事已至此，与太虚、圆瑛都维持着良好友情的中佛会常委释常惺、王一亭还企图挽回。王一亭提出了中佛会会所驻宁，在沪分设办事处的主张，让太虚和圆瑛各视其事。太虚认为这等于使中佛会的分裂公开化，南京会所也形同虚设。在当时情况下，中佛会也很难像他所期望的那样推行佛教革新，故他也拒绝为该会承担任何责任。故再次发出通告，辞去在中华会中担任的一切职务。圆瑛则被挽留，继续领导中佛会。自1932年——1934年。全国佛教徒代表大会年年召开，由于两派隐隐对峙，都没有解决什么实际问题。1935年7月，中佛会召开了第七届全国佛教代表大会。这次会议中，圆瑛一派加强了活动，企图把中佛会进一步置于他们的控制之下，提出了修改章程，改组领导体制。会议对此辩论激烈，但最后仍通过了他们提出的新会章及其实施细则，其中“组织及职权”一章把原来的三级制改为两级制，即取消省级佛教会，各县级组织直属中佛会领导。另改“委员制”为“理事制”。尽管太虚个人退出了中佛会，但革新派还控制了一些省级组织，此次改组当然会受到他们的激烈抨击。太虚弟子法舫说：“七年以来，未曾见中国佛教会在佛教中做过一件于佛教有利益的事情。对于国家民众，解除了通告全国寺院与佛教团体，做了几次祈祷和平法会，劝募了些许急赈捐献之外，并无其他事业表现。”（《中国佛教会第七届代表大会》）这代表了革新派的见解。大醒指出：修改后的会章“废除省佛佛教会，口欲直辖县分会，实欲免受省会之窒碍”，以便“行使其操持之霸权”。（《略评中国佛教会近事》）大醒此语也代表了有个性的各秒佛教会。在革新派掌握的舆论鼓动下，江苏、湖南、安徽、陕西、四川、山西等十余省佛教会均提出修改新会章，拒绝改组。在的甚至提出另行选择地点、日期，派代表集会讨论彻底改组中佛会。1936年6月，苏皖川湘等省佛教会代表在镇江金山寺召开联席会议，讨论修改新会章等问题。会议提出了维持原有省佛教会和迅速召开新的全国代表大会等主张得到了有关当局的支持。这是由于日本意欲发动的全面侵华战争日益逼近，国民党中央的政策已有调整，其民众训练部为动员民众，准备抗日，介入了调解佛教界内部争端。该部指导处处长张廷灏了解了情况后，初拟了《修正中佛会章程草案》70条，附上要点说明，分别访问了太虚、圆瑛，与他们商榷。他要求太虚出席中化会即将在南京毗庐寺召开的七届四次理、监事会议。他对太虚以非中佛会理监事的身体出席会议的难堪表示理解。太虚自然领会其意：国难当头，全国各党派且抛开政见不同，佛教徒理应舍除我见，真诚合作。同年8月，由圆瑛主持召开了中华会七届四次会议，通过了四点决议：1、于10月15日前在宁召开第八届全国代表大会。2、民训部之《草案》中关于居士不得入会，僧尼一律入会的问题留待大会讨论。3、中佛会组织恢复三级制，即省级佛教会保留。4、出席第八届大会各派的代表人选另由太虚、圆瑛等六人会议商定。比预定日稍后，地点也改为上海。1936年11月，中佛会第八届全国佛教徒代表大会仍在觉园召开。这证明了地点之争并无多大实质性意义。大会发布了宣言，通过了又一新会章，对原会章作了不少修改，较多采纳了各方意见，规定居士“均得入会”，“全国僧尼须一律入会”。后一规定，既有便于动员僧尼为抗战出力的意蕴，也不无通过佛教会加强对全体僧尼教育的内涵。总的来说，也不过缓和了两派之争而已。
　　1937年7月7日，即半年多后，全面抗战爆发。中佛会召开了紧急理、监事会议，号召全国佛教徒投入抗日救国。圆瑛等留在上海，领导中佛会灾区救护团及僧伽救护队，从事战地救护和赈济难民。此外的会务陷于停顿。太虚等赴重庆。1938年4月，圆瑛一派宣布了中华会在上海孤岛（未被日军占领的英法租界）恢复办公，因此原会址迁移重庆的双方前议废止。这就又重新挑起了两派之争，因而遭到撤至大后方的中佛会理、监事的批评。5月，在渝部分中佛会理、监事商决：成立“中国佛教会临时办事处”，由太虚主持；发出通电，宣布废止沦陷区内的中佛会机构。两派之争更形激化。同时号召中佛会各理、监事，各省县佛教会与重庆联络。这一号召获得川黔湘鄂等省佛教会响应。8月，中佛会理、监事临时会议在重庆罗汉寺召开，确认了临时办事处。该办事处在太虚领导下曾建立重庆僧众救护队、伤兵慰劳队，发动募捐救济流亡同胞，并在困难的战时条件下与大后方各省县佛教会保持了联络。其中的僧众救护灾民成绩卓著，曾获国民政府通令嘉奖。1940年1月，圆瑛以老病为由，辞去了中佛会理事长及灾区救护团团长诸职。实际上，他那时的影响已局限于江浙沪一隅。中佛会内的权力之争以太虚一派取胜告终。
　　然而，此时的中佛会临时办事处只能干预重庆及其周围地区佛教事宜。由于战时环境局限，各省县佛教会或自行其是，或有名无实。各地寺院原状并没有因此改变，社会对佛教界的不满、责难和歧视如故。但亦因战是需要，国民政府社会部屡次与太虚商议如何健全和扩大中佛会组织，以团结各族佛教徒。该部还提出了“整理中国佛教会意见书”，征求各界特别是佛教界看法；不过，同一政府的内政部从其部门利益出发，仍然与战前一辙，提出没收寺院财产，充作国民觉所谓“新县制”改革经费。抗战以来，贵州、湖南及四川地方军政当局或借口征粮，或借口办乡村中心小学等，拘留和驱逐僧人。占据寺院，擅自提用寺产引发的事端也有100多起。在这种情况下，太虚认为整理中国佛教可从两方面做起：一方面，如果要达到藏族、蒙古族、傣族佛教徒心向内地，内地佛教徒献身为公，团结抗战的目的，那就应转变国人向来歧视佛教的观念。为此可做的是修改现行教科书中诋毁佛教的文字；发布新闻，出版文艺作品都应当注意尊重佛教徒的宗教感情。这样，就能为整顿创造良好的外部氛围。另一方面，佛教界自身必须努力改进。如佛陀本人为人类的导师，佛像是为教徒起恭敬心，去除自大心理而设。为避免偶像崇拜之讥，中国佛教可向缅甸佛教学习，只供奉释迦像；或向锡兰佛教学习，兼供以普度众生为愿的弥勒菩萨像。佛经本为指导修行而传，中国佛教徒原来偏于唱诵佛经应转为重视讲习研究，遵照修行。僧人出家，本为可专心致心学习和弘扬佛法，僧团是他们的组织。但许多不学无术，甚至披着僧服，实与世俗同流合污的人都在其中混饭吃。为了社会不再诟病，今后可暂停剃度女尼，男子的剃度也限于有高中毕业以上文化，并对佛法具有正信正解者。这样才能清源。对原的僧尼要进行严格的清理，近于以上条件者保留，其他如不能回俗，不妨把大部分寺庵改为佛教救沪所收容他们。这样才能洁流。（《精神团结与佛教之调理》）为了寺院财产不再被以各种口实侵夺，首先要限期整顿健全中佛会各级组织，通过中佛会各级组织在许内将各地寺院财产、僧民人数登记明确，统计上报。然后，政府可以责成中佛会各级组织按登记寺产额，以其五分之一的办佛教教育，另五分之一办社会公益事业。在各寺院能够如上一一实行的前提下，再寺产在1941年内被侵占，政府应负责退回；1942年之后再发生侵扰寺院情形，政府应依法惩处。各地寺院凡不能如上一一实行者，由地方当局报内政部，督导中佛会查处。（《呈行政院维持寺僧》）