在南京召开中国佛学会筹备会议期间，圆瑛对太虚的意见多半赞同。太虚出国，他回到上海，可能周围的名居士的影响改变了注意，要求把统一的佛教组织总部设在上海觉园，另在南京设办事处。太虚的追随着认为，中国佛学会会址必须定在南京，上海中以另设中国佛教会。两派争议不下时，太虚又不在，主张折衷，在两派之是调停的王一亭不得已，把此事捅到蒋介石那儿。大权在握的蒋氏也真是无所不管。由于佛教界多数人组织佛教会的目的是保护寺产，蒋氏也就人俨然以佛教的保护人自居。他表示：有两类僧人可以保存（实为由政府出观保护），其一为真正依佛教行持者，其二是办僧教育者。可保护的寺院则必须清净庄严，办对社会有益的事业，没有非僧非俗的人滥竽充数。这两条表面公正，似也允许建立整理佛教为目的的佛教会，实质上的限制非常严格。水至清则无鱼，依此重建的“佛教”只能成为政府的摆设。同时，蒋氏的谈话也透露出即将公布的南京政府内务部《管理寺庙条例》的精神。三个月后，该条例共21条正式颁布，内容十分苛刻。庙产兴学风潮也有了政府法令可据，佛教界面对的形势更加严峻。随即，在太虚缺席的情况下，中国佛学会筹备处常务会议议决，另组中国佛教会，会址设在上海。太虚一派后来认为这是为了便于圆瑛一派控制。中国佛学会虽然独立存在，但失去了僧团的依托，基本上成为由追随太虚的佛教学者、居士构成的少数人的团体。
　　1929年4月12是，由十七省代表参加的全国佛教徒代表会议在上海召开，词义成立中国佛教会，保护佛教权益。选举了执委、监委等领导机构成员，圆瑛当选选为主席；拟定了会章，呈请国民党中央和南京政府内务部审批备案，其宗旨为“联合全国佛教徒，实现大乘救世精神，宏宣佛教，利益群众”；要求政府修正《管理寺庙条例》。4月29日，太虚出访归来，回到上海。5月4日，上海各界专为太虚归国举行欢迎会，圆瑛致词，高度赞扬太虚的学识辩才以及融和新旧，弘法欧美的成就。同年6月，中佛会第一次执、监委联席会议在上海召开，太虚被选为九个常委之一。太虚和王一亭还联名致书蒋介石，在蒋氏授意下，南京政府内务部终于准予中国佛教会备案。换言之，中佛会部算成了合法团体，唯国民党中央还未认可。接着，太虚又为修改《管理寺庙条例》写了条陈，呈南京政府立法院，供有关部门参考。加之各地佛教界的抗议，南京政府被迫废止《管理寺庙条例》，另行颁布措辞立意均较和缓的《监督寺庙条例》13条，但本质未变。全国庙产兴学风潮稍息。仅到这一步，中佛会内部争端已开始激化。革新派意在借中佛会的权威推进改革，守旧派意在靠中佛会维护庙产，双方的联合建立在沙滩上。守旧派利用革新人士向南京政府交涉以达其目的，其让步休现在允诺改革的会章纸面上。革新派努力满足他们的愿望后，当然要求“实行”，“真实办理”。（王一亭《致太虚书》守旧派或置之不理，或借故拖延。这必然引起中佛会领导层内部矛盾激化。1930年5月，中华会于上海召开了第二次全国代表会议，重选了领导人员，通过了《中国佛教会各省县佛教会组织大纲》，旨在推动建立分支组织。然而诸山丛林大多继续敷衍。太虚认为这种情况再也不能容忍了。他可能认为圆瑛默许守旧派的做法，至少督促他们改革不力。因此中佛会领导机构究要改组。同年12月，邰爽秋纠集一批人成立了“庙产兴学促进会”，再次煽动在全国范围内没收寺院财产。各地相继发生驱逐僧尼，捣毁佛像，占据寺院，甚至欧打逮捕僧尼，抢劫财物的重大事件。佛教徒们要求中佛会出面呈请政府保护僧尼生命财产安全，要求中佛会积极推动佛教改革以赢得社会同情的函件、文章雪片似的飞来。而以圆瑛为首的中佛会领导机构对第一项要求的反应是积极的，他们一方面与南京政府有关人士疏通，另一方面发动各界对邰爽秋猛烈抨击。邰爽秋等的气焰被迫收敛。然而他们对第二项要求的态度依旧。太虚认为实行第二项要求才是根本，否则，最多消弥类似风潮于一时。事实也证明了他的远见，1933年，湖北一批教育工作者仍在讨论征收寺产。1935年，有七省主管教育人士向南京政府教育部提出接收寺产，充作教育基金的动议，经全国教育会议通过，报内政部……在很长一段时间里，庙产兴学及其变种的阴影中华大地上仍挥之不去。因而，1931年4月，太虚出席了中佛会第三次全国代表大会，会议中他断然发表《告全国佛教徒代表》书，文中揭露了中佛人会机构内部运作惊人的效率低下状况，如经费越来越紧，具体会务没有传人管，连常委开会讨论重要事理有人也屡不到场，而是委托连委员资格也没有的他人代表，甚至一个人代表两个常委，即开会也没有担任主席、记录。他要求改选中佛会领导成员；总办事处的办事员应专职，选干练佛教徒担任，每半月把已议已办和应办之事通报全体执委、监委及各省佛教会；要求各寺院负担中佛会运作所需每月经费3万元，主要用于办会刊和“全国各级佛教会办事僧员训练班”，以在全国推进会章所确定的各项事业。（注释：该会会章规定任务有：举办慈善公益，普及平民教育，提倡农工事业，宣传佛教，整理教规等。）太虚强硬地宣称，如果中佛会不能改组，不如解散。在其追随者的努力下，大会改选的结果是太虚一系取得了全面胜利。尽管圆瑛仍当选为常委，但随后即辞职。新、旧两派关系彻底破裂。革新派接管中佛会，总只事外也随之迁移南京毗庐寺。太虚为消除庙产兴学的隐患，拟定保护寺产的建议，经九世班禅大师在“国民会议”上提出并获得通过。南京政府据此于1931年8月1日明令保护寺产。同时，国民党中央也批准限中佛会备案。此外，会务在有些省份也得到了推进。但守旧派对改组后的中佛会采取了不合作的方针，并抗缴以前认可的经费，攻击第三次佛教徒代表大会的选举不合法。太虚借中佛会推动佛教革新的设想完全失败，不得已，他也登报声明辞去常委职。其实，圆瑛个人一贯思想并非保守，撇开他和太虚的浓厚友谊不论。1924年，他曾致函激进的佛化新青年会，表示支持。太虚出访欧美归业，他还发表了热情洋溢的讲话。圆瑛的基本主张诸如举办新式佛教教育，兴办社会福利救济事业，提倡人乘佛教与大乘积极救世精神等都可与太虚思想协调。他与江浙守旧派人士关系良好，但这由于其为人宽厚。当然他与太虚有不同意见，这也属正常。要不是整个中佛会组织纯粹是凑合，两派之间又相互猜疑，太虚与圆瑛周围的人煽风点火，他们之间也不会由在中佛会会址上的简单分歧演为意气之争、权力斗争，最后两败俱伤。或许可以问，由革新派掌握中佛会不是和其独立组建团体一样吗？不！经此一番内耗，太虚和圆瑛两派之间可能形成的良性竞争气氛已完全被破坏。