动观自在。[9]该经又特别提出摩尼、持索、宝钵、宝剑、金刚、持杵、除怖、日精、月精、宝弓、药王、拂难、持瓶、镇难、持环等四十种观音，并对每一种观音的名称、咒语、形象、所对治的苦难等作了详细的说明。如：“若人欲疗腹中病者，可修宝钵法，当画宝钵观自在菩萨像。其像相好庄严如先说，但二手当齐上持宝钵。即成已，其印相理智入定印，真言曰：……若欲降伏魍魉鬼神者，应修宝剑法。其宝剑观自在像，庄严相好如上无异，唯右手执剑令竖，左手当腰上以大指押地水甲，火风并竖，其印向身安之。画像已，印相右手大指押地水甲，火风并竖即成，左转三匝。真言曰……”[10]

密教系统中最著名的观音还是千手千眼观音、马头观音、十一面观音、准胝观音、如意输观音、不空罥索观音等。这些不同的观音均有自己的陀罗尼神咒和独特的形象以及特殊的手印，每种不同的神咒和不同的手印都侧重解决不同的问题，最终则是要即身成佛，实现最高的解脱。在这六种观音中，最流行的要算千手千眼观音及其神咒《大悲咒》。

“千手观音”全称“千手千眼观音”或“千手千眼观自在”（梵Avalokitesvara -sahasrabhuja-locana ）。也称“千眼千臂观音”、“千手圣观自在”（梵Sahasra -bhuja^rya^valokites/vara ）、“千臂观音”、“千光观自在”、“千眼千首千足千舌千臂观自在”等。此观音信仰出自《千手千眼观世音菩萨广大圆满无碍大悲心陀罗尼经》：“观世音菩萨重白佛言：‘世尊，我念过去无量亿劫，有佛出世，名曰千光王静住如来。彼佛世尊怜念我故，及为一切诸众生故，说此广大圆满无碍大悲心陀罗尼。以金色手摩我顶上，作如是言：善男子，汝当持此心咒，普为未来恶世一切众生作大利乐。我于是时始住初地，一闻此咒故超第八地。我时心欢喜故，即发誓言：若我当来堪能利益安乐一切众生者，令我即时身生千手千眼具足。发是愿已，应时身上千手千眼悉皆具足。十方大地六种震动，十方千佛悉放光明照触我身，及照十方无边世界。”[11]《千光眼观自在菩萨秘密法经》中也说：“是观自在菩萨昔于千光王静住如来所，亲受大悲心陀罗尼已，超第八地，心得欢喜，发大誓愿，应时具足千手千眼。”[12]《千光眼观自在菩萨秘密法经》中则说：“大悲观自在，具足百千手，其眼亦复然，作世间父母，能施众生愿。”[13]千手千眼观音是莲华部（或称观音部，为密教金刚界五部之一，或胎藏界三部之一）果德之尊，故称“莲华王”。莲华部皆以大悲为本誓，但以此观音为莲华王，故特以“大悲金刚”为密号。

关于千手千眼观音的形象，诸经所载不一。有身作檀金色，一面千臂者[14]；有身作黄金色，半跏坐于赤莲花上，十一面四十手，前三面呈菩萨相，本面有三眼，右三面白牙向上，左三面为忿怒相，后一面暴笑，顶上一面现如来相者[15]；有身作金色，千臂千眼五百面者[16]；有作千眼、千头、千足、千舌、千臂之相[17]。千手中，有四十手（或四十二手）各持器杖，或作印相，其余各手不持器杖。于密教现图胎藏界曼荼罗为二十七面千臂，跏坐于宝莲花上，千手中有四十（或四十二）臂持器杖。又依千光眼观自在菩萨秘密法经，千手系表以四十手各济度二十五有，故千臂非必具足，但有四十手即可，乃表观音菩萨广大慈悲之化用，故多以千臂称之；且各面各手所代表之功德成就法及印言，亦随各尊本誓之不同而异[18]。其千眼系于千手之掌中各有一眼。然若为四十手者，则仅有四十眼。据《大悲心陀罗尼经》载，四十手所持之物或所呈之手相各为：施无畏、日精摩尼、月精摩尼、宝弓、宝箭、军持（瓶）、杨柳枝、白拂、宝瓶、傍牌、钺斧、髑髅宝杖、数珠、宝剑、金刚杵、俱尸铁钩、锡杖、白莲花、青莲花、紫莲花、红莲花、宝镜、宝印、顶上化佛、合掌、宝箧、五色云、宝戟、宝螺、如意宝珠、罥索、宝钵、玉环、宝铎、跋折罗、化佛、化宫殿、宝经、不退转金轮、蒲桃，另有加上甘露手而合为四十一手者。各手之功德成就法及印言等，一一具载于经轨中[19]。