1979年归元寺恢复原名，列入首批对外开放的寺院。当年11月，昌明法师荣任该寺住持。他是经历浩劫后第一位升座的方丈，这是恢复由僧人自主管理寺院的第一步，标志着中国寺院管理体制的重大转折。昌明法师后又接任湖北黄梅五祖寺、武昌宝通寺住持，兼武汉市佛教协会会长、湖北省佛教协会会长、中国佛协常务理事、中国佛教协会咨议委员会副主席，湖北省人大常委、武汉市政协常委等职。

太虚于1922年创办了武昌佛学院，被称为佛教的“黄埔”，新佛教运动的发源地。当年培养的佛教人才济济，惜因日本侵华战火烧到武汉地区，于1938年停办。抗战胜利后，曾一度拟恢复武昌佛学院，先期恢复世界佛学苑图书馆（武院后期别称），由太虚弟子苇舫主持。但1947年3。5曰太虚圆寂，随后大江南北又陷入战火，武院恢复未果。

20世纪80年代，佛教在全国逐步恢复发展，但因“文革”浩劫，也面临着严重青黄不接的人才断层问题。1992年1月，中国佛协会长赵朴初呼吁：“当前最重要最迫切的事情，第一是培养人才，第二是培养人才，第三还是培养人才。”就湖北省而言，许多寺院得到恢复、重建，经政府宗教管理部门批准的合法佛教活动场所更多，但是僧才奇缺，“许多大小寺庙长期空闲（笔者按：不是空着，而是由居士或不懂佛教的村民管理）无僧人或无住持。”迫切需要高素质管理者。

吕明法师对太虚的人间佛教思想深为崇仰，对太虚办武昌佛学院的教育思想也有所了解。他作为省佛协会长，对培养湖北的佛教人才也负有责任。在当地政府民族宗教局的支持下，经过他与其他高僧大德的多年努力，湖北省和武汉市佛协的具体筹备，1994年，武昌佛学院终于得以恢复重建。新院址设于洪山宝通寺。昌明法师在复校典礼上讲话说：新生的武昌佛学院要继承“武昌佛学院创始人太虚佛学思想的正信精华：学佛必须先学做人，成佛必须先成人。我们办学宗旨就是培育僧才，振兴佛教。”

发扬人间佛教思想是武昌佛学院的办学宗旨与理论基础，昌明法师曾多次强调，湖北省佛协秘书长万松事先生也一再重申。他们把太虚、赵朴初人间佛教思想具体化，理解为就是学生的学习要与社会主义相适应，要爱国爱教，利国利民，为国家的富强作贡献。因此，学校既开设多门佛学课程，也为了适应社会和建设的需要，开设古汉语、历史、地理、政治、书法、体育、财会等课程。此外，每周还有一次专题讲座。从课程设置看，相当于国内中级佛学院。继承太虚的八宗平等思想与“中华佛化之特质在乎禅宗”思想，昌明法师在修行上以禅为主，博取各宗之长。为适应当时广大信众，特别是老年信众的要求，主张“禅净并重”。因而，恢复重建的武院佛学课程安排有禅宗经典、净土经典、律学纲要、丛林生活制度、唯识学等。

应当承认，吕明法师在新的历史条件下继承的只能是太虚的人间佛教思想与办学精神。沧海桑田，原武昌佛学院遗址已不可能恢复了，太虚当年在武院积累的丰富图书资料也早散佚。五十年后，曾在原武院任教的教师也早已星散逝去。在物质条件与师资方面，昌明法师可以说一切从头开始。校舍与教室等均由他住持（后由道根法师接任）的宝通寺提供。太虚曾任院长，20世纪80年代最早恢复的闽南佛学院以及四川自贡佛学院等院校、浙江三门多宝寺等寺庙、港台佛教界以及新加坡隆根法师等原武院学生，都捐赠了图书资料。恢复初期的武院专职教师人数不多，但其中也有原武昌佛学院的毕业生现身说法，使当年武院的精神风貌得以重现。新武院充分利用武汉作为华中地区文化教育中心的优势，聘请了十几位兼职教师，有来自中学的，也有来自武汉大学、华中师范大学等名校的。吕明法师还敢于启用年轻的有学识的僧人任教，如中国佛学院灵岩山分院的首届毕业生乘实法师就承担了律学和佛教概论两门重要课程。这也仿佛太虚当年在武院。

与闽南佛学院相比，较晚恢复的武院规模较小，与内地大多数佛学院一样，学生主要来白湖北各地寺院或佛协的介绍推荐。但其教学秩序相当整肃，教学质量有保证。首先，昌明法师要求寺院的法事活动不能冲淡教学。道根法师吩咐职事，一切佛事活动要避免安排在教学时间内。其次，严格执行教学计划，每学期授课17周，周学时约36课时。其三，专职教师认真负责，有的带病坚持上课，有的甚至患病临终前还不忘上课。其四，请专家、名师兼职或开讲座，如华中师范大学彭端淑教授讲《印度佛教史》，武汉大学吕有祥教授讲《三论宗概要》、《佛学辨证法》，武汉音乐学院周耘教授讲《佛教音乐》。古汉语专家童勉之、香港圣一法师等，都曾来开讲座。

佛学院与社会上的学校相比，必须坚持自身有修行的特色。重建的武院继承了太虚主张，要求培养出解、行相应，堪任住持的佛教人才。学僧的管理教育模仿十方丛林规制，注重律仪，严格训练。为此，学院实行“学修一体化，生活丛林化”。学生与宝通寺僧人一样，禅房素食，早晚打坐，不仅通过学习获得知解，还因禅修有了体验。但学院规定，学生不可像游方僧人那样随意迁单。同时，院方为学生提供基本生活用品，医疗也有保障，每月还有一定零用钱，节假曰酌增。并为学业优秀者设置了奖学金。昌明指出，武院“相对于其它佛学院起步较晚”存在着这样那样的问题是免不了的，就此学院要“边教学，边建设，边发展，边前进。”由于昌明法师与师生的共同努力，如今的武昌佛学院一方面坚持一贯的办学方针，一方面还开设了专门的讲经班，通过讲小座的形式，培养讲经法师，以满足当前佛教界十分需要的讲经弘法人才需求。同时，也培养出不少佛教管理人才。如见忍法师曾任黄梅五祖寺住持，还有多人被聘为各地寺院住持或执事。当然，与内地不少中小佛学院一样，重建不太久的武昌佛学院也面临着重重困难，但只要坚持太虚倡导的人间佛教方向，前景必将是光明的。

昌明法师认为：“中国佛教在七届佛代会（2001）以来，呈现出两大特点，一是工作变化大，做了许多在国际上影响大的事情：二是在领导班子中，年轻人多，他们年富力强……在当前社会与佛教形势下，第一要做的事，还是要增加僧才的培养，这是根本、是关键。第二是对佛教优秀的传统要继承、保持、发扬，这是立足点。”吕明法师讲的优秀传统，包括太虚、赵朴初等垂立的人间佛教思想传统。

昌明法师不但在他担任住持的寺院提倡和践行人间佛教，而且作为湖北佛协会长，生于湖北，长于湖北，多次来到湖北各地寺院，支持各寺院的恢复重建，关心僧人生活，协调寺院与社会的关系。1985年，著名天台祖庭湖北当阳玉泉寺得以维修一新，他与湖北佛协副会长万松亭一起“给玉泉寺送釆了三位僧人、三位居士。僧人正式接管（该）寺庙，敲响了沉寂三十余年的古刹洪钟。”玉泉寺举办的重大法事活动，已届高龄的昌明也不辞劳苦赶来推动或主持，并时时关心着该寺的进一步建设。从一些不起眼的小事中，也能看到他的关心无处不在，如“清溪寺的水、玉泉寺的塔、宝花寺的香炉、鹿苑寺的茶。”昌明法师还访问了许多国内名寺，在他任职期间，归元寺、宝通寺、黄梅寺与多地名寺建立了密切联系，1984年，他作为中国佛教代表团成员，应“印度文化关系委员会”邀请，作了为期二十多天的访问，走遍印度六邦十八个佛教圣地，被印度友人誉为20世纪80年代的玄奘。特别是在菩提迦耶，不期而遇中国台湾佛教朝山团一行二十余人，其中有昌明法师50年前在湖南学习时的老同学灵根法师。兴奋与惊讶之余，大家畅谈深厚友情，有些人讹传的大陆佛教如何如何的谣言也不攻白破。昌明法师还先后出访尼泊尔、泰国、韩国、日本等国，对加强国际佛教友好交往作出了自己的贡献。