“十年浩劫”期间，萨迦寺也遭到破坏，伤害了许多爱国人士的感情。寺院民主管理体制曾一度中断。
 
　　十一届三中全会以后，党的宗教信仰自由政策得以贯彻，萨迦寺重新开放和得到维修，民主管理日益健全。

　　如今萨迦寺有一个强有力的、团结合作的、密切联系群众的、热心和善于寺院管理的民主管理委员会。民管会以“遵循爱国爱教的原则，既能组织和领导在寺全体僧众坚定地拥护共产党的领导，维护社会主义制度，维护祖国统一，增强民族团结，坚持以法管寺，在宪法、法律和政策规定范围内开展正常的宗教活动，做好寺内的各项工作，又能够以教治教，贯彻执行宗教信仰自由政策，维护寺庙和在寺僧众的合法权益视做自己义不容辞的职责”。

　　萨迦寺民管会由八人组成，均由民主选举产生。其中名誉主任1人、主任1人、副主任3人、委员3人。名誉主任由德高望重的堪布担任，他是全寺行政工作和教务工作的总顾问，同时负责大型教务活动的主持工作；主任负责全寺内外的事务；三位副主任分别负责教务、文物、财物事宜；三位委员分别负责寺院治安、维修、接待等事务。民管会下设五个小组，分别是：教务小组、财政小组、文物小组、治安小组及维修小组。每个小组的主管由民管会中具体分管和领导担任，组长从每组成员中民主选举产生。每个小组的责任规定得十分明确。教务小组负责人的职责是，组织在寺僧众，进行正常的宗教活动，为继承、恢复、宏扬佛教教义仪规，加强年轻僧人在学习上的管理，按时安排诵经学经测试，对有关寺规执行情况进行监督，防止在学僧中有违规行为的出现。保证高低两部学经院的正常学经，配合好高部学经院“谢赤堪布”（bshad-khrid- mkhan- po，总讲经师）和低部学经院“洛本”（导师）的工作。管理两院的组织纪律，执行好由民管会颁布的《寺规管理条例》。

　　财政小组负责人的职责是，审核财政收支，签批日常小型开支，提出全年的收支预算，督促每天做帐及在每月5日报前一个月的明细帐单、年底公布收支情况等工作，防止发生违反财政制度行为。每支出超过500元以上，必须由民管会主任签批，大额支出须经民管会全会批准，执行好民管会颁布的《财务管理条例》。

　　文物小组负责人的职责是，对各殿堂所需购置的小型物品、小型维修、文物保护专用品等进行调查研究并上报民管会，布置和监督各殿堂的治安工作及殿堂管理人员间的交接工作，签批借用的宗教用品，监督各殿堂的开门及关门工作，负责文物登记造册。执行好民管会颁布的《文物管理条例》。要借用国家重要文物，经与民管会协商，按《文物法》规定的内容执行，不得擅自借用。

　　治安小组负责人的职责是，提出购置消防用具的计划及防火、防盗、防破坏的具体措施，坚持昼夜巡逻，加强对住寺人员的监督管理，执行好民管会颁布的《治安管理条例》。

　　维修小组负责人的职责是，经常检察寺院建筑，对需要维修的及时提出维修意见。布置和管理维修工作，监督维修经费的使用及维修材料的购置情况，维修完毕后将维修情况上报民管会。管理寺内寺外的房屋，安排僧舍。

　　萨迦寺民管会在集体领导、团结合作、分工清楚、责任明确的民主管理体制下，领导爱国爱教僧人，依法治寺，积极学习政治和经济管理并开展宗教活动，取得了一定的成绩，为藏传佛教与社会主义相适应，做出了十分有益的贡献。

　　萨迦寺民管会为了培养在寺僧众的民主精神，调动他们的积极性，增强主人翁的责任感，同时使寺院管理工作向制度化发展，建立了各种制度。民管会制定了《萨迦寺民管会章程及职责》、《萨迦寺总务处管理条例》、《萨迦寺教务管理条例》、《萨迦北寺管理条例》、《萨迦寺财务管理条例》、《萨迦寺文物管理条例》、《萨迦寺治安管理条例》、《萨迦寺属拉萨新宫管理办法》等九种管理制度。为了在具体工作过程中做到有法可依、有规可循，还制定了例会及述职制度。

　　在萨迦寺，每个月要总结一次上月的工作。每月3日召开各小组的总结会，对本小组上个月的工作进行一次总结。每月4日召开民管会全体成员会议，会上总结民管会一个月工作的同时，由各小组组长向民管会述职。根据各小组工作情况，布置当月的工作任务。每月5日召开僧众大会，由五位民管会下属小组长向僧众述职，再由僧众对其工作进行评议，做得好的予以表扬，做得不够的，在进行批评的同时提出好的建议。每月20日，是全体僧众政治学习的日子，当天学习有关时事政治、政策以及寺规文件。

　　民管会成员每半年进行一次个人述职。个人述职报告中总结半年来的工作经验和教训。述职内容向全体僧众予以公布。每年的第一季度民管会将上一年的工作进行总结后上报县政府及宗教管理部门。
　
　　 （二）经济制度的管理方式
　　从萨迦寺和萨迦政权的发展历史看来，萨迦政权的日益强盛为萨迦寺经济提供了强有力的后盾，同时萨迦寺经济的发展又促进了萨迦政权经济的稳固。

　　据《原萨迦政府组织机构》载，萨迦班智达贡噶坚赞时期，在冲堆、冲麦、达妥、芒喀直琴、藏巴尔库、上下夏布、达那等地设庄园经营地产。在江雪、克索、贡直、嘎普等地经营牧业。在热萨等地饲养马匹。昆氏族人统治全藏一百余年后，政权落入大司徒绛曲坚赞之手。第巴拉康巴、拉萨宗巴等趁萨迦政权渐衰之机，密谋策划，制造事端，昆氏族人避位于孜东寺。后来仁布宗政府把第巴拉康巴流放外地，将萨迦寺
交给昆氏族人第二十二代住持阿强·阿旺贡噶仁青（1451-1524）。北方头人朗卡次旺多吉和夏科第司朗卡伦珠把拉萨宗巴流放外地，并将萨迦政府原有的庄园全部交给阿旺贡噶仁青大师。除此之外，耶如强巴、江孜瓦、仁布巴又将拉萨宗巴的谿卡、芒喀雄地区、下夏布大部分地区等大片土地交给了阿旺贡噶仁青大师。到了阐化王朗卡列巴坚时期，萨迦已拥有大量谿卡。

　　过去，萨迦政府的经济来源主要是由各谿卡交来的农业税收入以及根据百姓土地多少、牲畜头数征收粮、油、肉、毛等差税。此外，萨迦寺在从政府领取寺院所需物资费用同时，也为政府收人的增加起到过举足轻重的作用。从萨迦寺派往阿里、多麦、卫、藏、洛隅及不丹等有萨迦教派寺庙的堪布和喇贵（bla-bskos），上缴给萨迦政府的物资是政府的重要收入。

　　派往各地萨迦派寺庙的堪布由萨迦南寺委派，喇贵由北寺委派，大的喇贵一般由北寺盘藏扎仓委派。个别喇贵如安多喇嘛和囊谦喇嘛等由各拉章委派，其收入归拉章。各地堪布和喇贵的委任，除萨迦寺附近的鄂寺堪布须经噶厦政府报请达赖喇嘛批准外，其余由萨迦佐巴报请达钦批准。