魏晋南北朝急剧不安的社会变化，引发了各阶级对于佛教的多方面兴趣，外来佛教的各种思潮和典籍，可以说是以空前绝后的规模涌进内地，同时也与中国的传统文化和传统观念发生全面的接触，在儒释道之间迸发了广涉政治、经济和思想文化等各个领域里的论战和斗争。

　　汉魏佛教依附于传统文化，并以儒道两家经典作为佛教在中国理应得到传播的佐证。但始自三国，佛教与道教在宗教观上开始分家。佛教主有生必有死，以“无生”为理想，斥责道教愚惑欺诈；道教主养生长寿，以“不死”为目标，抨击佛教是“修死之道”。道教还指摘佛教为“夷狄”之教，是老子出关用以教化不知礼仪的胡人的产物，不适用于文明的华夏；佛教则揭露道教行“三张伪法”，败坏人伦，造反闹事。由此发展成纯宗派性的互相攻击，几乎历代都有。正统的儒家思想，始终是佛教广泛扩展的主要阻力。佛教在孝亲祭祖、奉上敬王等最基本的伦理观念和政治观念上，完全服膺儒家学说，使佛教的基础意义，有了全新的变化，所以历来只有儒家对佛教的批判和佛教对这类批判的辩解，佛教很少表露对儒家的不满。

　　东晋以来，这种形势发生了变化。佛教不但对道教，而且对道家的经典和儒家思想也开始公开贬斥。僧肇每以老、庄为心要，但认为比之佛教，“犹未尽善”。慧远听道安讲《波若经》，乃悟“儒道九流皆糠粃耳”。到南北朝，佛教要求包容儒道而为三教之首，成为中国思想文化发展史上的一个显著特点，不过，这在大江南北的表现，也不尽相同。　

1.南方的儒释道论战

　　东晋庚冰、桓玄先后执政，诏令料简沙门、僧尼须向王者致敬。这个决定反映了佛教的扩展已经达到了与世俗政权相冲突的程度，由此导致的儒释道间的争论，延续到梁代，佛教获得全胜。

　　庐山慧远在总结晋末的这类争论中，为建立既不同于外来佛教，又不完全依附传统文化的独立的中国佛教，奠定了理论基础。他分佛教为“内道”，儒学为“外道”，确立了“内外之道可合”的原则，认为佛教理应发挥社会教化的作用，为巩固皇权、维护封建秩序服务：但是僧尼“出家”即是变俗，在仪行礼制上，必须保持独立的风貌。佛教传播迅速，导致僧尼秽杂，难以避免，国家干预澄清是必要的；但佛教有自身的特殊修道科门，有约束沙门生活的明确戒律，也应该得到国家的尊重和保护。慧远在宗教观念上的主要创造，是把“神不灭论”明确引进佛教的业报轮回体系，其思想来源，实出于儒家的孝道和积善积恶之说，也受道家“神不化”的影响。与此同时，他又依据沸教传说，贬低“天地”的地位，认为“天地”以“生生”为大，故“功尽于运化”；佛教倡无生不变，故“不顺化以求宗”。讲“生生为大”的主要是《周易》，以“天地”为大的还有《老子》，慧远认为，这都属世俗世界，不能和教佛的出世领域相比。同样，体现天地生化的是帝王，在世间为尊；不存身以顺化的是佛，比帝王要高。不过慧远补充说，佛可以化身为帝王；帝王曾是菩萨行的一个阶梯，所以帝王与佛，毕竟是殊途同归。

　　这种超孔超老、唯佛为贵的言论，受到儒道两方面的反对。宋释慧琳作《黑白论》，抨击佛教幽灵神验之说、“本无”“析空”之理，受到坚持周孔之教的何承天的支持。何承天认为，佛教不失为九流之别家，杂以道墨，慈悲爱施，与中国不异；其鬼神之论，作为神道设教也未尝不可，但若目之为实，则缺乏明证。宗炳为折《黑白论》而著《明佛论》，谓“中国君子明于礼义而阁于知人心”。《周易》所谓“阴阳不测”，而不能置言，其实指的就是不死的精神。群生“神”本相同，随缘迁流而成粗妙之“识”，练粗成精，即是圣人。神、识、形三者本质不同；神之不灭，缘会之理，积习而圣，构成了佛教全部学说的大纲。宗炳此说甚得慧远思想的精髓，把中国传统哲学同外来佛教哲学巧妙地结合了起来。中国佛教哲学此后的发展，大体上是沿着这个方向行进的。

　　慧琳和何承天是站在儒家立场反对佛教神不灭论的。何承天还作《达性论》，进一步反对佛教把人与“飞沈蚽蠕并为众生”之说。颜延之作《释达性论》，驳难何论，使争论更加深入。神灭和神不灭的问题，成了刘宋学术界讨论最热烈的话题，其中罗含的《更生论》，运用毗昙思想把神不灭论与儒家“祖宗有序，本支百世”的观念铸为一体，有颇高的理论水平。此外，范泰、谢灵运还主张，“六经典文，本在济俗为治耳；必求性灵真奥，岂得不以佛经为指南那？”佛教在这里提出的“性灵”之学，就是指承认三世因果，看重心神之用。何尚之对此加以发挥，受到宋文帝的赏识。

　　但反佛教鬼神系统的思想并未停息。至于齐梁，范缜先后抨击神不灭论，发言激烈，立论严谨，影响当时极大。他以刃利夫系比喻形神关系，认为刃为利之质，利为刃之用，即质即用，离质无用。“未闻刃没而利存，岂容形亡而神在”？

　　他还用偶然性解释人的贫富寿夭，否定因果轮囫；抨击佛教败俗蠹政，亦甚有力。《神灭论》涉及的理论面很广，锋芒所指，无不披靡，是中国哲学发展史上里程碑性的无神论著作。

　　梁武帝对他的言论冠以“违经背亲”的罪名，发动朝贵60余人作文字围剿。在理论上，佛教是受挫了；在政治上，仍然取得胜利。从本质上看，范缜的正统儒家观念，与何承天是一致的，他们并不否认神道设教的必要。

　　南朝神灭、神不灭的争论也影响了北朝。北朝魏齐之际，邢子才主无神伦，以为“神之在人，犹光之在烛；烛尽则光穷，人死则神灭”，人死还生之说，是为蛇画足。杜弼精通佛学，认为烛、人不能同喻，“光”受烛质制约，“神”却不受“形”所系。相对言，杜粥的神不灭论显然比梁朝贵族为高。

　　南朝佛教与道家的争论，也有颇高的理论水平。宋齐间，张融以《孝经》、《老子》和《小品》、《法华》调和三教之道，作《门论》谓：“道之与佛，逗极无二。寂然不动，致本则同；感而遂通，达迹成异”。周颙善《老》、《易》，而贵佛理，曾著《三宗论》，是当时三论学的名作。他驳斥《门论》，认为《老子》以“虚无”为主，《般若》以“法性”为宗，表面上似乎一致，但前者置“无”于“有”之外，是把“有”、“无”分裂了，实践上必然造成世间与出世间的对立，所以称之为“有外张义”；后者提倡“色即是空，空即是色”，以非有非无为最高境界，他名之为“即色图空”，是道家所不能及的。周顾此说，基本上划清了释老在哲学本体论上的差别。