1914年10月,太虚谢绝俗缘,于普陀山闭关自修,此次闭关长达三年。1915年,太虚经过深思熟虑,作《整理僧伽制度论》为其整理僧伽制度的蓝本,试图“对出家僧伽的集团生活,加以严密的修整,使其适应时势所宜,成为合理化的现代组织;建立真正住持佛教的僧团”[8]。1917年,太虚出关后,借赴台湾弘法之机,顺便前往日本考察了日本佛教,并专门考察了日本的佛教教育,准备回国后作为办佛学院的参考。从日本回国后,太虚在普陀山宣讲佛学。随后,黄葆苍、蒋作宾、陈元白等随太虚到上海联合王一亭、章太炎等创办“觉社”。觉社刊刻了太虚的有关著作,并编发《觉社》季刊,作文字的宣传。太虚的佛教改革运动,也从此复活起来,太虚的《整理僧伽制度论》首先在《觉社》季刊上发表。随后几年时间里,太虚在武汉、北平、上海、广州等地讲经讲佛学。在各处讲经弘法的同时,太虚也积极实践他的佛教改革运动。
1921年,太虚接管杭州有名的古刹净慈寺,准备以此为他改革僧制的根据地,结果因寺内关系复杂、寺院内外旧势力勾结掀动的风波而宣告失败。1922年,太虚到武汉讲经,跟李隐尘、陈元白等详细谈了自己打算办佛学院、培育僧才的想法,获得他们的响应,遂邀武汉政商各界集议其事。在各界人士的共同努力下,准备筹建“武昌佛学院”,并聘请太虚为武昌佛学院院长,推李隐尘任院护,聘请太虚的一些故交、弟子大多来院中任职。1922年9月1日,武昌佛学院正式开学。武昌佛学院僧俗皆收,目的“在造就师范人才,出家者实行整理僧制工作,在家者组织正信会,推动佛教于广大人间”[9]。1924年,太虚提出改革武昌佛学院的办法,即:酌留优材生为研究部;续招新生,以比丘为限,目的在于建僧,并注重律仪,施以严格生活管理,模仿丛林制度,以树整理僧制之基[10]。这些提议在董事会没有通过。1924年9月,太虚辞去院长一职,后经多方挽留,不得已再次受任武院院长。虽后来太虚每年总要去武汉两次处理院务和讲学,但是因为他的主张得不到董事会的支持,太虚对武院教学的热情不及以前,他试图把武昌佛学院作为其革兴佛教、培养现代僧伽的基地的构想再次遭挫折。1938年,武汉沦陷,武昌佛学院被迫停办。
1926年,太虚接管了成立不久的闽南佛学院,太虚初到闽院就集中精力办院务,并为师生讲《救僧运动》,对闽院寄予了很高的期望。随着北伐的成功,革命思想风靡全国,太虚觉察到昔日所作《整理僧伽制度论》已与当时环境不相适应,于是太虚又对其以往改革僧制方案作出修正,于1927年发表《僧制今论》。《僧制今论》意在建立适应时代的僧制。在组织建设方面,将全国22万僧众化分为五大区;在僧团内部,将原来僧众、信众划分更细,分僧众为长老众、学行众、服务众、尼众,将信众分为皈戒众、研究众、女众;在经济方面,主张建立自食其立的僧制生活[11]。9月,太虚又于闽院讲《救僧运动》,言救僧之道在于“真修实证以成果、舍身利众以成行、勤学明理以传教”[12]。1928年春,太虚因病回沪治疗,将闽院交由弟子大醒代理。此是太虚佛教改革运动的第二阶段。
1928年至1938年是太虚佛教改进运动的第三个时期,即太虚推行世界佛教运动及筹办世苑。1928年,太虚游历欧美诸国,讲学弘法,在法国巴黎准备筹建“世界佛学苑”,以图“昌明佛学、陶铸文化、增进人生之福慧、造成世界之安乐”[13],并发表宣言书及组织计划,在英、德、意各地设通讯处。计划在世界佛学苑名下分设藏、汉、梵、巴利文共四种语系的佛学研究,虽然最后并没完全实现,但成了创建汉藏教理院的远因。