在宗教方面，申请入寺者得到各级批准并严格按宗教仪轨的有关规定完成新僧入寺，最后由堪布剃度为僧。这一点承袭了传统的作法。除入寺方面完全按以往的戒律规定执行外，授戒办法也和过去相同，完全按佛教戒律有关规定办理。一个僧人从剃度到20岁之间，授沙弥戒。沙弥戒是出家人第一次受的戒，包括不偷盗、不杀生等33戒。授戒时必须由轨范师来授戒。由于地区的差别，轨范师人数不等，但不得少于五位。比沙弥戒更为严格的是比丘戒，比丘戒是佛家大戒。授戒者必须年满二十，且必须受过沙弥戒。授比丘戒和授沙弥戒一样不得少于五位轨范师参加。比丘戒有253条戒律。

　　对于在寺僧人的管理方面，萨迦寺在佛教教规戒律和原有寺规基础上，结合现代的管理方法，采取了一系列行之有效的办法。

　　为了高举爱国爱教旗帜，遵守国法寺规，引导藏传佛教走向健康的发展道路，萨迦寺民管会结合寺规戒律，制定了管理条例，对在寺僧众实行评分考核制度，分项记分。每项所占的百分比有明确规定。为执行这些制度，民管会与在寺僧众签定了合同。

　　首先，在加强政治学习和精神文明建设方面（占总分的30％），民管会要求在寺僧人无条件地参加各种政治学习，努力提高政治觉悟，若缺席一次政治学习活动，扣除0. 4分。寺院要求僧人注重提高自己的德、能、勤方面的发展，讲究自身及周围的卫生，爱护公物财产，争取做两个文明建设中合格的僧人。综合评比个人德、能、勤，表现差者扣除9分，不参加寺内清扫活动一次扣除0. 3分，不能爱护寺内及公物财产
的一次扣除3分。

　　其次，在加强遵纪守法、执行寺规戒律方面（占总分的20％），要求僧众认真学习法律知识和寺规有关文件，加强法制观念，要求做到懂法、守法、用法。要求僧众加强集体意识，积极参加集体活动。凡每日诵经活动缺席一次扣除1分，事假一次扣除0. 2分，旷工一次扣除1分，不参加每月二次的比丘、沙弥集众对说忏悔仪轨者一次扣除0. 2分。僧人不得违反戒律，凡饮酒、吸烟、赌博、寺外看录相节目，一次扣除11分。寺院要求僧人注重外表，为信徒群众留下良好的僧人形象。规定凡在寺内外不着僧服、蓄长发者一次扣除5分，僧装穿着不整齐、不符合戒律规定者一次扣除0. 05 ％，藏历4月1日至7月30日期间，按戒律规定，僧装上面不许穿长袖的衣服，违者一次扣除0. 05分。

　　加强民管会内部的组织纪律，为众僧做到表率作用，凡出现玩忽职守等违反民管会管理条例者，一次扣除0. 5分，二个学经院的负责人有违规行为一次扣除0. 3分。在加强民管会自身建设的同时，努力树立民管会的威信，要求听从民管会的集体领导。不论学问深浅、职位高低、年龄大小，均自觉服从民管会的安排，违反者一次扣除5分，若有无理取闹者，视情节扣分不低于5分。

　　此外，寺院对每个僧人一天三班的管理也有明确规定。一天三班是每天早7：00至9：30诵经法会（60岁以上僧人自愿参加）；10：00至13：00寺院各殿堂对外开放时间，同时也是各小组上班时间；14：00至15：30是学经时间（根据学僧自愿下课时间一般延长到晚六七点钟）。民管会每日三班的考核与寺院对僧人的生活补贴直接挂勾。将每日补贴分为三份，僧人缺一班就扣除当日生活补贴的三分之一。

　　第三，在加强学经院的管理、加快僧才培养方面（占总分的30％），民管会为二个学经院建设投入了大量的人力和物力，对僧才培养寄予很大的希望。寺院要求学僧按时上学，认真听讲，积极思考，为提高自己的佛教知识水平，宏扬萨迦派的优良传统而努力。要求教务小组不定期检查学经院的学习、生活、纪律情况。凡旷课、事假、病假及其它违规均扣除相应分数。每学期末进行笔试、辨论、背诵等考试，评出优秀、合格、不合格学员，对优秀学员给予奖励。

　　第四，在加强文物管理方面（占总分的20％），要求僧众加强文物保护意识，把文物保护工作视为自己肩上的重担，经常对佛经、供品、佛像、瓷器等文物进行检查护养，检查隐患，随时上报。各殿堂内由“古尼”（灯香师）负责，做到防火、防盗。凡有违规行为，视情节轻重，轻者扣除相应分数，重者追究责任。

　　对于上述规定的执行情况，每年年底在全寺范围内进行一次考核。得分90以上者评为优秀僧人，予以表彰并颁100元以上的奖品；60分至89分为合格僧人；59分以下为不合格僧人，要进行批评教育，同时处以100元以上的罚款。

　　对于那些还俗退寺僧人，过去在征得萨迦寺同意后，退寺人要向全体僧众布施茶，称为“洛恰”（log-ja），即退寺还乡茶。然后要适当维修寺属佛塔等，还面朝寺院磕头七日，最后由萨迦政府把退寺人的僧装换成白氆氇的藏袍，遣送至其原籍。

　　如今从萨迦寺还俗退寺，虽然没有过去那种处理办法，但是退寺者必须办理退寺手续。退寺者在办理手续之际必须向寺院退还其在寺期间所得的全部生活补贴及购粮费，但寺方明确规定，退还额最高不超过3000元。如果不办手续擅自退寺者另外处以500元的罚款。

　　由于萨迦寺采取了传统与现代相结合的一系列寺院管理办法，在寺院和僧人的管理工作方面积累了一定的经验，初具萨迦寺管理模式，为西藏寺院管理提供了一个较好的借鉴。

　　（四）学经制度的比较

　　一个僧人入寺后，就开始了他漫长的学经生涯。入寺后的前一两年是预备期，这一两年内要学习藏语文的读写，并背诵一定数量的赞颂词，同时还学习基本语法知识等。

　　在有了一定基础之后，开始步入“堆扎班”（即摄类学班）学习摄类学。摄类学是藏传因明的启明学科，为初学法相理论者必修读本。研习摄类学理论时依据学者程度不同分别编成广本摄类学、中本摄类学和略本摄类学。这广中略三摄类学也称广中略“日朗”（rigs-lam）。初学者学习略本摄类学中之赤白显色（kha-dog-dkar-dmar）、反是反非（yin-log-min-log）、简明因果（rgyu-vbras-chung-ba）、总别（spyi-bye-brag）、实质反体（rdzad-ldog）、相违相属（vgal-vbrel）等科目。中级程度学僧要学六格辩（drug-sgra-rtsi-thsul）、所破事辩（dgag-gzhi-rtsi-tshul）和质问论（dri-vphangs-kyi-rnam-gzhag）等科目。程度较高者要学习应成详论（thal-vgyur-che-ba）、遣余（gzhan-sel）、遣除趋入（sel- vjug ）、成立趋入（sgrub-vjug）、因果详论（rgyu-bras-che-ba）等科目。一般学僧学习摄类学科目需要三至四年。按照萨迦派传统学科分类法，认为摄类学以及由此循序渐进的因明学都是学经不可缺少的一种方法学，因此他们很注重因明学的学习。