从总体上来说，整部著作由“通释”联系横的方面，涵盖广度；“别释”则为纵，而形成深度。具体而言之，由于通、别两部分均约五章而论，故各自又成纵、横结构。也就是说，当“通释”在广度上展开时，“五章”从深度上进行阐述。而当“别释”专注于深度时，五章则又在横面上拓展，形成广度。另外，《法华玄义》的整个诠释如涓涓溪流，每一部分的讨论都互相关联，呈一逐步扩展的态势：“通”和“别”两大部分互为补充，第二大部分“别释”是第一大部分“通释”的延伸和扩展。“通释”是为了检视《法华经》与其余诸经的共通之处。因此，五章得以通申诸经。“别释”是区别两者的不同之处，五章特别用于诠释《法华经》的宗旨。

　　 作为诠释经典的体例、文本组织的架构以及开展论述的宗旨，“五章”之重要性不言而喻。换言之，“五章”是智顗对所有佛经所含精髓的概括性总结。既然五重玄义乃蕴含于诸经中，那么所有的佛经都可用这五重玄义来作诠释，并可从这五个方面来加以把握。另外，“五章”不仅是智顗诠释佛经的方法体例，也是他用以组织其学说的方式，亦是文本得以有序开展的手段。是故，在五章框架下的对于《法华经》的诠释便是大师自身思想体系的显现了。[9]而作为《法华玄义》的文本结构，五章则是智顗思想体系连贯一致的基础。就结构上来说，五章是庞大的著作文本的支柱；就理论上来说，五章组织了整个的讨论领域，使智顗对《法华经》的诠释得以开展而体系完整。

　　 除此之外，因《法华玄义》的理论建构由“四教义”贯穿之，故四教义是衡量每一部分诠释的准绳，最显著的例子就是智顗对十二因缘境和四谛境的描述。对这两类真理范畴的理解分别是四种，相应于四教义。因有四种理解故，而有四种十二因缘。“思议生灭十二因缘”是藏教之境，“思议不生不灭十二因缘”是通教之境，“不思议生灭十二因缘”是别教之境，“不思议不生不灭十二因缘”是圆教之境。再者，因对四谛境有四种理解而产生四种四谛境。生灭四谛、无生灭四谛、无量四谛以及无作四谛一一与藏、通、别、圆对应。[10]此外，二十种契入各类真理之经的智慧可划分为四类，分属于四教。[11]对于实践之行的阐述也是在四教的范畴中进行的。具体而言，每一教都以约教增数而明行。[12]四教之不同的实践之行便导致不同的修证果位，分别属于四教的范畴。[13]对三轨（真性轨、观照轨、资成轨）的检视也是在四教义的标准下进行的，故三轨在四教中各具不同的定义。[14]显然，四教义是智顗用来建构《法华玄义》的理论准绳，能统摄所有的佛教教义，使各种佛说成为一个圆融互补的整体。《法华玄义》是具体运用四教义的典范，而对四教义本身详尽的阐述则见于智顗的著作《四教义》。吴汝钧先生对四教义的重要意义曾作过如下的评论：

　　因其（四教义）理论的全面性和清晰性而超越于其它理论之上，这一点是不能忽视的。这个理论证明了智顗对佛教教义的透彻理解，并展示了其自身对何以为圆融佛教的观点。[15]

　　所以说，四教义的理论代表了《法华玄义》的理论结构，也是将智顗佛学理论贯穿起来的体系，在这一体系下，大、小乘教义不再分裂，而是一个相辅相成、连贯一致的整体。此一判教体系之重要性不言而喻。它使不同的佛说得到了统一，并可作为判定各教粗、妙的工具，以揭示不可思议之妙法乃含方便之权法和究竟之实法。同时，这一体系也圆满地解决了佛教中大、小乘教义互相矛盾的状况，将不同的佛说皆归结为蕴藏着佛陀普令众生成佛的真实意旨。四教义的引介不仅使不同的教义得到了合理的解释，而且还使之全部汇归于圆教，而成一既含诸法差异又是唯妙无粗的圆融实相。也就是说，当四教分开来看时，他们可以被判为粗或妙，权或实。但当从实相的角度出发将诸教统一起来检视时，四教之间即互相认同，无分无别，融为一纯妙无粗的境界。