迄抗战胜利，太虚常驻汉院8年，超过武院、闽院，他晚年成熟思想见解也多在汉院先讲授或发表。除上述内容外，还可分三类：1、晚年的判教，如《我怎样判摄一切佛法》、《二议印度佛教》等。2、对中国佛学作了重新评估。如《诸法有无自性问题》、《天台四教仪与中国佛学》、《中国佛学》、《听讲（贤首）五教仪拾零》等。他指出中国佛教之特质在禅，由禅观分化出台、贤诸宗，再由禅、台、贤趋归净土。中国佛学在理论上讲求万法归一，在修行上都从前一念的心着手。3、根据形势的变化，对他的学生提出了一些新的要求。如对汉院学僧的几次训词中太虚提出：将来担任复兴中国佛教大任的青年学僧要从四方面学习锻炼，即修行、讲学、用人、办事。对内，每个人都要时时反省所短而取人之长，扬长避短，以这种精神共事，机缘一到，许多佛教大事必成。对外，要摄受各方人才，“无论什么人，都有他的用处的”。还俗，转信其他宗教都不要紧，只要他对佛教还有一分信念，也可使佛教渗透社会、渗透其他宗教。在抗战后期，由于国民党坚持独裁，其官僚机关的腐败颓废已达到令人发指的程度，上行下效，“贪”、“混”的社会风气弥漫一时，佛教也难免受到影响。太虚因而提出：“在全国痼疾通病下，当先去私戒懒，才能赶上人程（像个人）；从佛教机关团体中，实习为公服劳，方可养成僧格。”每个人都要在自己的岗位上努力。求学时，要警策自己，适应环境，利用环境去充实自己；毕业后，要透视现实，确定理想，根据理想去改造现实。太虚在汉院还多次召开院内外少数学有所长者参加的专题研讨会，讨论的主题均富有现实性、前瞻性，如“佛教对于将来人类的任务”，“佛法能否改善现实社会”等，这一做法至今仍可借鉴。
　　1945年9月，太虚推荐法尊继任汉院院长职。不久，他就离开了缙云山。汉院在太虚当初设想中负有两大使命：一是作为沟通汉藏佛教的桥梁；二是继承武院、闽院精神，培养一代新僧，使之成长为佛教革新事业骨干的大本营。后一使命可以说基本不负，前一使命则有所欠缺。为此，太虚曾极力赞助法尊早日邀请西藏安东格西、东本格西等来院授课译经，安东早逝而未果，东本来院则已在抗战胜利后，太虚刚卸去院长职，即将离开重庆。为贯彻初衷和支持法尊，太虚挽勉力担任了汉藏教理译场场长。该场主旨为进行汉藏经典互译，维持未久，译出了汉文《大毗婆沙论》为藏文。此外，1944年9月，太虚在汉院突患轻微脑溢血，但他自己却不以为事。1945年春，太虚筹划了多年的世界佛学苑巴利三藏院终于在西安大兴安寺成立，太虚新任院长。但由于锡兰方面派来的人未能践约，该院的特色并未形成，不久又停办了。时运不济，世事多艰，太虚的世界佛学苑计划始终未能真正实现。他的僧制革新设想也同样如此，唯有新式佛教教育成果不小。
　　但是，太虚对他所办的新式僧教育并不满意，或许是他深受出家以后的传统的禅宗丛林教育的影响，或许是受到其还比较器重的弟子满智等回俗的刺激，或者两者兼而有之，他认为即使他常驻时间最长的汉藏教理院也只不过相当于理想中僧教育中“通常教育”一环，还欠缺基础的“律仪”和进修的“高等”、“参学”三个一半节。他理想中的僧教育模式是传统的丛林教育与近代新教育相结合。他认为，丛林教育以德育为主，智育次之，其所培养的僧才，虽说缺乏现代科学文化知识，但多能甘苦淡泊，持戒修“定”，半途改变生活而回俗者极少。而当时佛院毕业的学僧，如的只知办事、编刊物、写文章、喊口号，差的呢，觉得在佛教内没有发展的机会，也不甘心过淡泊的持戒生活，甚至对佛教丧失信仰，只能还俗，寻找其所谓新生活。因此，他感到上述具备四个环节的长达10年（中、小学阶段不在内）的僧教育既然还没有可能实现，那么不如佛学院丛林化，即恢复传统的丛林教育制度。这其实也并非万全之计，而且把信仰问题和教育问题混为一谈。有些所谓“新僧”之所以回俗，从内在讲是缺乏宗教体验，这种体验不一定通过参禅获得，修持其他法门也行，甚至只要有强烈的信仰，也会产生与信仰对象的共鸣。因此禅宗的丛林教育和太虚本人的早年体验不一定适合每一个人。从外部环境讲，这主要是佛教革新接连遭到挫败引起的失望感所致，信仰的丧失往往从信心的低落开始。试想连太虚在1928年初也一度有回俗的念头（参见《太法师年谱》135页），何况那些年轻“新僧”呢？太虚一方面要想办法（恢复丛林教育也是他想的办法之一）遏制“新僧”还俗，另一方面他对已还俗者还是很宽容的，他曾发表《尊重僧界还俗人》、《告青年僧之还俗者》等文。至于受传统丛林教育的僧人为什么表面上看来还俗的少些？一是有的人虽然信仰同样丧失，但因受教育不同，没有“新僧”那样的勇气和开放态度。但与其在僧伽内混。其实不如还俗。实质上，正是他们造成了佛教界的腐败，太虚对此很清楚。二是近自愿过淡泊生活，接受丛林训练的已多是对世事失望，对佛教有相当信仰的中年人，他们思想的成熟性与思想仍处易变阶段的青年学僧不可同日而语。总之，佛教革新不能脱离传统，吸取丛林教育的有益养分也是应当的，但回到丛林教育则不可取。
　　
权力之争还是革新和保守之争？中国佛教会领导层内部争斗对此作出了回答。然而，如以有效地推进佛教革新的标准来衡量，太虚的策略也是有问题的。
　　
　　太虚无疑是近代中国思维最敏锐、目光最远大的佛教思想家。他拟订了那么多的佛教革新方案，提出了那么多的新思路。当然，他也不是不想实行，而是想通过建议强有力的佛教组织，最好是全国性的统一佛教组织推行。为此，在佛教协进会、中华佛教总会、佛教弘誓会等相继失败后，他仍不懈地致力建立新的国性佛教组织。
　　1919年夏，湖北学生陈定完留日期间，目睹日本僧人挟弄西藏喇嘛旨在分裂中华，极为愤恨，回国筹设中国五族佛教联合会，邀请道阶、觉先及正在北京的太虚一同参加，并请了庄蕴宽、夏寿康、张仲仁等人出面倡议，以资促成。太虚对此还专门陪其赴天津，拜谒前总统黎元洪希望得到支持，但终为《管理寺庙条例》所限，事未成。
　　1924年7月，太虚以翌年出席东亚佛教大会，中国应合法推选出代表为名，与李隐尘等联合发起筹组中华佛教联合会。到1925年10月为止，似乎各省并未热烈响应。出席东亚佛教大会的代表共26人，分别来自上海、北京、武汉等地，几乎大多是与太虚关系密切的人。东亚大会召开了，所谓中华佛教联合会随之消声敛迹。
　　半年后（1926年6月），国民革命军出师北伐，随着国民革命浪潮席卷大江南北，反宗教反迷信呼声声也大为高涨。南北相争中的军队以迁移中的政府机关学校、民众团体都随意占据寺院，驱赶僧人。一向高明者求自了，庸常者混日子，不闻世事变迁的传统佛教界也大起恐慌，纷纷要求建立佛教组织，维护自己世俗利益。1928年3月，南京政府内蒙古自治区政部长薛笃弼与清政府、北洋政府如出一辙，公然提出庙产兴学。南京中央大学教授邰爽秋进而提出实施的具体方案。整个佛教界大受震动。太虚弟子组织的现代僧伽社等佛教团体呼吁全国佛教徒起来抗争。太虚以“中国信佛的革命民众领袖”名义，发表《对于邰爽秋庙产兴学运动的修正》，表示公开反对。4月，他又作《对于中国佛教革命僧的训词》，提出佛教革新成功最根本的是要建立健全的革命僧团，可惜这一点并未实行。太虚性格的致命弱点就在往往随风转舵，未能坚持这一根本。他见传统佛教界在形势的逼迫下，也要求建立全国统一的佛教组织，随之便转向原来的思路“要改革佛教，必先统一佛教”——净取全国性佛教组织的领导权，“我们不能抹煞老派诸山存在的事实。我们不能——也没有力量把诸山一齐打倒，取而代之，那么只有运用佛教会的施策，潜移默化地进行改造。”（大风《太虚大师归太虚》）通过“运用佛教会的施策”，对传统佛教实行改造，表面上这条思路也不错。但从体制看，现代社会与传统社会不同之处在于它是良性竞争的多元结构。讲竞争，必须有公认的竞争规则。否则就会坠入恶性竞争的泥潭，转为内耗。就佛教与基督教的竞争而言，“竞争规则”就是宗教的社会功能发挥。就中国佛教各宗派的竞争而言，这一“规则”还要依公认的佛法原理，如“三法印”等，适应现代社会需求“订立”。太虚的人间佛教思想应为其基础，现已为海峡两岸佛教主流所遵从。讲多元，太虚对日本佛教各宗派独立发展虽然认可，但认为中国如有统一的佛教会就超过了日本。他对欧美基督教派会林立的状况也缺乏调查研究，不知此乃宗教现代化的必由之路。他当时主要思路似仍陷于中国传统的“大一统”的误区中，早年冲破这一传统的思想火花曾闪现，由于那时没有得到好友们的响应，及自身性格弱点却未能坚持。如今时机到了，他却没有致力建立革新佛教的僧团，进而是抓住难得的良机，建立全国性的革新教会。如果能够这样，再通过其领导的教团推进佛教文化、教育、社会服务各项事业是有可能的。由于后来由圆瑛领导的中国佛教会在温和的佛教革新和兴办社会事业方面与太虚有一定共识，通过相互竞争，反而促进了传统佛教的改造。西方传统的天主教在新教竞争的推动下，自19世纪以来也不断改革就是显明的例证。太虚计不出此，相反地于1928年5月在上海发起“全国佛教徒代表会议”，主张消除佛教界的新旧之争，容纳各种提案，作出决议，然后成立佛教统一机构势行。这一主张，当然也会得到要保饭碗的守旧势力的赞同。其时他即将出访欧美，因而把启程日期电告曾赞助此行的蒋介石（早已复职），蒋氏邀请他去南京。他把这一主张告知，也得到蒋氏的赞同。国民党在当时实行所谓“训政”，实质上是一党专政。所有民众团体的建立都必须经过国民党中央的审批，才能在南京政府备案。太虚就持着蒋介石的介绍函与国民党党政要人接洽。国民党元老蔡元培、张静江等认为，当时社会上反宗教反迷信风声正紧，国民政府不宜出面提倡宗教，佛学则无妨，建议就设立中国佛学会吧。太虚等即于7月28日在南京毗庐寺成立了中国佛学会筹备处，召开预备会议。会议决议：推选释观同、惠宗、王一亭为筹备主任，于翌年在南京召开全国佛教徒代表会议；设立“佛教工作僧众训练班”；编印《中国佛教》旬刊。太虚同时发表了《恭告全国僧界文》，通告佛教界先组织中国佛学会，抓紧召开全国佛教徒代表会议。为解救整个佛教界的燃眉之急——庙产兴学，也为解除旧僧对太虚历业抱有的恶感，太虚在即将出国之前，还写了不少条陈，如《佛教僧寺财产权的确定》、《条陈整理宗教文》、《为礼制官制致薛部长（笃弼）书》，与政府各部门交涉。8月11日，太虚就启程出国了。