元兴元年（402），在慧远倡导下，集“息心贞信之士百有二十三人”，于庐山般若台精舍阿弥陀像前建斋，誓相提携，共登西方神界，史称此次集结为“白”莲社”或“莲社”，作为中国净土宗之始。事实上，“净土”的经典《无量寿经》（《阿弥陀经》）、《般舟三昧经》（《念沸三昧经》）等，早在汉末即有翻译，此后异译不断。可见有关西方净土的信仰流行很早很广。但它能够上升到为知识僧侣的信仰，并为士大夫上层奉行，则是从慧远开始。此种信仰，以“念佛”或“观佛”为基本法门，希望因此能于死后进入一个极乐世界。东晋能够使这种思想特别发展起来，与知识界对现实的普遍苦闷不安有关，同陶潜写《桃花源记》的社会根源是一致的。

　　慧远在庐山传播佛教，得到了东晋各种统治力量的支持，历届江州刺史都与他结交。392年，殷仲堪在赴荆州刺史任中，登庐山拜会慧远，共论《易》体。399年，桓玄攻荆州，杀殷仲堪，亦向庐山慧远致敬，共论《孝经》。桓玄拟议沙汰沙们，唯庐山除外。405年，何无忌与刘裕等诛杀桓玄之后，侍卫晋安帝返回建康，安帝遣使进庐山慰问。此后，何无忌亲临庐山，又与慧远书，论沙门袒服。410年，卢循攻杀何无忌，也登庐山，与慧远叙旧。同年，刘裕追讨卢循，特派使入庐山，馈赠粮米。当时的北方大国后秦主姚兴，与慧远的过往也很密切，除日常“信饷”不绝之外，还赠以龟兹细缕杂变像等，其左将军姚嵩亦献珠佛像等。

　　东晋士大夫中的隐居者，与慧远的交往更加深厚。刘遗民（352—410），幼读百家书，曾任县令，后隐居庐山，专心空门，与陶潜、周续之并称“浔阳三隐”。他和慧远共研僧肇的《般若无知论》，并提出问难，可见对般若学修养有素；另撰有《释心无义》，已佚。雷次宗（386—448），少入庐山，师事慧远，明《三礼》、《毛诗》。慧远讲《丧服经》，雷次宗与宗炳等并执卷受教。后雷著《略说丧服经传》，宗炳以为义出慧远，寄书嘲之。雷次宗晚年应征至京师，授儒业；又为皇太子、诸王讲《丧服经》。周续之（377—423），读《老子》、《周易》，通《五经纬候》，入庐山师事慧远，刘宋初年，应征入京，教授儒典《礼》、《毛诗》、《公羊传》等；曾与戴逵就善恶报应问题进行辩论，作《难〈释疑论〉》，驳戴逵的《释疑论》。宗炳（375—443），在殷仲堪、桓玄、刘裕等执政时先后征聘，皆不就。曾入庐山，与慧远考寻文义。现存有他的《明佛论》，发挥慧远的“神不灭论”和道生的“众生皆可成佛”的思想，以为“精神不灭，人可成佛；心作万有，诸法皆空”，是晋宋之际最有代表性的佛教文献之一。及至何承天就《白黑论》致书宗炳驳难其说，揭开了南北朝无神论与有神论争论的序幕。

　　慧远的这些在俗弟子，不只向他学佛，也向他学儒学道。可知慧远对于儒佛道都有极深的造诣。这使慧远有能力将外来的佛教思想，同中国的传统文化更紧密地结合起来。

　　慧远继承了道安研习和弘扬佛教的根本学风，一方面广为介绍外来佛典和外来思想，以准确把握佛教本意；另一方面坚持佛教必须适应今时习俗需要，不惜“失本”地将其纳入我国传统文化的轨道。

　　慧远有感于江东禅典未备，律藏残阙，至庐山后，即派弟子法净、法领等西行求经。太无十六年（392），罽宾沙门僧伽提婆自长安转至庐山，受慧远之请，重译了《阿毗昙心论》，改译了《阿毗暮钞解》为《三法度论》，由此推动了毗昙学由北向南的流通。其重要结果，就是加深了人们对佛教内容的更确切的认识。

　　410年，佛驮跋陀罗及其弟子慧观等人南下至庐山，应慧远之请，译出《修行方便禅经》。此经按不净观、慈悲观、因缘观、数息观、界分别观等五部组织，分别对治贪、瞋、痴、寻思等烦恼，其中数息观和不净观被称为“二甘露门”，得到特别重视。此种禅法比安世高和鸠摩罗什所译介的禅法更加系统，也更讲传承，对于增强修禅者的师承观念，起了重要作用。

　　慧远也勤于研习戒律。说一切有部《十诵律》，姚秦时弗若多罗译未毕而亡。慧远听说昙摩流支进入关中，乃请他续译剩余部分，成为完本。

　　由于慧远在开创译经事业方面的重要作用，梁释僧祐说：“葱外妙集，关中胜说，所以来集兹者，远之力也。”

　　慧远在中国佛教史上的主要贡献，在于将佛教同儒家的政治伦理和道家的出世哲学协调起来。何无忌（何镇南）作《难袒服论》，以为《老》、《礼》诸典，均以“右”为“凶”、“丧”的标志；沙门以右袒“寄至顺”、“表吉诚”，是有违中国名教礼制的。慧远解释说，右袒能使沙门与俗人区别开来，便于出家者冲破世俗名分等级的限制，服膺佛家教条，是佛教的札制。佛教与名教，如来与尧孔，在出世和处世上或有差别，但最终目的总是同一的。因为按佛教的说法，如来化世，可以为仙帝卿相，国师道士；同样，诸王君子，迂回曲折，毕竟要走到佛教一途上来。所以内外礼制虽然有异，而“内外之道可合”。慧远与桓玄论沙门不敬王者，更明确地认为，佛教包含两大任务，“一者处俗弘教，二者出家修道”。前者救人忠孝之义，奉上尊亲；后者在隐居求志，变俗达道。隐居变俗使沙门在形式上表现为“内乖天属之情”，“外阙奉主之荣”，但实质上能令“道洽六亲，泽流天下”，起到“协契皇极，大庇生民”的作用。慧远的这种思想，使佛教走上了自觉为整个封建制度服务的轨道。这一大方向，此后再没有发生重大变化。

　　慧远特别重视的佛教理论，不是当时盛行的般若学，而是佛教的神学基础，三世报应说。他在《沙门不敬王者论》、《明报应论》、《三报伦》等文中，反复阐发这个主题。他大力提倡的神不灭沦，具有鲜明的中国特色，也是使三世因果说能够确立起来的支柱。他和支遁一样，都是从《庄子》的相对主义不可知论出发，以为人的视听有限，所以不知有“神”和“神界”；但一旦超出常人耳目，就可以体认到另一个世界，或日“安养国”，或曰“涅槃”。能够超越常人耳目的途径，是禅定神通；能够使人达到涅槃安养的，则是清除精神污染，使“神”不再受生死之累。“神”，是存在于此岸世界和彼岸世界的一种“精极而灵者”，“感物而非物，故物化而不火；假数而非数，故数尽而不穷”。“物”指身形，“数”指寿命，形死寿尽而神不灭，这是慧远为中国佛教奠定的最牢固的神学基石。

　　“神不灭”是中国传统信仰祖宗崇拜的前提，在《孝经》、《周易》、《庄子》等经典中都有表现，但时“神”的性能，却缺乏具体规定。佛教小乘犊子、有部和大乘涅槃、唯识等派别，虽从不同角度对不灭的神给予肯定，但总是羞羞答答，形象模糊。至于佛教的其它派别，特别是魏晋流行的般若经类和大乘中观学派，更是持断然否定态度。慧远比较细致地论述了神与情、识的关系，指出了去情识、存神明的解脱之路，是他把中国传统与外来思想结合起来，形成中国佛教特有的神学理论的重要创造。