关于禅宗的哲学写作，特别是铃木禅学写作的批评，上文已经讨论过，[48]这里主要讨论Faure对于日本禅历史学方法的批判。Faure认为，自宇井伯寿、关口真大和柳田圣山等学者的禅学著作的问世，似乎把禅学的研究带入了“客观主义历史学”的时代。但Faure发现，他们写作中的历史批判的方式还不够彻底，很大程度依然因袭在传统禅宗系谱所建构的系统内。具体说，Faure发现这些日本禅历史学的书写背后，同样隐藏了某种宗派主义的观念影响。如他批评这些禅史研究虽然应用到新发现的禅宗文献，特别是敦煌文书，但是这些资料的作用，只不过是给他们为传统禅宗系谱的结构增添些更详细的旁证，或者仅作一些微小修补而已，而并没有触动这些禅史学者们进一步去怀疑和批判传统禅宗所虚构的谱系结构本身。Faure认为，之所以如此是由于这些史学者大都是出身于佛教宗派的门徒，他们的宗教立场最终影响到他们贯彻批判的历史学方法。于是，他注意到，日本禅学的历史写作中，流行的是狭隘的文献学知识类型，这种方法忽略了文献以及作者本人所具有的修辞的性质或宗派主义的立场。他指出，日本禅历史学的写作并没有完成“客观主义的”历史叙述，所谓“客观”中立的禅史研究其实是不存在的。Faure借James Boon的话说，中、日历史学者对客观历史学方法的期待，只是建立在对西方启蒙精神最为持久的，同时也是简单化了的理解基础上。Faure的批判让我们注意到，即使这种被禅学研究界所标榜为“经典化”了的写作方式，仍然与社会政治和宗教意识形态之间存在复杂，而且是微妙的互动关系。[49] 基于此，Faure才把他的研究重点放在被传统“正统性”的系谱结构所排斥于外的那些禅宗系统的梳理上面，而且为了贯彻他批判的历史学精神，他特别以社会文化史，而非一般思想史的视角去廓清禅宗系谱背后的权力运作，他的北宗史的研究就是以“正统性的意欲”（the will to orthodoxy）为中心问题而展开的。如他对于北宗净觉的分析就有很多发明，他详细考辩了净觉的有关资料，并把他放在特定的历史时空中进行观察，结果发现净觉自称为达磨的信徒，乃在于他试图建立不同于神秀系统的传承，他把《楞伽经》视为历代祖师传心的依约，并不是在于他看重该经的内容，而是想借此为自己建立作为“正统性”地位的护符。Faure发现，净觉的思想其实并不接近于《楞伽》，而恰恰是倾向于荷泽的一系。[50]

在这方面，McRae也持有类似的洞见。他也发现，来自敦煌写本的证据大都只“被用来在原有的传统图像上加绘一些更美的特点，只是在前述的系谱模式上加添知识上引人瞩目的细节，”或“使用敦煌写本来补充对禅宗的认识而非彻底改变对禅宗的认识”，其结果是一面如有关达磨、慧能或其他禅宗人物的“肖像”被不断充实，“而没有在实质上改变用以呈现这些人物的构架”。他把这种“和传承模式一致的方式来描述禅宗”，仅仅是“复制一个继承来的符号系统”的书写方式批评为“念珠式的谬见”和被动地屈从于宗教“领导霸权”的“智性上的病症”。[51]与Faure的看法一样，McRae指出，这种过于信靠传统的“简单方法论”忽略了禅宗发展过程中潜在的政治和社会思想的影响面。

为此，他们对禅宗研究上所谓“史料”的观念进行了重新的批判。如McRae特别要求禅宗史的研究必须首先区分传统禅宗的“史传”（legend，主要是各种灯录资料）文献与禅宗“历史”的不同，因为“史传”大都是禅宗宗派为了塑造“自我肖像”（self-image）而有意识地“制造”出来的，而“历史”则是对禅宗学派发展的文化和思想实在进行现代的理解。“史传”，特别是那些“灯录”，在某种传统内部所叙述的师徒间的传承系谱，不应该被简单视为“历史”意义上的真假“事实”。McRae提醒我们记住，“史传”文献的制造大都含有为自我宗派的合法性进行宣传或论证的目的。[52]Faure在处理北宗历史时，也注意到“史料”背后的宗派意识形态和权力的关联。如他在讨论敦煌文书《传法宝纪》与《楞伽师资记》的关系时，特别意识到这两种时间上相距很近的有关早期禅思想纪录的文书，实际上存在相当大的差别。如《传法宝纪》在思想上突出了禅的“教外别传”和不立文字的一面，并不象《楞伽师资记》那么强调禅的传承必须以《楞伽经》为依据。尽管这两个文献都是现存有关初期禅宗系谱的较早资料，但Faure认为，由于他们思想性质的不同，这反映了当时北宗门下的思想并不是如许多人所简单化了解的那种铁板一块的单一观念，而是存在不同法流的传承。因此，不仅早期禅的那种单一化的谱系结构需要重新批判，而且也不能因为这两个文书在时间上早于其他禅宗史书，就简单当作“信史”使用，应该意识到这些文书背后仍然隐藏了不同宗派的立场修辞和意识形态。[53]

Faure还分析了现代禅学写作中普遍存在的另外一种，他称之为“目的论的谬误”（teleological fallacy）。所谓“目的论的谬误”，简单说是指把作者当下的历史观和立场强加到对过去历史的解释中。如为了宗派的目的，而有意识地回避新史料的挑战，坚持传统的“南顿北渐“之说，为南宗的”正统性“张目，甚至把神秀“曲解”为渐教的异端（铃木的禅学写作）；又如，以各自对于西方现代性的不同立场，分别以“进步”和“衰微”，“理想化传统”和“丑化传统”的现代历史观去简单评判禅的历史发展等（分别指胡适与铃木的对立）。Faure认为，表面看去，这种方式与客观主义历史学方法不同，而其实这两种极端的方式之间恰恰是互相强化的。具体说，这种“目的论的谬见”源于一种认识论的预设：“时间的单线进化”或“传统的单线进化”，最明显的，如禅宗传统所建立的那种师徒单传的谱系结构。Faure根据福科知识考古学的观念，主张历史本身并不是“连续性的类型”，禅的历史发展经常是断裂的，他们也不一定都发生于一个共同的源头，而是多元发展和分头弘化的。但是传统的禅宗史书，以及受这一传统历史观念影响下的现代学者，大都在单一和线型发展的叙事结构中来叙述禅宗的历史。所以尽管敦煌文献的发现，使他们对早期禅的人物和思想研究有不少新的进展，但是由于没有意识到早期禅的传法结构本身的问题，这些研究仍然是在单一起源的意义上来理解禅宗的发展。如关于达磨的重新检讨，依然试图以达磨为源头去梳理禅宗各系的发展。Faure指出，历史上许多禅的系统其实是独立发展的，如楞伽宗、东山宗、北宗、南宗和牛头宗等，他们之间并不都是存在着思想上的“连续性”，更不是从达磨那单一的起源演化出来的，传统禅的传法谱系只是为了“正统性”（orhtodoxy）的需要，才诉求于这种“连续性”的、而且是单线的法脉传承观念来支持，从而经常是虚假地编造出一种连续不断的，单线进化的谱系传统。Faure把这一谱系传统称为“作为隐喻的传统”（tradition as metaphor）。如他对道信的分析也就非常有力的支持了他的看法。[54]作为老练的学者，Faure一面提醒学者不要简单地在这一既定的谱系结构中来进行禅学的写作，同时他也反对胡适那种把这一谱系简单地都看成是谎言的粗暴做法，而主张以“诗意的行事话语”来理解禅宗的传法系统。这里所谓“行事的”（performative）方式，是指对于禅宗的文本读解不能只看其“意义”的层面，更要注意这些文本的意义与其背后的宗派权力和政治意识形态之间的关系。因此，他表示自己理解禅宗的历史，并不是要轻易地丢开这些“史料”，而恰恰是要以批判性的方法，把所有这些“话语”都视为相关的材料，重建禅宗的历史。[55]