大师早年的作品《三教指归》(原本称《聋指归》)是大师向同胞阐释刚从中国传入不久的儒释道三教思想精髓的典范之作，最后作者假托“假名乞儿”抑儒抑道，力陈佛教教义，为书中的“蛭牙公子”指点迷津，达其佛归。指出唯有示解脱涅槃之道的佛教最为优胜，而其中大乘佛法最可崇奉。《三教指归》为四六骈体汉文，结构清晰，笔调畅达，书中引用大量的典藉，明显借用者即不下几十种，举凡《论语》、《老子》、《庄子》、《列子》、《文选》等典藉，《养生论》、《抱朴子》、《神异经》、《游仙窟》、《博弈论》、《好色赋》等奇书怪赋、杂说小论，无所不引，可知大师的佛学、汉学知识异常丰富。且书中以道教评儒学，以佛教论老庄，通篇极其思辨力，因此一直被哲学家视为日本思想史上的开山之作。
　　 日本天平胜保三年(751)，出现了现存的首部汉诗集《怀风藻》，为六十四人的一百二十首诗作，大多为五言诗，仅在四十几年后出现的《三教指归》则是弘法大师个人创作的成果，其中或诗或赋，缓急相间，亢沉有致，洋洋数万言，浑然一体，丝毫看不出任何破绽。其老到的用心，透彻的说理，都使人难以相信该书出自一个远在东方孤岛的弱冠之手。因此，不论从哲学角度还是文学角度分析考察，《三教指归》都是一部不朽之作，由此可见大师在传播中国文化方面所作的工作，一开始就是高起点的。
　　 大师回国后，即着手创立真言宗。先后著《秘密曼荼教付法传》二卷、《即身成佛义》一卷、《秘藏宝钥》三卷、《十住心论》十卷、《辩显密二教论》二卷、《声字实相义》、《字义》，以及《大日经开题》、《金刚顶经开题》、《仁王经开题》、《心经开题》、《法华经开题》等。其中理论方面最重要的是《即身成佛义》和《十住心论》，前者作于弘仁一年(810)，距入唐求法仅六年，为真言宗开宗的旗帜；后者则为晚年的总结性作品，二书一前一后，集中反映了大师的思想，为其所建立的真言宗教义体系的标志。
　　 大师的密教理论，除判教论之外，都集中于《即身成佛义》一文中。而此文可以用两首偈颂来概括：“六大无碍常瑜伽，四种曼荼各不离，三密加持速疾显，重重帝网名即身。法然具足萨般若，心数心王过刹尘。各具五智五际智，圆镜力故实觉智。”此二颂八句是说即身成佛四字。前颂说即身二字，后颂说成佛二字。初颂四句依次表体、相、用、无碍，后颂依次表法佛成佛、无数、轮圆、所由。《即身成佛义》通篇发挥此二颂，而重点在前一颂，据此，后世将真言宗教义概括为六大体大、四曼相大、三密用大。尤其六大缘起一说为大师首唱，广大精微，其实圆满，是佛理的最高阶段。
　　 当时日本佛教各宗皆有名德，大师判教特崇真言宗于诸宗之上，诸宗高僧不服，于大同四年(809)在嵯峨天皇殿前论辩。大师入宫论说《即身成佛义》，天皇敕命证实其言，据说大师于众人面前现大日如来身相，于是天皇率群臣顶礼，诸宗皆服。
　　 大师的判教论，分横判、竖判两种，以《显密二教论》横判显密，以《十住心论》竖判十种住心。《显密二教论》从以下五个方面判显密的不同：第一，说法者不同。显教的说法者为他受用报身和应化身；密教的说法者为自受用报身。第二，可说不可说之不同。显教以如来果德不可说，而密教仍能究竟说之。第三，所说之法不同。显教只说他受用言断性灭之境，而密教则说自受用内证智境界。第四，说法对象及方式不同。显教是对浅机而作的随他意说，密教则是对大机而作的随自意说。第五，成佛迟速不同。显教三大阿僧祗劫成佛，密教则即身成佛。故大师的结论为：显教浅略，密教优胜。
　　 《十住心论》集佛教各派，儒、道、古印度哲学于一书，详细论述了生命境界由低层次向高层次发展的各个阶段，大师据《大日经》归纳的十住心为：一异生羝羊心，二愚童持斋心，三婴童无畏心，四唯蕴无我心，五拔业因种心，六他缘大乘心，七觉心不生心，八一道无为心，九极无自性心，十秘密庄严心。其中前三心为世间心，后七心属出世间心。以此十心竖判诸教，则第一心为一向行恶乘，第二心为人乘，第三心为天乘，第四心为声闻乘，第五心为缘觉乘，此五住心总为小乘。第六心为法相宗，第七心为三论宗，第八心为天台宗，第九心为华严宗，此四住心总为大乘。第十心为真言宗，属佛乘。出世间的大、小乘与世间的天、人、恶行乘，共为显教，真言佛乘为密教。
　　 十住心，原为《大日经·住心品》中所说的心相，以说明菩提心自发心至自证的一般过程。而大师以十住心纳入判教的范畴，且以此对日本当时各宗各派进行教相上的判释，可谓独树一帜。《十住心论》是大师晚年的总结之作，后与日本曹洞宗初祖道元(1200—1253)的《正眼法藏》并称为日本思想史上的“双璧”。
　　 大师留学大唐时曾得惠果阿阇黎亲教梵文，又从学昙贞、梵僧般若三藏，成为日本第一个精通梵文的学者。归国后著《梵字悉昙字释》，为梵文在日本的传播创造了条件。天长七年(830)，大师从梁顾野王的《玉篇》中，选出约一千字，分别以隶书编排字目，上冠篆体，下注反切与释义，著《篆隶万象名义》三十卷，成为日本最早的汉字辞书。又著《声字实相义》一卷，从密教角度探究语言、文字的实质，成为日本第一部极富哲理的语言哲学著作。有许多学者认为，日文平假名是大师据汉字草书而创造，“平者全也，其字全假汉字之草书为之，如伊吕波是也。”古日本歌谣伊吕波歌“色香终须散，我世谁能常?今当度越有为之奥山，休作短歌亦休醉。”相传为弘法大师据《涅槃经》“诸行天常，是生灭法，生灭灭已，寂灭为乐”，以清音五十音填写，至今仍是日本人自启蒙时期就咏唱的歌谣。总之，大师对早期发展阶段的日本文字发生了重大影响。
　　 大师也是一位才华横溢的文学家。大师赋诗作文，从不打草稿，随口吟哦，一遍即成，又随作随弃。幸由弟子真济随时收集，编成《遍照金刚性灵集》十卷行世，收入自公元804年至834年间的诗赋、上表、书简、碑铭、表启、愿文等，计一百一十三篇，内容涉及日本平安初期的政治、经济、社会、文化、宗教等许多方面，大师在唐期间所撰的《惠果和尚之碑》、《为大使与福州观察使书》、《为藤大使与渤海王子书》等共八篇亦见于《性灵集》。这些文章对于研究日本古代与大唐、朝鲜等的文化交流均有重要价值。在日本文学史上，《性灵集》一直被视为汉诗文中的珍品，至今有大量版本或抄本、注疏行世。现藏于高野山三宝院的抄本《性灵集私记》，亦称大师之作，“格律高，骨体备，超绝凡庸，无性灵异。”