太虚对此类攻击虽未太在意，也没有就此挫折放弃政治活动的意思。1947年2月，他针对其弟子尘空发表的文章《关于佛教组党问题》中有关太虚“立于超然地位”，“他本人却无任何（政治）活动和（当）领袖的企图”等辨护词，作《佛教不要组政党》一文，一方面坚持政教分离，议政而不参与执政的立场。一方面表示目前佛教徒参政议政的条件还不成熟，可仍以觉群社为基础，加强联络。他说，尘空的文章极力表扬我的清高，但与我舍身为佛教，为大众的态度却不尽相同。这段话表明了他烈士暮年，壮心不已的气概，表明只要时机成熟，佛教需要，大众需要，他自当出面领导议政，一时的成败毁誉，在所不计。不过，经此最后一搏，他实际上已经心力交瘁了。正如他的致友人信中所言，佛教革新千头万绪，可试者如方案制定修改、小范围试点，他已无不尽力。驯至今日，乃百千成亿中尚无一丝一毫成效可观也！当然“无一丝一毫成效”也未免夸张了些，但由此可窥见太虚的心境的另一面。
　　
人生自古谁无死。与其说太虚不畏死，毋宁说他早有预感和准备。不过，太虚临终前痛心且遗憾，他痛心的是中国佛教将面临一段艰难时期，因而吃托越朴初等努力护法；遗憾的不是知亲手播下的种子何时才有收获。噢！会有收获的。
　　
　　太虚的体力也大不如前，早在1944年8月，他原有的头痛病就已发展为轻度脑溢血，在缙云山上休息了一个月才康复。许多他的老友、学生劝他保重，他可能深受抗战将胜利，佛教整理和改革有可能展开的鼓舞，并没把自己的健康状况放在心上。然而1946年10月，太虚回南京后刚创立不久的佛教大雄中学（原南京卧佛寺内）失火，代表太虚具体主持该校的弟子释又信可能因害怕承担后果，不知了去向。善后处理的大小事务不少都要58岁的老人躬亲，他既恼火弟子的背离，体力也就更不济。1947年1－2月，太虚重游诀别10年的浙东诸寺，包括雪窦寺、天童寺、阿育王寺、延庆寺、普济寺等，可能已感到自己不能久住人世，他在宁波解下了自己常佩的玉块，亲手悬在师祖奘年胸前，以为留念。
　　突然，上海传来了福善得了急病的消息。尽管春寒料峭，还下着雪，太虚不听他人的劝阻，从宁波赶回上海静安寺探视福善病情。三天后，福善不治去世。年仅31岁。有人要问，现代中国人平均寿命在70左右，八九十也不稀奇。何以那是的僧人一个连一个地早逝呢？是不是长年素食，营养不良有关？然而20世纪前半期，由于长年战乱、灾荒饥馑、瘟疫流行，加上医疗卫生条件极差，那时中国人的平均寿命不过40出头。由此可见，僧人多早逝与素食并无内在关联。实际上，当时僧人长寿的也不在少数，太虚弟子净严后来活到99岁，太虚的祖师奘年那年起码也有70多了，还健在。福善也是因当时还缺乏治天花的特效药而夭亡的。对于福善之夭折，太虚悲伤异常。他痛哭流涕地吐露了心声：福善啊福善，我观察了你的思想行为委久，你虽当血气方刚之年性情却已趋向稳重平实，很难得啊！我正暗暗高兴，你已学成，可以担当大事了。哪里想到衰老的我没有死，像你这样年富力强的后生先亡。痛心啊！我第一次见到你，就感到你的英俊不下常惺……如今因为你的夭折，不禁又联想起常惺法师的早死。想到常惺，又倍加痛惜你的夭折。常惺虽然可惜，但他卒年已四十四，生平抱负已经展开。如今你刚抽枝吐蕊，却未能开花结果……痛心啊！福善，本来应该你为我“送终”，现在风烛残命的我，却风中烛似的残存着，倒过来为你“送终”。“痛心啊！太虚痛心的不但是福善的夭亡，也是自己毕生的事业，是佛法常住，是佛教的弘扬与复兴。（《恸福善》）自然，他与福慧之间也有深厚的个人感情。福善主持《海潮音》编务时，曾误把太虚所似维护佛教办法和重庆政府颁布的相反办法混为一谈，引起外界对太虚的很大不满，但太虚并没有因此怎么责怪福善。这种大度特别感人至深。福善在重庆，在上海都常在太虚身边，也不时从内心流露出今后要怎样地孝顺、供养年老的太虚。他想，太虚那样的悲心大愿，总能活到八九十吧。自己现在身强力壮，想念到那时也完全能好好服侍老病的太虚。由于太虚对弟子的厚爱，抱有像福善那样想法的弟子并不少，如茗山也是。想不到……
　　痛心归痛心，该做的事还要做。半月后，太虚在职上海玉佛寺主持召开了中国佛教整理委员会第七次常务会议，为抗战胜利后举行中国佛教徒第一次全国代表大会作准备。会议结束的第二天，太虚在玉佛寺召见了赵赴初等，赠以所著《人生佛教》一书，勉励对其他人也一一据其所长，叮咛嘱托。这可能又是预感吧。
　　又过了5天，也就是1947年3月12日，福善之师、玉佛寺前住持震华去世，年仅39岁。震华对帮助太虚重新收拾整顿抗战时沦陷区佛教一片混乱的局面出力很大，位于上海繁华市区，对全国佛教很有影响的玉佛寺住持一职就是他提议由太虚继任的。他的逝世，对太虚又是一个打击。就是在主持他遗体的封龛仪式上，太虚脑溢血再次复发，从此一病未起。听说太虚重病，在南京、上海、杭州、宁波等地的太虚弟子纷纷赶来，多方为之医护无效。3月17日下午1时15分，中国佛教革新领袖太虚大师为佛教为众生舍身，享年59岁（注释：太虚享年：中国佛教界按传统的虚岁计算。太虚生于已丑年农历十二月十八日，故也可折成1889年（1889－1947）加虚岁1年，故虚岁为59岁。），僧腊44秋。
　　　3月19日，太虚遗体封龛仪式在上海玉佛寺举行。善因主持，各寺院及佛教团体、各界代表共3000多人参加了仪式。这在佛教界也是空前的。治丧期间，太虚分散在全国各地的出家弟子如重庆法尊，武昌法舫，西安超一，开封净严，杭州会觉、巨赞、宏妙、印顺、妙钦、续明，南京昙钵，镇江雪烦、茗山，常州敏智等先后集中上海。他们集会讨论了今后如何继承天太虚遗志，推进佛教革新事业，决定由法尊主持汉藏教理院，法舫主持世界佛学苑图书馆，尘空主编《海潮音》，印顺主持整理编辑《太虚大师全书》及其他文献，可以说基本维持原状。同时决定在奉化雪窦山建太虚舍利主塔，各地也可以分请舍利，另建纪念塔；太虚其他遗物，一概移存武昌保存纪念，大概没想在世苑图书馆的基础上建太虚纪念馆吧。
　　4月8日，举行太虚遗体荼毗（火化）仪式，从玉佛寺至海潮寺，参加恭送遗体仪式者蜿蜒里余，善因主持说法举火。10日早晨，法尊等多人在海潮寺拾取太虚灵骨，获得舍利300多颗，特别是心脏周围满缀舍利。一般人也许会啧啧称奇，但熟知太虚的人对此并不感到意外，这就是太虚真正的菩萨心。5月25日，中国佛教会整理委员会、中国佛学会暨南京佛教会于毗庐寺举行太虚大师追悼大会，到会各地各界代表千余人，座不能容。会场挂满挽联哀辞，共达5000余件。同日或前后，各佛教团体在全国各地普遍召开了追悼会，其中以重庆汉藏教理院、汉口佛教正信会组织的最为隆重。海外如南洋、香港等凡太虚弘法缘盛之处都举行了类似纪念活动，连印度新德里正在召开的泛亚洲会议也临时举行太虚追悼式，可见太虚的影响深远，早不限于佛教圈内。国际摩诃菩提会则特建“太虚图书室”作为纪念。