明清之际，浙江宁波、杭州、绍兴、嘉兴及江苏的苏州、南京等在当时都是江南佛教的中心区域，分别以密云圆悟、云栖袾宏、湛然圆澄、雪浪洪恩、汉月法藏、觉浪道盛等为代表僧人，他们不仅是享誉于佛门的教化领袖，而且在社会士绅中同样有着广泛的影响。而随着浙、苏、闽、贑等地呈现出佛教繁盛情形，当时文士官绅与出世僧人的交往活动，由于名僧云集、丛林遍布而益显密切，这固然有“东南形胜之地”对文士雅趣的区位吸引力，更重要的是江南地区讲会、学社形式的学术网络相当发达，且活动频繁。文士竞名逐利的科举仕途，甚至波及到作为出世清修的佛教寺院。乃至于在某些佛门名刹中，同样可以受到相当完善的科举应试教育。这使得僧俗之间、世出世间的知识界限更为模糊。这种典型的知识教育环境，无疑为学僧与士绅之间的知识交往提供了广阔空间。
　　 透过士绅与佛僧的知识交往活动，当人们谈论晚明时期“心学逃禅”、“阳儒阴释”之类的儒佛交涉现象时，最值得考察当推江浙地区的演进情形。作为阳明良知心学的主要策源地，中晚明时期的江浙士人的儒佛之辨，呈现出了不同的思想类型。在阳明亲传弟子（如王龙溪）中，主要以倡发良知体认为宗归，而在浙中王门的二传及三传弟子中，则呈现出良知体认混同于禅门悟境的趋向。如周海门（汝登）、陶石篑（望龄）之于湛然圆澄（所谓“湛然禅”），陶石梁（奭龄）及四明准遗民们之于密云圆悟（所谓“密云禅”）。这种毫无忌讳的引禅入儒乃至弃儒逃禅的思潮取向，严重地影响到儒家主导下的社会教化模式，不仅引发了学术歧异的日益明显，更遭到了以刘宗周等人的强烈抵制，开始转向严分佛教禅学与阳明心学强限，力辟“跻阳明为禅”或“阳明禅”。为此，刘宗周等人力主以“证人”而不是“修佛”为宗归，极为明确地以当时佛门中人（如云栖祩宏、袁了凡）经过佛教化改造的“功过格”为论敌，进行纳归于儒家教化范式的重大修正，以“人谱”的形式加以推广。这种情形说明当时儒佛交涉的普遍处境，实际成为儒、释两教在现实的民众生活中如何争夺教化主导权。
　　 同样的情形还出于佛道交往中。从佛道会通的诠释历史来看，如果说东晋支道林等佛僧的“格义”佛教，首开以佛法义理附会老庄道学之风习，那么经过唐宋诸代佛道学子的诠解工作，到晚明丛林的佛道会通，则可说是已经完全摆脱了佛法附会于道学的从属性，全面确立了以佛法知见判释老庄之学的主动性。因此，对于晚明的丛林尊宿们（如憨山德清）来说，从以佛摄道的会通诠释中，更能够以佛法知见全面审察儒道二家引佛禅入道的诠释取向。诚如宋儒所言，庄学大类于佛教禅学，道教教徒（如陆西星）亦以为庄语大类禅语。儒、道二家皆以庄学类似于佛教禅学，对此成见，晚明僧人作出了基于佛法知见的回应。鉴于庄学作为中国天人之学的传统代表，据此扩大言之，这种响应同时也就构成了对中国传统天人之学的回应。在此意义上说，以佛法知见观照下，全面而完整地审视中国儒道传统的天人之学。因为只有通过对中国儒道传统天人之学的整体审察，才能真正深刻地领略到佛法出世解脱智慧的殊胜功德，有力地回应三教归一思潮下对佛法的冲击。这可说是晚明丛林佛道会通观念中最为重要的思想史效应。
　　 晚明丛林的会通佛道另一个思想史效应，在于引导向佛学佛的士子能够以佛法知见判释老庄之学，特别通过以佛法判解佛老之异同，明确了佛道二家在佛法判摄系统中的义理定位，从而为晚明丛林的对金丹道教的判释提供了佛理依据。这种定位意识，结合明中叶以后金丹道教的现实影响，可以更加清醒地认识到佛教出世解脱为本的智慧法门的殊胜性。尽管晚明时期的佛门末流仍不同程度地以秘法示人，但丛林高僧们通过深辨佛道，厘清了佛法修证与丹道修炼的应有界限，维护了佛法出世解脱智慧的纯粹性与完整性。这是晚明丛林如此注重会通佛道的一个非常现实的效应。
　　 总体而论，以憨山德清等僧人为代表的晚明丛林，以佛法知见判摄道家之学的立场方法，从中所透显出的是佛法辩击外学的宗教本位，全然不同于持三教归一论者的他者立场，如陆西星等道教学者引佛显道以达佛道俱显，通过倡导仙佛合宗、同具同证来消泯佛道分界。从儒佛道三教交涉的思想演历上来看，晚明丛林通过响应以老庄道学为代表的中国传统天人之学所达到的思想高度与丰富内涵，自晚明以降，几无出其右者。
　　 就这一时期的江南道教思潮来说，尽管相对于佛教复兴思潮而言，道教中兴影响的区域范围、影响力度等方面均不及佛教，但道教界不仅公开出现“仙佛合宗”、引佛入仙的合流倾向，而且还通过“究心儒典”（特别是周易象数之学）而为当时的知识界提供了另一向度的知识交往资源。这种趋势，在相当程度上甚至可以说是迎合了儒家由尊德性而转归“道问学”的博学需求。而博学求知、经史济世，正是明清之际思想文化界的一大学术标识。
　　 晚明之际的江南道教，除茅山道派外，较重要的表现当推以湖州金盖山为中心的龙门道派中兴，这成为当时道教复兴的一大典型。尽管道教复兴思潮的影响范围，相对于佛教来说，对于社会知识界的作用较为有限。这一点从明代道藏与佛藏的刊刻情况可以看出。明代道藏刊刻主要有两次，先后汇刻成明《正统道藏》（成于英宗正统九年至十二年间，1444年至1447年）和明《万历续道藏》（成于神宗万历三十五年，1607年）。其间或有刊刻，但完整保存至今的明代《道藏》和《续道藏》，仅为一部，可见明代道藏的刊刻数量甚少，有机会通读的学者当为数不多。但从一些知识精英身上，同样开始关注道教典籍的知识内容。换言之，道教同样成为当时知识交往中不容忽视的一大资源。如黄宗羲在三十二岁时，曾在南京朝天宫检阅道教典藏，成为明代少数通读《道藏》的儒家学者之一，这虽然是一种个人性的知识行为，但结合黄宗羲对佛教禅学、天主教西学等宗教思潮的敏锐洞见，也许可以看出明清之际的学术思想中的某种精神倾向，即从“百科全书式”的博洽学风透露出求真知、尚实知的“科学精神”。从中国学术思潮史上，则表现出从心体良知而趋归学术真知、从性理义学而返求真理实学的取向。对知识的态度或“问题意识”，在一定程度上决定着知识或解决问题的方法。明清士子企求从探求“问学”之道中，使生命的“德性”自然尊大，这其中是否有着道教对明清之际学术形态的知识性影响，这是值得我们深入探究的一个不容忽视的方面。