太虚上述建议基本是他一贯思想的具体化，似乎对一般僧尼较为苛刻，但亦为形势所迫。此外，杨文会、欧阳渐甚至印光对一般僧尼都有类似的看法。1941年1月，太虚为此于重庆狮子山慈云寺设立了中国佛教整理委员会预备处。不料，内政部来了一个移花接木，不顾太虚原意，制定了“维持佛教整理寺产办法”，并报“行政院”获批准。其条文数目又与太虚建议相等，佛教革新派喉舌《海潮音》月刊编者不知内情，误以为当局接受了太虚建议，将行政院批准该《办法》的消息刊出，致使佛教界对太虚意见很大。太虚在这种情况下十分尴尬，只好再上书行政院要求澄清，可是呈文送上去如石沉大海。内政部却于1943年11月正式颁布了《寺庙兴办公益慈善事业实施办法》，该办法与太虚建议简直南辕北辙。按照该办法，佛教公益事业不但不由寺院兴办，而且寺院竟没有过问之权。它还规定，凡年收益在5万元以上的寺院，由地方政府主持组织的委员会须征收其半，用于“公益”。由于国民党政府滥发纸币引起的通货膨胀，当时的5万元相当于5个人的每年最低生活费。换句话说，一般寺院连僧尼的生活费用也留不够，所余寺产收益都被政府拿去办“佛教公益”。这完全是庙产兴学的变种。大后方佛教界顿时人心惶惶。太虚随即召开中国佛学会理、监事联席会议讨论，全体理、监事联名通电反对。然而内政部反咬一口，说该办法是参考太虚建议订的。太虚这时真是悲愤莫名，与这些衙门根本无理可讲，最后只好拼上老脸告御状。1944年1月2日，他致书蒋介石，信中说：内政部颁布的修正“寺庙兴办公益办法”，就是“由县市政府乡镇保甲为刀俎”，寺院僧尼为鱼肉，任其宰割。如果实施，可以立刻把全国佛教摧残殆尽。我太虚把整顿振兴寺院，发扬佛教，利益国家民族以至世界人类看作第一生命，而有关当局历年时常有摧残佛教举动，无疑也是要我的命。他历数自己对发扬中国文化、沟通世界学术以及抗战的贡献，悲痛地表示，如果最高当局能够体谅自己的苦衷，阻止内政部等所为，那么他会倍加努力，赞襄民族复兴事业；否则决不能坐视佛教被摧残，腼颜（厚着脸皮）苟活，唯有死路一条。这封信蒋介石看了后心情如何，不得而知。反正，内政部的办法没有实施。看来，太虚的命此他的名师（敬安）贵重，名师拚死而且死了才迫使袁世凯下令北洋政府内部暂停拟议中的提拨庙产，高徒也是为此拚死，幸而未死。在中国，还有祖宗的法宝——关系学管用。两代佛教领袖为什么都迫不得已以几乎同样的手段抗争呢？这里起码有两点值得深思：其一，太虚在中国佛学会理、监事联名反对内政部“办法”的通电中曾提到，中国佛教虽为民族宗教，却事实上不能享有与在华基督教同等的法定权利，为什么？这也不能仅仅归咎于历届政府或不平等条约。其二，太虚随后也悟出了……
　　内政部的“办法”虽搁置，但戴季陶、屈映光等政府要员仍阻挠着中佛会各级组织的健全整顿。1945年8月抗战取得了胜利，由于太虚对抗战作出了相当大的贡献，被国民政府授予“胜利勋章”。同年12月，可能因内政部受到最高当局的批评，而社会部的健全整顿中佛会的主张得到肯定，内政部不得不转变对佛教的态度，与社会部一起发布了训令：依法组织中国佛教整理委员会。该令确实参考了太虚的建议，征求了各方意见，并指定太虚、七世章嘉活佛（藏传佛教代表）、虚云、圆瑛、李子宽、屈映光等9人为委员，使太虚一派在常委中占有多数席位，具体主持中佛会整委会工作。随后整委会在重庆召开了第一次会议，聘定设计、财务委员及驻各省市面上分会指导员，指令各地在半年之内成立要应的和级整理委员会。整委会还派人接收了伪日华佛教协会、伪南京佛教会。次年1月，整委会会所迁南京，太虚派释又信作为代表，建立了指导、文书、登记、事务等各办事机构。4月，太虚新抵南京，指导创立会务人员训练班，起草新会章及各种规则，并举行了记者招待会，和盘托出了他的整理佛教设想：在政府方面，应平等对待各宗教，保障信仰自己，保持寺院财产。僧尼一要兴办农场、工厂自养，并通过教育，普遍提高文化和佛学知识水平；二要兴办社会教育、慈善等事业；三要弘扬佛法，化导人心，改良社会，促进和平。佛教会将推动所有寺院及佛教徒进行登记，把他们有系统的组织起来。关心政治的佛教徒也可参与政治活动。最后一点就是他拚死一搏之语。如果不爆发内战的话，按太虚的一贯思路，通过中佛会推动佛教革新这时已不是没有可能。尽管迄今世界宗教史上还没有大范围由上面是成功地实现宗教现代化的先例，国内中佛会各分会的运作也是困难重重。以湖南为例，太虚派往当地的指导员“工作是那样忙，经费毫无着落，诸山不肯布施，吃饭都成问题。”只是凭着宗教热诚与对太虚的忠诚在支撑着，把自己个人极有限的钱“补助公家（佛教会）用光。”（参见《茗山文集》47页）这能维持多久？可能太虚也了解到这一实际情况，他暮年对中佛会的组织与领导已经放松，注意力开始集中在佛教与政治关系方面。因为他已悟出，纵有佛教组织，如不能推选佛教界的代表议政并监督政府，保护自身利益，那仍然是空架子。果然，两年后真正的中佛会已不复存在。
　　抗战期间，太虚还先后建议和参与了滇边特区佛教会和中国宗教徒联谊会的创建，云南省佛教会的改组。他的用意都挺好，如创建滇边特区佛教会，在战时可加强汉族与傣族佛教徒的联系，从而加强民族团结；战后可加强汉传佛教与南传佛教之间的交流沟通。但由于缺乏组织基础和太虚缺乏耐心，未予以坚持领导，成立不久就散伙了。太虚创建的唯一的自成立起一直坚持到中华人民共和国成立前的佛教组织就是中国佛学会，然而该会的主要活动是讲学、宣传，并不是需要太虚花很大的精力，该会主席的名义对太虚个人也很有用。总而言之，太虚不是精干的组织活动家，但他有魅力有能力同时使几个组织围着他不断翻新的思路转。
　　台湾佛教史学者江灿腾先生对太虚前期与旧僧对抗的策略多所非议，应当说有一定理由。后期太虚成熟得多了，对“旧僧”转取“和同”策略，其基础也是存在的。从被传统僧人拥护的先是谛闲，后是印光、圆瑛是的思想来看，他们都赞成人乘法和菩萨行，反对民俗佛教所受的迷信污染，强调佛教救世，实行有限的与太虚有差别的佛教改革。这表明了中国传统佛教具有转换成现代佛教的巨大潜力和可塑性。只是“和同”不一定通过统一的集权的佛教会的“施策”，各派可以分别组织各行其是，如果在某些方面有共识，则通过协议联合行动，或者在条件成熟时组织松散的联合体似乎更好，至少可避免内耗。