佛道会通对明清之际思想的影响，还表现为思想文化的观念形态开始相当明显地渗透民众日常生活，并呈示出某种程度上较以往世代更为广泛的扎根民间的“草根性”。明代文化的“草根性”，有时会不可避免地被一些学者轻率地等同于明代思想的“无根性”。如果说明代思想文化的“根”，仍被简单地划归于儒家圣典，而晚明时期的思想却到处弥漫着“自圣化”的狂禅风习。在此意义上，晚明思想的“无根化”是可以成立的，而且，从这一时期儒佛两教均出现了“返经明教”的倾向，也从相反的角度表明这种“无根”现象的存在事实。“返经”即返归本宗圣典，“明教”即究明圣人教化。然而，儒佛二教“返经明教”思潮倾向的出现，还应充分考虑到明代文化的“草根性”，即当时民间社会普遍盛行的民众教化系统。在此教化系统中，佛道混融的民间信仰起着前所未有的渗透作用，并对形塑民众的伦理行为有着导向性影响。
　　 值得注意的是，明清之际还出现了一股势力强盛的民间秘密教门力量。明清之际的江南地区，以佛道混融信仰为特征的民间宗教形态，甚为发达完备。如罗教、斋教、长生教、三一教等民间信仰类型，在江南地区均有不同程度的流传，并有着相当的渗透性影响。对此，同时代的佛教、儒家学者都有关注及评述。但对于这些混融形态的民间教化活动的流传过程，至今却未得以历史而具体的全面阐述。特别是对于江南地区民间教化的社会机制和思想史效应，仍未充分地进入学术研究的考察视野。直至今天，我们从浙江民众日常生活中，特别是经济相对发达地区中，仍多少可看出以佛道混融形态为结构特色的明清民间教门的印迹。因此，民间生活中的教化劝善传统，同样需要反思性的建构。同时，还需要建构出社会主流的纯粹价值教化与非主流的混融价值教化之间的关系及其影响机制，从中再现明清三教间广泛知识性交游的文化背景。特别是当今人们普遍遗忘了传统的儒家话语体系，正处于后儒家的话语时代，如何在再现当时文化风尚的研究基础上，解读并诠释江南思想文化，我们从明清之际江南普遍成习的民间混融性宗教思潮中，也许可以寻找一些有益线索。而这并不是依赖于儒家话语诠释所能完全满足的。
　　 总之，明清之际的江南宗教文化思潮，无论是佛教复兴、道教中兴还是民间教化传统的新兴，都完全有必要透过三教间的具体交涉活动而充分展开探讨。作为对于相对成熟的社会教化范式的整体性解读，至少可以部分地再现这一时期思想学术所处的话语情境，从中探寻明清区域性学术活动中独特而富有活力的文化记忆、学术记忆和社会记忆。这不仅有利于深化认识此一历史时期江南地区出现的社会文化现象，从而加深对江南社会史的认识；而且可以藉此探究广大民众的宗教心理、行为观念和价值取向，丰富对该地区域社会发展及民俗文化的深层认识，从而为更深入的整体性研究提供不同的学术视角。