感到再留在江都已毫无意义，师徒之间貌合神离的关系又呈现出紧张。
　　 开皇十六年（公元596年）三月二十日，智 再次请求离开江都，他修书杨广曰：“天台既是寄终之地，所以恒思果遂，每嘱弟子，恐命不待期，一旦常身充禽鸟，焚烧余骨送往天台，愿得次生还栖山谷，修业成办乃可利人。”[（121）]话说得是如此沉重，竟提到“寄终”、“余骨”，心境之悲凉，可想而知。不日，智者与晋王见面，当面告辞，“麾盖入谒，复许东归”[（122）]。杨广企图利用智 的政治图谋再一次落空了。
　　 智 何时启程回天台山，僧俗史料记载不详，其门人灌顶所撰《隋天台智者大师别传》仅云：“王入朝辞归东岭。”《国清百录》卷三智 给杨广的遗书称“在山两夏”，则肯定在开皇十六年（公元596年）春天。据《佛祖统记》卷六：“王不敢留，遂行，吴越之民扫巷以迎，沿道令收幡华交侯。”离别十二年又回到天台山，虽“寺久荒芜”，但智 因摆脱了江都的政治樊笼，回到了大自然，心情格外舒畅。智 “雅好泉石，负杖闲游”，深自吟叹曰：“虽在人间，弗忘山野，幽幽深谷，愉愉静夜，澄神自照，岂不乐哉。”[（123）]智 因得静下心来，“专治玄义，进解经文至佛道品，为三十一卷”[（124）]。开皇十七年（公元597年）八月，会稽嘉祥寺吉藏大师请智 去讲《法华经》，智 亦拒而未赴[（125）]，看来智 的确是需要安静。
　　 开皇十七年（公元597年）十月杨广又一次朝父母后归藩，也许是文帝问及智 的动向并有所指示，杨广又“遣行参高孝信入山奉迎”[（126）]，且似乎有不得违旨之命。智 见杨广仍不放过自己，乃“散什物用施贫”，“又画作寺图以为样式，诫嘱僧众”。在预示了自己必死之后，大师启程。行至石门，乃云有疾，谓弟子智越等曰：“大王欲使吾来，吾不负言而来也，吾知命在此，故不须进前也，石城是天台西门，天佛是当来灵象处所，既好宜最后用心”。即口授遗书并亲写四十六字给晋王，其书略云：“莲花香炉、犀角如意，是王所施，今以仰别，愿德香远闻，长保如意”[（127）]。封竟，索三衣钵，命净扫洒，以十二月二十四日未时安祥入灭，春秋六十，僧夏四十。

　　 　　五、殉道者的遗言和王者的追求

　　 关于智 的死，中外不少学者提出质疑，认为智 不是正常病故，而是遭“政治迫害”而亡[（128）]。又因杨广后来成了著名的暴君，迫害智 的祸首自然算到了杨广头上，遂成为一桩千古疑案。杨广与智 交往前后六年，二者的关系因种种因素的搀杂而显得十分复杂，我们有必要拨开迷雾指出二人交往的实质，并作出客观公正的评价。
　　 智 临死时给晋王长长的遗书，对自己一生弘法作了总结，其中提到的“六恨”被认为是他遭到政治迫害的主要证据。遗书开头即云：
　　 贫道初遇胜缘，发心之始，上期无生法忍，下求六根清净，三业殷勤，一生望获。不谓宿罪殃深，致诸留难，内无实德，外招虚誉。学徒强集，檀越自来，既不能绝域远避，而复依违顺彼，自招恼乱，道德为亏，应得不得，忧悔何补。[（129）]
　　 智 以沉痛的语气述说自己出家弘法只求六根清净，想不到无法切断尘世的烦恼，他想远避绝域远离政治而不可得，而不得不“依违顺彼”，他认为这是“上负三宝，下愧本心，此一恨也”。其第二恨为“再负先师百金之寄”。此外，他提到荆州法集被官司解散之事（五恨），和在江都被监视而无法传教之状（三恨），言辞暗含忧怨。大师又叹曰：“又作悬念，此处无缘，余方或有，先因荆潭之愿，愿报地恩，大王弘慈，霈然垂许。于湘潭功德，粗展微心，虽法缘者众，孰堪委业？初谓缘者不来，今则往求不得，推想既谬，此四恨也”。在智者看来，大隋一统天下似乎没有他自由传教弘法之地。最后一恨他说：
　　 既再游江都，圣心熏法，令著《净名疏》，不揆暗识，辙述偏怀。玄义始竟，麾盖入谒，复许东归。而吴会之僧，咸欣听学。山间虚乏，不可聚众。束法待出，访求法门，暮年衰弱，许当开化，今出期既断，法门亦绝。[（130）]字里行间充满痛切激愤之情，表达了一位殉道者对于世道不公的最后抗诉。
　　 然而，智者大师的申诉并非指斥弟子杨广，时晋王年岁仅16岁，上有父皇和太子杨勇，只是一个藩王，不是杨广说了就算。而大一统的天下大势又要求意识形态的高度统一，统一政权要求有相应统一的宗教，建立为王朝所用的最高神学。隋文帝在灭陈后不久就敦促智 要“以同朕心”，和朝廷保持一致，智 却非但不主动归依新朝，反而不愿“依违顺彼”，要“绝域远避”，“虽在人间，弗忘山野”，想自由地弘法传教，显然不容于当世，有悖于当时的政治情势。对于杨广来讲，他坐镇江都，受命统领旧陈之地，必然要做加强思想意识形态领域统一的工作，由于智 在江南宗教界的声望，杨广不仅要控制智 ，还想利用智 ，就像拉拢利用江南道教首领王远知一样。王远知束手就范，但智 却凛然不附。智者的孤傲不屈固然可贵，而杨广对桀骜不驯的大师却也自始至终没有粗暴简单地施之以迫害，而是颇有耐心地一次又一次地延屈，施之以惠，竭尽全力地拉拢，希望软化智 ，使智 感恩就范。即使在江都对智者进行了严密监视，却也是暗中而不敢当面，而当智 察觉坚持要走时，杨广当即放行。这就不能认为杨广以政治强权迫使智者接受了自己的意志，即使是最后敦请智者离天台山来江都，也没有逼迫的直接证据。智 门人灌顶编纂的《国清百录》收录了杨广与智 往来信件40多封，杨广每封信都必称弟子，言极谦恭，没有丝毫王者的口气相逼迫。智者大师对弟子杨广也始终是十分尊重的，临死之时，仍将其遗著《净名义疏》三十一卷交付给杨广，并嘱请杨广为南岳大师慧思作碑颂，又“乞废寺田为天台基业”，并请度僧，“为作檀越主”。智 说：“此等之事，本欲面咨，未逢机会奄成遗嘱，亦是为佛法为国土为众生”[（131）]，希望杨广护持天台教团。杨广对智 的拉拢抱有明显的政治图谋，遭到智 抵制未达目的也是事实，但从他们交往的事实来看，很难说晋王杨广对智者大师施行的是政治迫害，即使是遗书“六恨”也难以看作是遭受迫害的证据。