1913年，英国威胁袁世凯政府参加英国一手策划的中英藏三方所谓“西藏问题”的西姆拉会议。在会上英人一手炮制了划分“内外藏”、侵害中国在西藏地方的主权、分裂我国领土的“西姆拉条约”，中国政府拒绝承认。而“西姆拉条约”中划定的边界却成了日后祸端不断的导火线，川藏边界一直呈紧张状态，两军对峙，大有一触即发之势。1917年秋，川边发生了类乌齐事件，驻守类乌齐的川军逮捕了两名越界割草的藏军，并按律惩办了这两名藏军。于是双方以兵戎相见，引起了流血冲突。藏军大举进攻，川军则因川局混乱，援助无人，接济又断，孤军作战，激战五个月，弹尽粮绝，昌都失守[21]。川军首领彭日升亦被俘，押去拉萨，囚死狱中。最后还是由英方出面调停，双方在绒坝岔反复协商，签定了停战协议，议定汉军退出甘孜、藏军退回德格[22]。此后，川藏一直纷争不断。1930年又因细故，酿成长达10年的“大白事件”。

2、沟通汉藏关系、融合汉藏感情的需要

在汉藏交恶、汉藏感情破裂的紧张气氛下，各级政府以及其他各界都在试图通过不同渠道缓解中央政府与西藏地方政府之间的紧张气氛，试图消除汉藏隔阂，恢复以前双方的正常关系。在西藏拥有强大势力的佛教，便首当其冲成为沟通的一个媒介。

民国政府先后派出李仲莲、朱绣、刘曼卿等使者赴藏沟通汉藏关系，并于1928年组建了管理蒙藏事务的蒙藏委员会。同时，民国政府开始重视蒙藏教育，1929年6月，******第三届中央执行委员会第二次全体会议《关于蒙藏之决议案》中对实施蒙藏族教育做出了如下决议：于首都设立蒙藏学校，由蒙藏各地选送优秀青年应试入学，并附设蒙藏研究班，指导促进关于蒙藏事情之专门研究[23]。

地方政府以刘湘为代表，积极响应中央号召，试图以佛教为突破口，融合汉藏感情，解决西藏问题。刘湘有鉴于内地佛法经典残缺不全，研究唯识因明者，难以融会；而内外蒙古各大寺喇嘛首领，皆需入藏接受完整的僧教育方为合格；内地比丘却无入藏学法的习惯，故通令该军驻区各县，每县寺庙合资派遣比丘入藏学经，其办法如下：由县府召集佛教团体及寺庙住持共同商议，分担学费，推选比丘，以留学西康为第一步……留康费用，每人年需川洋两百元，除年费外，所有供养熬茶、衣具、住户及经典等临时费用，由全县寺院分担……将来比丘留康学成，经其根本喇嘛允许介绍，足以前赴拉萨者，再由各寺庙议担其费用。并规定各县在三个月内，将派僧筹款情形，呈报核办，事在必行[24]。并认为如此，“汉藏情素，亦可赖以沟通”[25]。颁布此令时，正逢太虚大师弘法入川，太虚于是劝刘湘“与其派僧伽入藏仅学藏文，不若就川中设立汉藏学校，招收汉藏青年，对于汉藏等文兼学并习，沟通始易”[26]，正是在这种政教互利的情况下，汉藏教理院得以顺利建立。

对此，在汉藏教理院1936年呈报四川省政府的呈文中，对汉藏教理院的建院背景有过分析和阐述：

鉴于康藏地大物博，矿产尤富，英人垂涎，已非一日，侵略计划，无微不至，如因循坐视，势必被其攫取，则西陲藩篱撤而危及内地矣，后患何勘设想！亟应汉藏团结一致，使英人无隙可乘。第自清末革除达赖喇嘛封号后，汉藏感情，遂以破裂，加以英人勾煽挑拨，竟随时肇乱边境，二十余年来，迄无宁日，今欲化除隔阂，恢复旧好，联成一气，不为外人所利用，则非从沟通文化入手，绝难收效。[27]

1938年，太虚撰《世界佛学苑汉藏教理院记》，并立碑于缙云山，再次陈述了汉藏教理院得以成立的因缘：