神会其时年幼无知，于六祖之意未能领会，却答无住为本。然六祖自云“我此法门，从上以来，先立无念为宗，无相为体，无住为本"，为什么又不肯神会之说呢？六祖所说“无住为本”，乃此宗法门之本，虽然“无住者，人之本性”，但若只是认定无住即众生之本就会于无住而生执着，反成系缚。六祖所问的是众生之本而非教法之本，而众生之本是不可言说的。六祖发问实是一种诱导和启示，引导神会回向反思，开取自家宝藏，并不要求神会直接回答。神会不解祖意，开口便说，是以遭到呵斥。无住为本本身并无错误，但无住只是人之本性的一个方面，为佛性的一种体现，若认此为唯一根本，就大有问题。
  神会又云见即是主，此与无住为本相联系，成为其最初且贯穿其一生的佛学思想。无住为本是讲体，见即是主是说用。神会以为，体本无住，故冥心虚寂，一念不起，虚寂之体即是真空；虚寂体上自生灵觉，智慧知解即是观照之用，大用现前便是妙有，此即所谓“真空为体，妙有为用”（《显宗记》，杨曾文编校《神会和尚禅话录》52页）。
  神会的这一思想源自大乘中观派，强调体无用有。禅宗本来亦融合了中观派理论，六祖惠能因闻《金刚经》而悟道，并多次强调念摩诃般若波罗蜜。然此宗根源，在于萨婆多部以来的大乘有宗，特别是继承发展了其佛性如来藏思想，故虽然总合两宗，却是以有宗为体，空宗为用。惠能在受法五祖以前对般若空宗特有体会，但五祖对之不加深肯，云其亦未见性，就是因为其时他对禅宗宗旨还未能真正理解，后来他夜闻真法，方知自性是佛之旨。六祖自己经历过从空到有、一合空有的思想发展历程，故对神会大加斥责，促其反省，以使之更进一步，领会有宗一派体有用空的真旨。有宗以为，真如本体、佛性本源不动不变，不生不灭，一切具足，无欠无余，是为常恒不变之妙有，由此不动之体，现而为萬象，起而为诸用，此等相用变化无方，并无自体，其性空无，故而为真空。是故同样说真空妙有，两宗义解有别。空宗强调体无用有，依无而有，由虚寂真空之本体而起灵智等妙用；有宗则强调体有用无，依有而无，由圆满具足之本体而起幻化之相用。有宗之说，如月映萬川，由斯真实之一体而显种种幻象；空宗之说，如镜现众像，由空寂之一体而现有形之像。个中深意，原非十三岁童子所能知，故六祖不肯其说，更启大法，意其自知己过，再接再厉。
  据《坛经》记载，神会见六祖不肯，意下不满，便反问六祖坐禅见与不见。神会年纪虽小，却颇为聪明，他给六祖设了一个圈套，禅定为体，由斯定体而生智慧知见之用，六祖若是答见，则神会见即是主之说，若答不见，则坠空寂，无有智慧。这当然难不住六祖，于是将计就计，以杖击之三下，问其痛与不痛。神会恐落边见，回答亦痛亦不痛，六祖故意说亦见亦不见。神会便问如何是亦见亦不见，想籍六祖答语来回护己说。六祖言道，我常见己过，不见人非，是以亦见亦不见，而你道亦痛亦不痛如何？若不痛，即同木石之无情；若痛，即与凡夫无别，会生起恚恨之心。见不见是两边，痛不痛是生灭，俱不可取，你不见自性，自己心迷，竟敢戏弄别人！神会礼拜谢过。六祖又道，你若心迷，应虚心求教；你若心悟，即自见自修。汝心自迷，却来问我见与不见，我见不代你迷，你见亦不代我迷，何不返向自见，却来管我之迷悟。神会百拜忏谢，从此留作侍者，不离左右。
  由此可知，六祖之杖击问语，不过是巧设方便，以引导神会察知己过，领悟大法。神会初答不合祖意，遭到呵斥，却不思己过，反过来戏弄六祖。六祖始觉其溺于空寂知解之边见，欲加超拔，又察其自作聪明、骄黠弄人之伎俩，故以杖设机，引其自暴己过，然后痛下针砭，更示治病救人之大慈。神会受此棒喝，聪明自骄的毛病有所改变，但重视知见的观点却依然如故。一日六祖告众曰，吾有一物，无有头尾背面，亦无名字，诸人识否？此一物即是六祖所问怀让“什么物”之物，实指本源佛性，但佛性不可言说，故六祖谓其无名无字。六祖此问，是让学道者默识自体，心下自证，并不要求回答，故大众不语，只有神会冒然出曰：是诸佛之本源，神会之佛性。这首先是神会的一种进步，因为六祖所云之物与先时所问神会之本是一回事。经过六祖的诱导教示，神会已认识到佛性为本，对禅宗宗旨有所体会，但他冒然开口说破，完全破坏了六祖设机示法的用心，使学者对自性本源的体认拉回到文字义解的认识上，这表明神会依然未除炫示聪明、偏重知解的习气，难怪六祖预示其日后只能成个知解宗徒。
  依照《坛经》记载，其时六祖不肯神会，而根据神会后人及尊崇者的记述，六祖却是充分肯定神会，是非曲直，不易分辨。宗密《圆觉经大疏钞》卷三之下云：有襄阳神会，年十四，往谒。因答“无住（原作“校”，依《传灯录》改）为本，见即是主（原作“性”，依《传灯录》改”，杖（原作“校”，依《略钞》改）试诸难，夜唤审问，两心既契，师资道合。
又据《大乘顿教颂序》：荷泽和尚，……在幼稚科，游方访道，所遇诸山大德，问以涅槃本寂之义，皆久而不对，心甚异之。诣岭南，复遇曹溪尊者，作礼未迄，已悟师言，无住之本，自慈（当作兹）而德（当作得）。尊者以为，寄金惟少，偿珠在勋。付心契于一人，传法登（当作灯）于六祖。（杨曾文编校《神会和尚禅话录》112页）这表明神会后人及其尊崇者一方面都承认神会强调无住为本，一方面都认为神会为六祖正传。“无住为本，见即是主”是否符合六祖之意前面已然明述，神会是否得到六祖真传下文再讲，这里需要澄清的是，六祖“这沙弥争合取次语”究竟何意，又缘何杖责神会。
  依照《坛经》，六祖此语明确表示不肯之意，而之所以杖责神会是因其自迷不知，尚且弄人，也是为了诱其自暴己过。但据宗密之说，似乎六祖相责只是为了怕大众得知，暗示其与五祖云惠能之偈“亦未见性”一样，其以杖乱打也是故加磨练，以对之进行考验。依照敦煌本、宗宝本《坛经》，六祖初闻神会答“无住为本”时只是以言相斥，并未加以杖责，这更符合情理。试想六祖不可能因一语不契便轻易对一个十三四岁的童子杖责，其击之三下也只是方便设教，使其略感痛痒而已，绝不会不知轻重地乱打一气。若云六祖因神会答“无住为本，见即是主”而大惊，故意在大众面前加以杖责，尔后在夜间偷偷传以大法，以效得法五祖之故事，就会令人觉得可笑了。首先，神会答语并不符合六祖之意和禅宗宗旨。其次，六祖之门，人才济济，岂会轻易将大法传于一个十四岁的小沙弥！王维明言神会“闻道于中年”，表明神会自以为待至六祖辞世时才得法要（其时神会三十岁），并非初见六祖便蒙传授。