中华民国南京临时政府成立后，太虚便赶到南京。在太虚看来，要想进行佛教革命，首先必须联络全国有志僧青年，取得他们的支持，方能逐步展开，而联络他们的最好方法，便是成立一个全国性组织。为此，他在南京与释宏模、观月等发起成立佛教协进会，并在毗庐寺设立了筹备处。此时由于社会连年动荡，毗庐寺方丈溥常竟在寺内开设澡堂以维持生计，而中国社会党支部等社会团体也设在寺中。太虚在毗庐寺起草了佛教协进会的会章、宣言等，准备呈南京临时政府备案。恰巧太虚熟识的一个社会党党员戚某是孙中山先生的同乡，时常出入总统府与孙中山会面。这天，在戚某的带领下，太虚前往总统府拜谒孙中山先生。孙中山在百忙之中接见太虚，并且委托其秘书马君武同太虚详谈。太虚借此机会详细阐述了自己想要进行佛教改革，并已在筹备组建佛教协进会的事，得到了马君武的肯定和赞许。
　　太虚回到毗庐寺，积极着手筹组佛教协进会的工作。恰在此时，太虚在祗洹精舍时的同学释仁山来到南京。仁山早年习儒，天资过人，14岁时以同榜第一名的优异成绩考中秀才。1905年，18岁的仁山应举人试却意外落榜，性情刚烈的仁山一怒之下，赴金山寺剃度出家。1907年，扬州天宁寺释文希获扬州、镇江各寺院出资，开办了普通僧师范学校，仁山即前往求学。学校依照日本佛学教育模式，除教授佛学外尚有英、日文课程，并聘有日本教授。仁山在学校因成绩突出深受校长文希器重，可惜不久因文希被佛教守旧势力诬告入狱，学校停办。不久。杨文会创办的祗洹精舍招生，仁山便入内就读，恰与太虚同学，然而没过多久，祢洹精舍又因经费不足而停办。与太虚分手后，到1909年，江苏僧教育会在南京三藏殿开办僧师范师学堂，仁山亦入学其中。江苏僧师范学堂先后由月霞、谛闲充当学监，收学僧百余人，分成戒定慧三班。仁山学业优异，为人中翘楚，然而却时受排挤。原来仁山先前剃度于金山寺观音阁房头，而房头僧在传统佛教子孙制制度下辈分低，深受一般寺僧的欺压，因而仁山及其同辈对之十分不满。辛亥革命后，僧师范学堂停办。仁山准备上书临时政府教育部，要求废除论资排辈的职事子孙继承制，通过兴办僧学来培养侍持，职事等佛教接法人。当仁山到南京后，听说太虚亦正在毗庐寺，便赶来见。老同学相见，欢喜异常。自有一番畅谈。
　　这天晚上，太虚、仁山在毗庐寺抵掌而谈。仁山向太虚叙说了自己对佛教界种种弊端，尤其是子孙制的强烈不满，说正打算上书教育部，请求将金山寺改为僧学堂以造就僧材。太虚一听，仁山的想法与自己在某些方面真是不谋而合，于是也把自己的想法一锅端出：近代以来，众多贫民子弟削发为僧仅仅为羡慕寺产供养，而不是完全出于信仰；加上染有迷信而不是原要本智信的教义已难以从内心吸引他们，传统戒律而不是人格自律又难以外在地约束他们，致使众多僧徒不学无术，安于固陋，从而导致传统佛教步步危机，几近穷途末路。而要使中国佛教能够在几乎被社会唾弃的环境下生存、发展，决非办一僧学堂即可解决问题。因而自己正积极谋求对传统佛教进行全面改革，以建设中国新佛教，昌明佛法于人间。仁山一听，对此大感兴趣，忙问太虚具体作法，太虚拿出业已草拟完成的佛教协进会的章程，说要想改革旧佛教，建设新佛教，当务之急是联络同志，因而自己正准备筹组佛教协进会，作为推进佛教改革的组织基础。如果进行顺利，则兴办僧学也是其中一个重要环节。仁山听了，不由得大喜，连声说道，自己在金山寺尚有数十位老同学，不防一同往镇江，陪合众人，共图改革大业。太虚虽主张协进会址设在南京，但觉得成立大会在镇江召开也无妨。
　　在仁山的建议下，1912年1月，太虚同仁山等来到了镇江金山寺。金山原名浮玉山，相传唐代僧人法海开山得金，献与皇上。皇帝复赐回以建寺，始称金山。北宋时，因真宗梦游金山寺，曾改为“龙游寺”。清康熙皇帝南巡时又赐名“江天禅寺”，俗称“金山寺”。寺依山而建，由山下寺门至山顶，亭台楼阁，层层相接，殿宇厅堂，幢幢相连，其势十分雄伟。金山寺向为中国著名禅宗古刹，据传在唐宋全盛时期，竟拥有三千僧众。清代亦为江南四大丛林之一。多年来，由于“梁红玉擂鼓助战，韩世忠击退金兵”以及“白娘子水漫金山”等传奇故事在民间广为流传，致使金山寺名闻遐迩。　　
　　多年以前，当太虚还是个孩子时，曾随外婆外出进香，路经金山寺，并入寺瞻礼。如今，十多年过去了，当时的无知顽童，已是心怀凌云壮志的佛门后起之秀。想到此番肩负重要使命而来，太虚不由顿感意气奋发。太虚等人在观音阁安顿好以后，便一起去拜访金山寺方丈青权、监院荫屏、知客霜亭等，向他们阐述了自己打算假借金山寺地方，召开佛教协进会成立大会，以革新与复兴佛教的主张。而以青权为首的金山寺守旧势力对此颇不以为然，加上与仁山等早有夙怨，因此对太虚一行疑忌甚深，只是慑于革命风潮，又见太虚等人多势众，一时不敢公开反对，只能暂时隐忍，相机发作。为此，青权特意派人前往扬州，约请扬州僧人寂山等来金山寺助阵。
　　与此同时，太虚等为开会作着积极准备。他们一方面选定并布置开会会扬，印发会章、宣言，一方面则发函通造镇江、扬州、南京、上海等地僧众以及镇江当地军、政、商、学各界人士，约他们同到金山寺参加佛教协进会成立大会。至于如何对待青权一伙的问题，在太虚看来，他所创建的协进会会章中虽含有以佛教财产办佛教公共事业的社会革命意味，但采取的手段是和平的，也会给他们留出路。因此对别的后果也并未多加考虑。到了佛教协进会开成立大会的这天，各地赶来的僧众有二三百人，而镇江各界代表也到了近三四百人。在这其中，尤以镇江社会党员占据多数。以太虚与社会党的特殊关系，社会党员此番前来，自然是为太虚壮声势。
　　大会开始时，太虚被推选为会议主席，上台阐明了佛教协进会设立的宗旨，并且宣读了协进会章程。紧接着仁山上台发言，他指责了传统佛教的剃度制与子孙住持制，认为这种论资排辈的旧制，阻碍、压制了年轻有为僧人的成长；从长期来看，也是导致传统佛教日趋衰败的根本原因，理应予以废除。谁知仁山话音未落，即有扬州僧人寂山上台演说，批驳仁山发言，指责仁山等人无端昌犯祖制，实属年轻人意气用事，胡作非为。而血气方刚的仁山听了寂山的斥责，更是怒火中烧，便再次登台，历述青权、寂山等扬州、镇江诸山长老昏庸无能，专谋私利，在寺庙内搞少数人专权，压制有识之青年僧。仁山的发言受到来宾的热烈欢迎。于是他趁机提出，就以金山寺开办佛教学堂，将全部寺产充作办学经费，以培养僧材。青权等人一听此言，当即发作，表示决不能容忍仁山等人如此作为。寂山更是蠢蠢欲动，高声叫喊手下，意欲殴打仁山。一时间，群情骚动，会场秩序大乱。在此关键时候，来宾有人用手杖击寂山头颅，并且高声大喊，谁敢扰乱会场，必将严惩不贷。这时众人把矛头指向寂山。青权等人一看大势不好，会场中拥护他的人只有极少数，因而一时间也不敢轻举妄动，只好听凭仁山等人控制局势。